纯手生撸fst遗传算法

咩小饬

于 2024-01-03 17:50:29 发布

阅读量455

点赞数 7

文章标签：生物信息

本文链接：https://blog.csdn.net/yiweij/article/details/135368899

版权

文章讲述了如何通过哈温平衡选择模型计算群体间分化指数Fst，以群体1、2和3的等位基因型频率为例，通过实际杂合度与期望杂合度的比较，揭示了群体间的遗传差异。Fst值为0.69577353，反映了群体之间的遗传分化程度。

摘要由CSDN通过智能技术生成

	AA	Aa	aa
pop1	25	50	25
pop2	500	300	200
pop3	10	50	40

以上就是假设三个群体之间等位基因型频率的数量。接下来解决问题。计算群体间分化指数Fst.
一、基于哈温平衡选择
p²+2pq+q²=1
这个算法的一切核心，就是这一套公式。
二、pop1
计算pop1期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度50/100=0.5，
得出结论平衡。
三、pop2
计算pop2期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度300/1000=0.3，
纯合度比较高，这个在遗传上应该反映了群体内之间的近交。
四、pop3
计算pop3期望杂合度2pq=0.5，实际杂合度50/100=0.5.
四、所有群体实际杂合度，期望杂合度
pop1实际0.5 期望0.5
pop2 实际0.3 期望0.5
pop3实际0.5 期望0.5