周迪新的博客

所需要的软件安装包：安装 CUDA装的时候看着点，第二个要你装驱动的选择，回答N，不装。sudo sh cuda_10.0.130_410.48_linux.runsudo vim ~/.bashrc在 ~/.bashrc 文件最后加上export PATH=/usr/bin:/usr/local/cuda-10.0/bin${PATH}export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-10.0/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}source ~

参考YouTube ligand-based 药效团建模 pharmacophore elucidateStructure-basd 药效团建模 PLIF

Install PostgreSQL 10sudo sh -c 'echo "deb http://apt.postgresql.org/pub/repos/apt $(lsb_release -cs)-pgdg main" > /etc/apt/sources.list.d/pgdg.list'wget --quiet -O - https://www.postgresql.org/media/keys/ACCC4CF8.asc | sudo apt-key add -sudo apt-get

安装 PyMOL参考这篇安装 OpenBabelsudo apt-get install openbabel -y需要用的软件都已经安装好了，现在你就可以看官网中的教程了，跟着做就好https://www.cheminformania.com/ligand-docking-with-smina/

sudo apt-get install openbabel -y

文章目录一、打开 PyMOL二、开始表演依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令一、打开 PyMOLubuntu 安装 pymol 教程二、开始表演依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令fetch 1OYTremove resn HOHh_add elem O or elem Nselect 1OYT-FSN, resn FSN #Create a selection called 1OYT-FSN from the ligandselect 1OYT-receptor, 1

一、安装依赖包sudo apt-get updatesudo apt-get install -y git build-essential python3-dev libglew-dev \ libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev \ libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev二、下载源代码如果下面两个命令使用不了的话，直接进入网址去下载，Download ZI

2021年发表的DeepCoy 是通过深度生成模型来生成 decoy 分子，其使用模型源自于同一作者Fergus Imrie 在2020年发表的Delinker, 能够进行 Fragment-based 药物生成。而 Delinker 模型又源自于 微软 在 NeurIPS 2018 发表的 CGVAE.CGVAEpdfgithubDelinkerpdfgithubDeepCoypdfgithub...

文章目录1. 安装Anaconda (装过的就别装了)2. 配置GPU环境 (配过的就别配了)3. 配置deepchem环境1. 安装Anaconda (装过的就别装了)安装Anaconda教程2. 配置GPU环境 (配过的就别配了)安装pytorch gpu和tensorflow gpu版3. 配置deepchem环境在 conda base 环境中，创建 rdkit 环境，并取名为 deepchem(base) zdx@n104:~$ conda create -c rdkit -n de

详细介绍：https://github.com/chembl/chembl_webresource_client/blob/master/README.rst其他：https://github.com/mgalardini/chembl_toolshttps://github.com/chembl/chembl_webresource_client/issues/25...

文章目录先把pdbqt文件转成pdbAnaconda 安装Openbabelpip 安装 Openbabel然后把pdb转成SMILES先把pdbqt文件转成pdbAnaconda 安装Openbabel conda install -c conda-forge openbabel pip 安装 Openbabelpip install openbabel将pdbqt转成pdbbabel -ipdbqt /home/zdx/XXX.pdbqt -opdb /home/zdx/XXX.pdb

import rdkitfrom rdkit import Chemmol = rdkit.Chem.rdmolfiles.MolFromPDBFile('CHEMBL519111.conf1.pdb')Chem.MolToSmiles(mol)

Anaconda 安装Openbabel conda install -c conda-forge openbabel pip 安装 Openbabelpip install openbabel将pdbqt转成pdbbabel -ipdbqt /home/zdx/XXX.pdbqt -opdb /home/zdx/XXX.pdb