ARACNe-AP的安装和使用

YZJenny

已于 2023-06-28 15:25:34 修改

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文章标签： java jvm 开发语言

于 2023-06-06 18:39:58 首次发布

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1. 下载基于ARACNe-AP软件：https://github.com/califano-lab/ARACNe-AP

mkdir ARACNe-AP
git clone https://github.com/califano-lab/ARACNe-AP.git

2. 下载java：https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/#java8

mkdir JAVA_JDK
tar -zxvf /your/pathway/to/jdk-8u131-linux-x64.tar.gz

3. 下载ANTs：https://ant.apache.org/bindownload.cgi

mkdir ANTs
tar -zxvf /your/pathway/to/apache-ant-1.9.14-bin.tar.gz

4. 配置环境变量

vim ~/.bashrc
#写入以下内容
export JAVA_HOME=/YOUR/PATHWAY/TO/jdk1.8.0_211 
export CLASSPATH=$:CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib/ 
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

export ANT_HOME=/YOUR/PATHWAY/TO/apache-ant-1.9.15/
export PATH=$ANT_HOME/bin:$PATH

验证是否安装成功

source ~/.bashrc
java -version
ant -version

5. 构建JAVA需要的aracne.jar文件

cd ARACNe-AP
ant main #会产生dist/aracne.jar文件

6. 运行ARACNe-AP

6.1 准备输入文件：

（1）表达谱文件

（2）TF文件

6.2 运行软件

#Step1 Calculate threshold with a fixed seed
java -Xmx5G -jar ARACNe-AP/dist/aracne.jar -e RNAseq/exp.txt -o ARACNe --tfs TF.txt --pvalue 1E-8 --seed 1 --calculateThreshold

#Step1: Run 100 reproducible bootstraps
for i in {1..100}
do
java -Xmx5G -jar ARACNe-AP/dist/aracne.jar -e RNAseq/exp.txt -o ARACNe --tfs TF.txt --pvalue 1E-8 --seed $i --threads 60
done

#Step3: Consolidate bootstraps in the output folder
java -Xmx5G -jar ARACNe-AP/dist/aracne.jar -o ARACNe --consolidate --threads 60

参考：单细胞数据分析之蛋白活性推断篇 - 简书