file1是从网上下载的山羊的重测序文件,SBWC_goat 是山羊的芯片测序数据文件(两个都是软链接到别人目录下的)
计划用file1对SBWC_goat*做基因型填充
beagle命令;
data parameters ...
gt=<输入文件;VCF格式;不需要phase> (optional)
ref=<参考序列;bref3或VCF格式;需要phased;本文的file1> (optional)
out=<输出文件名> (required)
map=<连锁图谱> (optional)
1.输入文件gt处理
1.1plink正常格式转二进制格式
map和bed文件转vcf要先转二进制文件、再转vcf(-_-||)
转二进制文件命令 --make-bed
由于楼主这里染色体数目不是人类的23是羊的 故设置--chr-set 30
并且还包括一些个体编号 故加上--allow-extra-chr
输入命令
plink --file SBWC_goat --make-bed --chr-set 30 --allow-extra-chr --out bi_SBWC_goat
结果
[2022050439@node119 ~]$ plink --file SBWC_goat --make-bed --chr-set 30 --allow-extra-chr --out bi_SBWC_goat
PLINK v1.90p 64-bit (2 Apr 2022) www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2022 Shaun Purcell, Christopher Chang GNU General Public License v3
Logging to bi_SBWC_goat.log.
Options in effect:
--allow-extra-chr
--chr-set 30
--file SBWC_goat
--make-bed
--out bi_SBWC_goat
128540 MB RAM detected; reserving 64270 MB for main workspace.
.ped scan c