CIBERSORTx报错

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分类专栏： docker R语言 scRNAseq 文章标签： r语言
于 2023-02-09 10:44:51 首次发布
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1. Hires创建没权限

解决方法：

自己提前创建好Hires文件夹 

2.

 

YZJenny
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专栏目录
Cibersort的数据与代码
02-22
Cibersort是一种在生物信息学领域广泛应用的分析方法，主要使用R语言进行实现。它是一种基于表达谱的单细胞分选算法，旨在通过比较基因表达数据来定量不同细胞类型的相对丰度。在这个压缩包中，包含的可能是...
immunedeconv:免疫解卷积方法的统一接口（CIBERSORT，EPIC，quanTIseq，TIMER，xCell，MCPcounter）
04-30
一个R包，用于统一访问从大量RNA测序数据估算免疫细胞组分的计算方法。 基本用法 immunedeconv :: deconvolute( gene_expression_matrix , " quantiseq " ) 其中gene_expression_matrix是一个矩阵，其中的基因排...
CIBERSORT出现“$ operator is invalid for atomic vectors” 报错
XH生信和机器学习空间
05-23 2万+
最近用cybersort 分析细胞出现“$ operator is invalid for atomic vectors"错误，快放弃时，看到一个。说是缺少e1071包，安装以后，报错解决。安装e1071包后运行正常。
CIBERSOFT $ operator is invalid for atomic vectors报错
m0_58557704的博客
08-14 1727
用R运行CIBERSOFT作免疫浸润注释时 发现报错 $ operator is invalid for atomic vectors #且问题发生在源代码中的 weights = t(out[[t]]$coefs) %*% out[[t]]$SV 搜索许久未果，终解决，故来做记录 是未安装packagee1071 ...
CIBERSORTx网页版报错
最新发布
YZJenny的博客
05-15 421
解决方式：bulk RNA-seq不能包含NA值。
基于R语言利用CIBERSORT分析免疫浸润（二）
m0_47675572的博客
08-28 8770
CIBERSORT常见问题以及操作代码，数据可视化分析全过程。新手即可学会！
CIBERSORT初探input输入 output 代码详解 原理解析免疫浸润 反卷积
生信小博士的博客
10-23 2665
CIBERSORT这款软件利用反卷积的方法，利用单细胞RNA-seq的数据，提取特征后，反推Bulk-seq各类细胞成分所占比例。这款软件目前推出了CIBERSORTx，但是账号貌似有点难申请而这次我们着重介绍下CIBERSORT的R版本而CIBERSORT计算细胞组分的方法使用去卷积原理实现的，而且通常是线性去卷积正在上传…重新上传取消原理图。
用生信自学网代码进行肿瘤免疫浸润分析，出现报错怎么办，有没有遇到这个情况的uu
wwf271518213的博客
08-14 991
write.table(out,file="uniq.symbol.txt",sep="\t",quote=F,col.names=F) #输出文件。setwd("C:\\single gene\\145Gene\\25.CIBERSORT") #设置工作目录。expFile="symbol.txt" #表达数据文件。library("limma") #引用包。#运行CIBERSORT，得到免疫细胞浸润的结果。#读取输入文件，并对输入文件整理。
七桥上实现CIBERSORT的前期准备工作
李将军的博客
11-14 4164
在docker中使用shell命令切割文本 目的 输入文本格式如下： gene_id normalized_count A1BG|1 30.5653 A1CF|29974 99.4377 … 希望将上述文本中“|”后半部分删除，只保留“|”前部分内容和空格后面部分内容，且将第一行第一列的表头“gene_id”改成“Gene symbol”，最后输出为新的“.txt”文本 输出文本内容格...
R报错ensembldb::filter requires an ‘EnsDb‘ object as input. 解决办法及MethylCIBERSORT包运行
sscuiyjd的博客
10-09 280
R报错 ensembldb::filter requires an 'EnsDb' object as input. To call the filter function from the stats or dplyr package use stats::filter and dplyr::filter instead 解决办法及甲基化细胞类型反卷积MethylCIBERSORT包运行
libsvm警告： WARNING: reaching max number of iterations 解决办法
xingdu_的博客
03-12 3320
https://stats.stackexchange.com/questions/37669/libsvm-reaching-max-number-of-iterations-warning-and-cross-validation http://hk.uwenku.com/question/p-vmaehgpf-eg.html https://github.com/gmum/gmum.r/...
CIBERSORTx教程
