CMAQ-5.2安装

CMAQ安装教程

程序和数据集：https://download.csdn.net/download/yj19961126/87486139

依赖库下载：https://download.csdn.net/download/yj19961126/19688441

0、前置安装

一、依赖库安装

1、zlib

tar -zxvf zlib-1.2.8.tar.gz

cd zlib-1.2.8

./configure --prefix=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

2、curl

tar -zxvf curl-7.55.1.tar.gz

cd -zxvf curl-7.55.1

./configure --prefix=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

3、hdf5

tar -zxvf hdf5-1.8.19.tar.gz

cd hdf5-1.8.19

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-zlib=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

make check-install

二、netcdf的安装

1、netcdf-c

tar -zxvf netcdf-c-4.8.0.tar.gz

cd netcdf-c-4.8.0

export CPPFLAGS=-I/$home/netcdf_install/include

export LDFLAGS=-L/$home/netcdf_install/lib

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-hdf5=/$home/netcdf_install --disable-dap

make

make check

make install

2、netcdf-fortran

tar -zxvf netcdf-fortran-4.5.3.tar.gz

cd netcdf-fortran-4.5.3

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-hdf5=/$home/netcdf_install --disable-dap

make

make check

make install

三、使用环境配置

vim ~/.bashrc

export PATH=$PATH:/usr/local /netcdf_install/bin

export NETCDF=/usr/local /netcdf_install

export LD_LIBRARY_PATH=:$NETCDF/lib

export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include

export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib

cd

source ~/.bashrc

四、安装openmpi

1、解压

tar -zxvf  openmpi-1.4.5.tar.gz

2、进入

cd openmpi-1.4.5

3、配置脚本

./configure --prefix=/usr/local/openmpi_install

4、编译

make

5、检查

make check

6、安装

make install

7、配置环境变量

vim ~/.bashrc

环境配置

OPENMPI=/usr/local/openmpi_install

PATH=$OPENMPI/bin:$PATH

LD_LIBRARY_PATH=$OPENMPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

INCLUDE=$OPENMPI/include:$INCLUDE

CPATH=$OPENMPI/include:$CPATH

MANPATH=$OPENMPI/share/man:$MANPATH

手动，使生效

source ~/.bashrc

8、检查配置是否正确

which mpirun

出现此路径，表示正确

五、安装ioapi

1、解压ioapi-3.2

2、进入

cd ioapi-3.2

3、修改Makefile.template

去除注释，修改自己的位置

将Makefile.template重命名为Makefile

cp Makefile.template ./Makefile

4、生成ioapi和m3tools目录下Makefile文件

5、创建文件夹Linux2_x86_64

mkdir Linux2_x86_64

6、终端输入

export BIN= Linux2_x86_64

7、将之前装的依赖包复制到Linux2_x86_64中

cd Linux2_x86_64

cp /usr/local/netcdf_install/lib/lib* ./

输入这个命令时，发现找不到netcdf_install这个文件夹，结果在根目录下发现它，有点尴尬，不知道哪边出错了，那只能把它移到/usr/local下了

执行 mv -r /netcdf_install /usr/local/

再执行 cp /usr/local/netcdf_install/lib/lib* ./

8、返回ioapi-3.2

cd ..

9、编译、安装

make configure，不要怀疑，没报错就行

make，不要怀疑，没报错就行

make install，不要怀疑，没报错就行

10、判断是否安装成功

cd Linux2_x86_64

ls *.mod

ls libioapi.a

六、安装CMAQ-5.2

1、解压

unzip CMAQ-5.2.zip

2、进入文件夹

cd CMAQ-5.2

3、使用vim，打开bldit_project.csh，将CMAQ_HOME改成CMAQ-5.2文件夹所在路径

vim bldit_project.csh

4、运行bldit_project.csh脚本，无事发生

./bldit_project.csh

5、打开config_cmaq.csh

vim config_cmaq.csh

修改内容：

IOAPI_MOD_DIR：ioapi的模块文件路径，即lib文件夹的路径；

IOAPI_INCL_DIR：ioapi的include文件夹的路径

IOAPI_LIB_DIR：ioapi的lib文件夹的路径

NETCDF_LIB_DIR：netcdf的lib文件夹的路径

NETCDF_INCL_DIR：netcdf的include文件夹的路径

MPI_LIB_DIR：openmpi的lib文件夹的路径

myFC："mpif90"，使用的Fortran编译器的语法规范

myLINK_FLAG："-openmp"（如果是gfortran编译器，则为-gopenmp）

mpi_lib： "-lmpi"（mpich选择-lmpich，openmpi选择-lmpi）

setenv IOAPI_MOD_DIR   /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/Linux2_x86_64 #> I/O API precompiled modules

setenv IOAPI_INCL_DIR  /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/ioapi/fixed_src  #> I/O API include header files

setenv IOAPI_LIB_DIR   /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/Linux2_x86_64  #> I/O API libraries

setenv NETCDF_LIB_DIR  /usr/local/netcdf_install/lib  #> netCDF directory path

setenv NETCDF_INCL_DIR /usr/local/netcdf_install/include  #> netCDF directory path

setenv MPI_LIB_DIR     /usr/local/openmpi_install    #> MPI directory path

出现这个，表示成功

6、打开CCTM，进入scripts文件夹，运行bldit_cctm.csh

cd CCTM/scripts/

./bldit_cctm.csh gcc

cd BLD_CCTM_v52_gcc/

ls *exe

七、测试数据运行

1、解压，移动解压文件到/data下

tar -xvf CMAQv5.2_Benchmark_SingleDay_Input_09_12_2017.tar.gz

mv SE52BENCH CMAQ-5.2/data

2、进入CCTM/scripts，修改run_cctm.csh脚本

cd CCTM/scripts

vi run_cctm.csh

mpi：并行

NPCOL×NPROW=总核数，根据电脑配置

注释limit和unlimit，设置MPI、MPIRUN、time mpirun

./run_cctm.csh gcc

运行，报错Not found in file ess_hnp_module.c，仅在docker中运行会出现

Docker中运行若出现错误，执行apt-get install ssh

3、运行data文件夹生成output文件夹，进入查看LOGS，查看日志文件，显示Program completed successfully

参考文章

https://blog.csdn.net/weixin_46296318/article/details/106838924

CMAQ5.0.2编译安装过程_待鸣的博客-CSDN博客_cmaq5.0.2 gcc编译

CMAQ-5.2安装及测试数据运行_六出*的博客-CSDN博客_cmaq5.2运行教程

https://www.cnblogs.com/mahone0119/p/11162414.html

科学网—I/O API 3.2 安装记录 - 朱亚中的博文