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R语言
YZJenny
生物信息学
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包含rstudio的docker镜像的安装与使用
包含rstudio的docker镜像的安装与使用原创 2023-02-19 12:43:57 · 563 阅读 · 0 评论 -
CIBERSORTx报错
CIBERSORTx报错原创 2023-02-09 10:44:51 · 733 阅读 · 0 评论 -
MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first
MapQuery报错Please try running umot-learn on the object first原创 2022-11-24 16:18:27 · 143 阅读 · 0 评论 -
linux Rstudio server切换R语言版本
linux Rstudio server切换R语言版本原创 2022-10-17 15:39:18 · 3081 阅读 · 0 评论 -
linux 非root用户安装R
linux 非root用户安装R原创 2022-10-17 15:01:37 · 1257 阅读 · 0 评论 -
R语言 降维PCA,princomp,prcomp函数的input问题
R语言 降维PCA,princomp,prcomp函数的input要为行是样本,列是特征原创 2022-10-14 18:52:33 · 311 阅读 · 0 评论 -
Rstudio server: unable to open connection to X11 display
问题:Rstudio sever 安装后,画不了图,提示unable to open connection to X11 display解决方案:Tools > Global Options. > Graphics > Backend设置为Cairo原创 2022-10-14 10:57:28 · 571 阅读 · 0 评论 -
scRNAseq中对每种细胞类型进行随机筛选
subpbmc <- subset(pbmc,downsample=1000)原创 2022-01-25 11:31:08 · 632 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 legend的变量顺序相反和改变legend标题
p+guides(fill = guide_legend(reverse=TRUE))+ #变量顺序相反labs(fill = "Cell subtype") #改变legend标题原创 2021-10-21 10:59:50 · 991 阅读 · 0 评论 -
R语言 分组计算
问题:矩阵包含多个细胞的基因表达谱,多个细胞被打上某一类细胞类型标签,求不同细胞类型的基因表达均值?代码:AUC_byCT <- sapply(split(rownames(cellInfo),cellInfo$celltype), function(cells) rowMeans(AUC_df[,cells]))...原创 2021-10-20 21:34:29 · 453 阅读 · 0 评论 -
R语言安装包的方式
1. install.packages('dplyr')2.if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("dplyr")3. 下载devtools.tar.gzR CMD INSTALLdplyr*.tar.gz4. 包来自githublibrary(devtools)install_github('hadll..原创 2021-10-19 21:49:02 · 1186 阅读 · 0 评论 -
ggplot2-散点图的边框与填充色问题
问题:散点图的边框如何保持黑色,填充色按celltype变量填充?解决方法:设置geom_point的参数shape=21,同时aes的参数fill=celltype,不是colour=celltype;ggplot(data, aes(x = UMAP_1, y = UMAP_2, fill = celltype)) + geom_point(size = 3,colour="black",shape=21,alpha=0.1) + scale_fill_manual(values =...原创 2021-10-19 21:32:09 · 4200 阅读 · 0 评论 -
R语言read.xlsx出现java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
解决方法:options(java.parameters='-Xms6144m')library(RJDBC)原创 2021-10-19 14:59:56 · 756 阅读 · 0 评论