R语言 降维PCA,princomp,prcomp函数的input问题

要注意PCA,princomp,prcomp的input,行是样本,列是特征(如基因)

但是princomp只能适用于特征数小于样本数的input,所以不适用于表达谱数据。

library(ggbiplot)
data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,
  groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE) +
  scale_color_discrete(name = '') +
  theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top')

 

 

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### 回答1: `princomp()`函数是R语言中进行主成分分析(PCA)的函数之一。PCA是一种常用的数据维技术,它可以将原始数据投影到一个新的低维空间,从而减小数据维度,同时保留数据中的主要信息。 `princomp()`函数的结果包括: 1. `Standard deviation`:表示每个主成分的标准差,即每个主成分的方差的平方根。它们按照从大到小的顺序排列,表示每个主成分的重要性。 2. `Proportion of Variance`:表示每个主成分的方差占总方差的比例,也就是每个主成分的贡献率。它们也按照从大到小的顺序排列,表示每个主成分的重要性。 3. `Cumulative Proportion`:表示每个主成分以及之前所有主成分的贡献率的累加值。它们也按照从大到小的顺序排列,表示前n个主成分可以解释多少总方差。 可以通过`summary()`函数或者直接输出PCA对象来查看以上信息。例如: ```r pc <- princomp(mydata) summary(pc) ``` 输出结果: ``` Importance of components: Comp.1 Comp.2 Comp.3 Comp.4 Standard deviation 1.5748783 0.9948694 0.5971291 0.4940734 Proportion of Variance 0.6261959 0.2474413 0.0891408 0.0372220 Cumulative Proportion 0.6261959 0.8736372 0.9627780 1.0000000 ``` 其中,第一列表示每个主成分,第二列表示对应的标准差,第三列表示对应的方差贡献率(即Proportion of Variance),第四列表示对应的累计方差贡献率(即Cumulative Proportion)。 ### 回答2: 在R语言中使用princomp函数进行主成分分析 (PCA) 后,展示的结果分别表示以下实际含义: 1. 标准差:结果中列出的每个主成分的标准差表示了数据在该主成分方向上的变异程度。标准差越大,数据在该主成分上的变异程度也越大。 2. 方差贡献率:方差贡献率表明每个主成分能够解释数据中的方差的程度。方差贡献率越高,该主成分对整体方差的解释能力越强。 3. 累计方差贡献率:累计方差贡献率表示前n个主成分解释了数据总方差的比例。可以通过查看累计方差贡献率确定需要保留多少主成分来表示数据。 4. 主成分载荷:主成分载荷指示了每个主成分上与原始变量之间的关系。它们是原始变量与主成分之间的相关系数。主成分载荷的绝对值越大,表示原始变量与主成分之间的相关性越强。 5. 得分:主成分得分是指原始数据点在新的主成分轴上的投影。它们表示了每个数据点在各个主成分上的位置。主成分得分可以用来比较样本之间的相似性或者进行分类任务。 总的来说,主成分分析通过将原始数据投影到新的低维空间中来低数据维度。展示的结果告诉我们每个主成分的重要性、数据集方差的解释程度以及原始变量与主成分之间的关系。 ### 回答3: 在R语言中,使用`princomp`函数进行主成分分析(PCA)后,展示的结果包含了以下实际含义: 1. Standard Deviations(标准差):主成分的标准差表示主成分对数据的解释能力。标准差越大,表示该主成分能够更好地解释原始数据的方差。 2. Proportion of Variance(方差解释比例):主成分的方差解释比例表示主成分对总方差的贡献比例。它代表了每个主成分所包含的信息量。方差解释比例越大,说明该主成分包含的信息越多。 3. Cumulative Proportion(累积方差解释比例):累积方差解释比例表示前n个主成分对总方差的累积贡献比例。它可以帮助确定选择多少个主成分来解释数据。 4. Loadings(载荷):载荷表示原始变量与主成分之间的相关性。每个原始变量与每个主成分之间都有一个载荷值,用来表示它们之间的关系。载荷值的绝对值越大,表示该原始变量与主成分之间的相关性越强。 通过解读这些结果,我们可以了解主成分对数据的解释能力、每个主成分所包含的信息量、选择几个主成分来解释数据以及原始变量与主成分之间的相关性。这些信息有助于我们理解数据的结构和维后的数据解释。

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