qq_51724769的博客
03-11 4899
CIBERSORTx是著名的去卷积工具。相比于CIBERSORT更优化了一些。 第一步:注册自己的账号，想要免费则需要有个教育邮箱。商用的必然不是免费。 第二步:CIBERSORTx需要三个非常关键的文件 单细胞参考矩阵，标签矩阵和混池矩阵。其格式均有一定的要求。可以使用网站自己的示例文件练手，然后用自己的文件。 第三步:针对自己的实验目的，看过程是否需要做批次校正等相关步骤。 第四步:可以在Job results界面查看自己的实验结果。 (CIBERSORTx也可以用R语言实现，具体看自己的功
利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程
weixin_44192389的博客
05-28 1万+
利用CIBERSORT免疫细胞类群分析详细教程 现在最火的组学技术是什么，无疑便是单细胞测序了。通过单细胞测序，科研人员可以获得比原来更为精细的细胞图谱。但是单细胞测序诸多限制条件，也是不能让大家很好地利用这项技术解决自己的科学问题。 除了较高的费用外，极其严格的前期样本制备也使得许多研究人员望而却步。 那么有没有更好的办法来解决这一问题呢？答案是肯定的！ 从事免疫相关工作的研究人员，目前只需常规普通的转录组测序数据，就能拿到该样本中各类免疫细胞如DC细胞、NK细胞、CD4+ T细胞等所占比例..
JQuery File Upload 插件 出现 “empty file upload result” 错误的解决方案。
weixin_33682790的博客
09-29 273
本例中采用的是 JQuery File Upload + ASP.NET 的方式，   Google了大半天基本没有找到合理的解决方案，倒是在 NodeJS的一遍博客中找到了灵感：http://www.it165.net/pro/html/201306/6047.html   出现该问题的原因在于 Jquery File Upload 修改了Json的格式！   即 jQuery fi...
手把手教你R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用
m0_58549466的博客
04-18 2万+
R语言CIBERSORT计算免疫浸润+Rproject的使用；包括自定义函数的方法或者下载包的方法
Errors were encountered while processing 解决方法
热门推荐
柯影的博客
02-23 11万+
在执行更新或者安装软件命令时 sudo apt-get upgrade sudo apt-get install 遇到：Errors were encountered while processing 查看错误信息发现： not fully installed 解决方法：： cd /var/lib/dpkg sudo mv info info.bak sudo mkdir info...
CIBERSORTx数据上传格式
weixin_43364556的博客
09-12 6865
CIBERSORTx简介 一个利用反卷积算法将癌组织的表达数据推断各种免疫细胞的占比，默认提供22种作者自己训练得到的分析矩阵（用来分解组织级别的表达数据），也可以自己利用单细胞表达数据来构建这个数据集。 CIBERSORTx是第二个版本，只有网上版本，第一个版本是提供R语言包的，可以直接下载（之前下载过一次，有需要可以问我要）。 数据上传格式 CIBERSORTx需要输入组织的表达数据，我们常见的数据有两种，芯片表达数据和RNAseq表达数据。可以可以按照是否取log分为log形式的和非log形式的，我们
CIBERSORT 最全介绍 官网
生信小博士的博客
10-23 5154
用于芯片表达矩阵和测序表达矩阵，对未知混合物和含有相近的细胞类型的表达矩阵的去卷积分析优于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA)。注意Cibersort结果的默认文件名为CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夹下进行第二次运算会覆盖第一次得到的文件，建议在每一次运算之后对文件重命名。CIBERSORT同时提供R包和在线网页工具，可以对用户的表达矩阵进行非负矩阵分解后计算不同细胞类型的比例。网页版有LM22的参考数据集，只需要提供表达矩阵文件就可以了。
cibersortx 代码
09-01
CIBERSORTx是一种用于基因表达数据分析的计算工具，可用于评估调查样本中的不同细胞类型的相对丰度。它通过将样本的基因表达数据与已知的细胞类型参考基因表达模式进行比较，从而推断出样本中各种细胞类型的存在比例。 CIBERSORTx的代码使用R语言编写，主要分为两个部分：训练模型和运行预测。 在训练模型部分，首先需要准备一个细胞类型的参考基因表达数据集合，其中包括各种细胞类型的基因表达模式。然后，将这些参考基因表达数据导入到代码中，并通过建立模型来学习不同细胞类型的基因表达模式。训练模型需要一定的计算时间，但只需要进行一次。 在运行预测部分，首先需要准备待分析的样本的基因表达数据。将样本的基因表达数据导入到代码中，并结合之前训练好的模型，使用CIBERSORTx的算法进行计算，推断出样本中各种细胞类型的相对丰度。这里的运行预测是针对每个样本进行的，可以批量进行。 CIBERSORTx的输出结果包括每个样本中各种细胞类型的相对丰度值，以及一些统计分析的指标。这些结果可以帮助研究人员理解调查样本中细胞类型的组成，比如在肿瘤研究中，可以了解肿瘤微环境中免疫细胞的比例，从而对患者的治疗和预后进行评估。 总的来说，CIBERSORTx的代码提供了一个方便的工具，可以用于分析基因表达数据，推断样本中各种细胞类型的相对丰度。这对于生物医学研究和疾病研究具有重要意义。

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