AFEchidna示例16 -- 如何计算各种遗传参数及其标准误差

只要知道遗传参数的计算公式，通过AFEchidna的pin函数来求解是非常方便的。
下面以双性状为例，演示遗传相关、遗传力、遗传变异系数、遗传增益等参数的计算：

// bi-trait
res12<-echidna(cbind(h3,h4)~Trait+Trait:Rep,
               random=~us(Trait):Fam,
               residual=~units.us(Trait),
               predict='Fam',mulT=T,
               qualifier = '!filter Spacing !select 1',
               es0.file="fm.es0")

计算遗传相关，以及性状h3的各种遗传参数：

// genetic parameter
pin(res12, mulp=c(gcor~V3/sqrt(V2*V4),
                  gcv.h3~100*sqrt(V2)/mup.h3,
                  h2.h3~4*V2/(V2+V5),
                  delG.h3m~4*V2/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3),
                  delG2.h3p~100*4*V2/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3)/mup.h3)
)
)

运行结果：

// results
> pin(res12, mulp=c(gcor~V3/sqrt(V2*V4),
+                   gcv.h3~100*sqrt(V2)/mup.h3,
+                   h2.h3~V2*4/(V2+V5),
+                   delG.h3m~4/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3),
+                   delG2.h3p~100*4/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3)/mup.h3)
+ )
variance components are as following:
                       Term   Sigma      SE vcS
1                  Residual    1.00   0.000  V1
2   us(Trait):Fam;us(Trait)  132.43  56.428  V2
3   us(Trait):Fam;us(Trait)  168.81  75.851  V3
4   us(Trait):Fam;us(Trait)  243.39 115.710  V4
5 units:us(Trait);us(Trait) 1589.10 100.300  V5
6 units:us(Trait);us(Trait) 1964.20 138.080  V6
7 units:us(Trait);us(Trait) 3596.00 226.990  V7

pin formula: 
gcor ~ V3/sqrt(V2 * V4)
gcv.h3 ~ 100 * sqrt(V2)/mup.h3
h2.h3 ~ 4 * V2/(V2 + V5)
delG.h3m ~ 4 * V2/(V2 + V5) * (mus.h3 - mup.h3)
delG2.h3p ~ 100 * 4 * V2/(V2 + V5) * (mus.h3 - mup.h3)/mup.h3

        Term Estimate     SE
1       gcor    0.940 0.0612
11    gcv.h3    4.533 0.9660
12     h2.h3    0.308 0.1250
13  delG.h3m    7.750 3.1560
14 delG2.h3p    3.053 1.2430

上述结果中，gcor为遗传相关，gcv.h3、h2.h3、delG.h3m、delG.h3p分别为性状h3的遗传变异系数、单株遗传力、遗传增益及遗传增益百分比。

上述的遗传增益演示，在原软件Echidna里是无法实现的。

参考文献：
Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.