使用RDKit将pdb文件转成SMILES

最新推荐文章于 2024-03-03 22:15:21 发布

周迪新

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分类专栏： AI Drug Discovery 文章标签： RDKit

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Anaconda安装RDKit

conda create -c rdkit -n rdkit-env rdkit

import rdkit
from rdkit import Chem

mol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb')
SMILES = Chem.MolToSmiles(mol)

完了可以用这个网站画一下SMILES

http://cdb.ics.uci.edu/cgibin/Smi2DepictWeb.py
在这里插入图片描述

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周迪新

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使用RDKit将pdb文件转成SMILES

import rdkitfrom rdkit import Chemmol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb')Chem.MolToSmiles(mol)
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