Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法的算法原理及算法比较

史密斯-沃特曼算法（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。可简称为SW算法。

尼德曼-翁施算法（Needleman-Wunsch Algorithm）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman和 Christian D. Wunsch 两位科学家于1970年发明的。本算法高效地解决了如何将一个庞大的数学问题分解为一系列小问题，并且从一系列小问题的解决方法重建大问题的解决方法的过程。该算法也被称为优化匹配算法和整体序列比较法。时至今日，Needleman-Wunsch 算法仍然被广泛应用于优化整体序列比较中。可简称为NW算法

先介绍Smith waterman算法的原理：

（此处使用的是空位权值恒定模型的smith waterman算法）

• 算法目的：寻找具有最高相似性的局部序列，进行局部序列匹配

• 假设：
  比对的两序列为：