LoFreq是一种快速且灵敏的变体调用程序,用于从下一代测序数据中推断SNV和插入缺失。它充分利用了测序中固有的碱基调用质量和其他错误来源(例如映射或碱基/插入缺失对齐不确定性),这些错误通常被其他方法忽略或仅用于过滤。
LoFreq 几乎可以在任何类型的比对测序数据(例如 Illumina、IonTorrent 或 Pacbio)上运行,因为没有使用依赖于机器或测序技术的阈值。它自动适应覆盖率和测序质量的变化,因此可以应用于各种数据集,例如病毒/准种、细菌、宏基因组学或体细胞数据。
LoFreq非常敏感;最值得注意的是,它能够预测低于平均碱基检出质量(即测序错误率)的变异。每个变体调用都分配了一个 p 值,允许严格的假阳性控制。尽管它没有使用近似值或启发式方法,但由于几个运行时优化,它非常有效,并且还提供了(伪)并行实现。LoFreq是通用且足够快的,可应用于高覆盖率数据和大型基因组。在单个处理器上,分析覆盖率接近 4000 倍的登革热基因组测序数据需要一分钟,在覆盖率 600 倍的大肠杆菌基因组上调用 SNV 大约需要一个小时,在覆盖率100 倍的人类外显子组数据集上运行大约需要一个小时。
样机配置
- CPU
鲲鹏920
- 系统
openEuler 20.03 (LTS)
- 内核
4.19.90-2003.4.0.0036.oe1.aarch64
路径规划
- 选定根目录如
$root
mkdir -p $root && cd $root mkdir Lofreq APP
复制复制
基础环境依赖
下载
-
HTSlib : 1.10.2
-
Lofreq : 2.1.5
cd $root/APP && wget -qO- https://github.com/CSB5/lofreq/archive/refs/tags/v2.1.5.tar.gz | tar -zx
复制复制
安装
-
解压
cd $root/APP && tar -zxvf v2.1.5.tar.gz && cd lofreq-2.1.5
复制复制 -
编译安装
./bootstrap ./configure --with-htslib=$root/HTSlib --prefix=$root/Lofreq make -j48 make install
复制复制 -
依赖库
cp $root/HTSlib/lib/libhts.so.3 /usr/lib/ ldconfig
复制复制 -
配置环境变量
echo "# Lofreq" >> /etc/profile echo "export PATH=$PATH:$root/Lofreq/bin" >> /etc/profile echo "# End Lofreq" >> /etc/profile
复制复制 -
重加载环境变量
source /etc/profile
复制复制
验证
lofreq