AFEchidna示例11--批量进行计算基因组关系矩阵和运行Gblup分析

AFEchidna包可以批量进行计算基因组关系矩阵，简单示例如下：

 library(AFEchidna)
 
 setwd("D:/Rdata")
 G.marker<-read.csv(file="G.marker.csv",header=T)
 G.ped<-read.csv(file="G.ped.csv",header=T)
  
 GmN<-paste0(c('GOF','GD','G05','GMF','Greg'),'.grm',sep='')
 
 Gmat<-vector("list", 5) 
 for(i in 1:5){
   
    cat('For matrix: ',i,'-----')     
    Gmat[[i]]<-GenomicRel( G.marker,i, ped=G.ped, Gres=T)
    write.csv(Gmat[[i]],file=GmN[[i]],row.names=F,quote=F)
 }

运行过程：

>  for(i in 1:5){
   
+     cat('For matrix: ',i,'-----')     
+     Gmat[[i]]<-GenomicRel( G.marker,i, ped=G.ped, Gres=T)
+     write.csv(Gmat[[i]],file=GmN[[i]],row.names=F,quote=F)
+