基于TBSS的DTI数据处理流程

最新推荐文章于 2024-12-21 12:00:00 发布

zaza_zaza

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分类专栏： DTI 文章标签： TBSS FSL 数据处理流程命令

本文链接：https://blog.csdn.net/zaza_zaza/article/details/46460025

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本文详细介绍了在Linux环境下，利用FSL工具包中的TBSS（Tract-Based Spatial Statistics）处理和分析扩散张量成像（DTI）数据的完整流程。从数据准备开始，包括FA图像的拷贝，到TBSS预处理，非线性配准，平均FA图像和骨架创建，再到被试FA值配准到骨架上，以及体素水平的统计分析，使用randomise工具进行组间对比。最后，文章展示了如何观察和解释TBSS分析结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Linux系统，安装好FSL，DTI数据完成预处理后可进行TBSS处理，比较各组间FA骨架的差异。

1.数据准备：
在研究目录下，创建一个叫’TBSS’,并且把所有被试个体空间下的FA图像（data_FA.nii.gz）拷贝到该目录中。
mkdir TBSS
cd TBSS
ls

AD_N00300_dti_data_FA.nii.gz
AD_N00302_dti_data_FA.nii.gz
MCI_N00499_dti_data_FA.nii.gz
MCI_N00373_dti_data_FA.nii.gz
NC_N00422_dti_data_FA.nii.gz
NC_N03600_dti_data_FA.nii.gz

2.TBSS预处理：scaling the image values、converting them to Analyzeformat,，这两步都是alignment stage必需的
命令：tbss_1_preproc *.nii.gz

这一步生成两个新的目录： ‘FA’包含新的转换过的图像；‘origdata’包含原始图片。origdata目录下的slicedir文件夹下有各被试预处理后的FA图，可以检查一下是否有数据问题。

3.运用非线性配准将所有被试的FA图像对齐。
命令：tbss_2_reg
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