ASReml-R 4.1.0.110的tr函数和vpredict函数

(1)tr函数

该函数用于示踪方差分量在迭代过程中的变化情况。简单示例如下：

// A simple example
library(asreml) # V4.1
data(PrSpa,package='AAfun4')
df<-PrSpa
fm1b.asr<-asreml(h5~1+Rep, random=~Fam, 
             residual=~idv(units),
             subset=Spacing=='3',data=df)
tr(fm1b.asr)
plot(fm1b.asr)            

tr(fm1b.asr)的运行结果如下：

从上图可以明显看出各方差分量值随着迭代过程的变化情况，到第9次后已经稳定了。
plot(fm1b.asr)的运行结果如下：

当然，上述函数也可以用于gamma参数化。不过，如果只有一个随机项时，tr函数可以会出现运行错误。此外，tr函数也可以用于多变量模型。

(2)vpredict函数

该函数用于计算遗传参数及其标准误，但注意：只能用于sigma参数化。ASReml程序运行有Sigma参数化和gamma参数化，具体可参见《动植物育种遗传数据分析》(林元震 丁昌俊主译)。简单示例如下：

> vpredict(fm1b.asr, Va ~4*V1)
   Estimate       SE
Va     1768 748.4742
> vpredict(fm1b.asr, Vp ~V1+V2)
   Estimate       SE
Vp 5775.339 357.6527
> vpredict(fm1b.asr, h2 ~4*V1/(V1+V2))
    Estimate        SE
h2 0.3061291 0.1238854

本人自编的AAfun4包中的pin函数可以通用于Sigma参数化和gamma参数化。