用重测序数据对芯片测序数据进行基因组填充

file1是从网上下载的山羊的重测序文件，SBWC_goat 是山羊的芯片测序数据文件（两个都是软链接到别人目录下的）

计划用file1对SBWC_goat*做基因型填充

beagle命令;

data parameters ...
  gt=<输入文件;VCF格式;不需要phase>                        (optional)
  ref=<参考序列;bref3或VCF格式;需要phased;本文的file1>      (optional)
  out=<输出文件名>                                        (required)
  map=<连锁图谱>                                          (optional)

 1.输入文件gt处理

1.1plink正常格式转二进制格式

map和bed文件转vcf要先转二进制文件、再转vcf（-_-||）

转二进制文件命令 --make-bed

由于楼主这里染色体数目不是人类的23是羊的 故设置--chr-set 30

并且还包括一些个体编号 故加上--allow-extra-chr

 输入命令

plink --file SBWC_goat --make-bed --chr-set 30 --allow-extra-chr --out bi_SBWC_goat

结果 

[2022050439@node119 ~]$ plink --file SBWC_goat --make-bed --chr-set 30 --allow-extra-chr --out bi_SBWC_goat
PLINK v1.90p 64-bit (2 Apr 2022)               www.cog-genomics.org/plink/1.9/
(C) 2005-2022 Shaun Purcell, Christopher Chang   GNU General Public License v3
Logging to bi_SBWC_goat.log.
Options in effect:
  --allow-extra-chr
  --chr-set 30
  --file SBWC_goat
  --make-bed
  --out bi_SBWC_goat

128540 MB RAM detected; reserving 64270 MB for main workspace