从含若干fasta文件的文件夹中提取所有序列的长度并汇总到一个文件中

# extract len from .fna
mkdir len
conda activate seqkit
for file in bins_50_10/*.fna; do
   filename=$(basename "$file" .fna)
   seqkit fx2tab --length --name --header-line $file> "len/$filename.tsv"
   done
cat len/*.tsv>len_combine.tsv

以上是提取bins_50_10文件夹中所有fna文件（即contig）的序列长度

另外，用于匹配需要的序列
按照文件中名字匹配（一行只能存储一个名字）
seqkit grep -f id.txt duplicated-reads.fq.g