生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解

已于 2023-01-11 08:18:58 修改
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 序列比对 生物信息学 算法 c++ 程序人生
于 2021-06-20 16:35:26 首次发布
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本文详细介绍了Smith-Waterman算法，它是双序列比对中的一种，相比于Needleman-Wunsch算法，SW提供局部最优解。通过实例演示了算法步骤，包括初始化打分矩阵、构建矩阵和回溯规则。特别提到，C++实现未在文中给出，主要讨论了算法原理和应用。

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生物信息学系列博客索引

生物信息学（1）——双序列比对之Needleman-Wunsch(NW)算法详解及C++实现
生物信息学（2）——双序列比对之Smith-Waterman(SW)算法详解
生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介
生物信息学（4）——多序列比对之CLUSTAL算法详解及C++实现
生物信息学（5）——基于CUDA的多序列比对并行算法的设计与代码实现
项目gitee地址，内附源码、论文等文档信息

1. SW 算法简介

Smith-Waterman 算法是由 Temple F. Smith 和 Michael S. Waterman 两人在 1981 年提出来的，是 Needleman-Wunsch 算法的改良版，通过算法的比对，能获 取

最低0.47元/天 解锁文章
语音识别：时间序列的Smith–Waterman对齐算法
gongdiwudu的专栏
01-21 9565
Smith-Waterman 算法执行局部序列比对；也就是说，用于确定两串核酸序列或蛋白质序列之间的相似区域。 Smith-Waterman 算法不是查看整个序列，而是比较所有可能长度的片段并优化相似性度量。
Smith-Waterman算法、Needleman-Wunsch算法的算法原理及算法比较
自律带来自由
04-09 2万+
史密斯-沃特曼算法（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。 尼德曼-翁施算法（Needleman-Wunsch Algorithm）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul...
真正的smith waterman算法
08-24
smith waterman算法
Smith-Waterman 算法（C++实现）
最新发布
m0_73328294的博客
04-07 435
文实现Smith-Waterman 算法案例，用于局部序列比对。
smith waterman算法
weixin_34189116的博客
07-07 601
Needleman-Wunsch（In 1970） 算法是用于全局的比对。Smith-Waterman算法是1981年Smith和Waterman提出的一种用来寻找并比较具有局部相似性区域的动态规划算法，很多后来的算法都是在该算法的基础上发展的。这是一种两序列局部比对算法，把两条未知的序列进行排列，通过字母的匹配，删除和插入操作，使得两条序列达到同样长度，在操作的过程中，尽可能保持相同的字母对应在...
SMITH WATERMAN算法
生物信息化
04-09 1474
1.1 序列相似性比较 生物信息学中，对各种生物大分子序列进行分析是一件非常基本的工作。从序列的片段测定，拼接，基因的表达分析，到RNA和蛋白质的结构功能预测，物种亲缘树的构建都需要进行生物分子序列相似性的比较。在遗传物质长期的演化过程中，原本相同的DNA序列由于其中一条序列缺失了几个片断，或增加了几个片断，或某段子序列发生了位置的变化等，从而导致他们发生了不同，这两条序列不一定能进行精确的...
Smith-Waterman (SW) algorithm
Little_Dream_Garden的博客
08-01 1595
Smith-Waterman (SW) algorithm1. ???Smith-Waterman (SW) ?? SW??
Smith-Waterman算法C++实现
weixin_43770577的博客
12-20 1551
哇。生物专业的复习月可不是盖的，十几门的专业课，并且是纯背的。。。。提前一个月开始复习，复习吐了，写个博客调节调节。。 本次介绍的局部双序列对比算法，也就是SW算法。基本上的话，只要学了NW算法也就差不多理解了SW算法了。这个算法顾名思义，就是找到最佳的局部片段。注意这个最佳，怎末实现。 这个最佳可以翻译为，从所有的比对情况中，截取得分最高的片段。当一个比对情况形成时，也就是这个情况的计分值不...
高级数据结构与算法（一）：Smith-Waterman算法及matlab实现
m0_68926749的博客
09-28 1211
（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。可简称为SW算法。
动态编程之序列比对：Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法
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动态编程之序列比对：Needleman-Wunsch 算法和Smith-Waterman算法       在比对两个序列时，不仅要考虑完全匹配的字符，还要考虑一个序列中的空格或间隙（或者，相反地，要考虑另一个序列中的插入部分）和不匹配，在序列比对中，需要找到最优的比对（最
Smith-Waterman算法及其Java实现
weixin_30731305的博客
06-22 721
Smith-Waterman算法是1981年Smith和Waterman提出的一种用来寻找并比较具有局部相似性区域的动态规划算法，很多后来的算法都是在该算法的基础上发展的。这是一种两序列局部比对算法，把两条未知的序列进行排列，通过字母的匹配，删除和插入操作，使得两条序列达到同样长度，在操作的过程中，尽可能保持相同的字母对应在同一个位置。当两条序列进行比对时，找出待比对序列中的某一子片段的最优比对。...
sw_project:Smith-Waterman算法
04-08
Smith-Waterman算法 该程序是Smith-Waterman算法的实现。 代码示例： 用法：python hw1.py -i -s示例：python hw1.py -i input.txt -s blosum62.txt 示例输入input.txt MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGQKKKKGKKGKKGKKGKKKGKKLFKLF 示例输出output.txt |序列| 序列1 MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLK
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介绍序列比对算法，将序列比对中的问题提出，有兴趣的看看
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06-09 1270
Smith-Waterman算法是一种用于生物信息学中序列比对的算法，特别是用于局部序列比对。它由Temple F. Smith和Michael S. Waterman在1981年提出。与全局比对算法（如Needleman-Wunsch算法）不同，Smith-Waterman算法专注于找出两个序列之间的最佳局部对齐，而不是整个序列的对齐。
【序列匹配算法】Smith Waterman算法 v2.0
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10-13 1033
Smith-Waterman 算法是一种强大的局部序列比对工具，它通过动态规划方法找到最优的局部比对区域，允许插入、缺失和错配。Smith-Waterman 算法通过构建一个得分矩阵，从两个序列中找到得分最高的局部比对，即找到序列中最相似的子序列，哪怕这些序列之间存在错配或 indels（插入和缺失）。Smith-Waterman 算法将会找到最相似的局部子序列，并返回局部比对结果。通过矩阵得分最高的区域，我们可以回溯找到局部最优的比对区域。我们将通过填充比对网格，找到它们之间的最优局部比对。
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