使用 PyMOL 将靶点与配体复合物中的靶点和配体拆出来

一、打开 PyMOL

ubuntu 安装 pymol 教程

二、开始表演

依次在 pymol 中间的框框里输入下面的命令

fetch 1OYT
remove resn HOH
h_add elem O or elem N
select 1OYT-FSN, resn FSN #Create a selection called 1OYT-FSN from the ligand
select 1OYT-receptor, 1OYT and not 1OYT-FSN #Select all that is not the ligand
save 1OYT-FSN.pdb, 1OYT-FSN
save 1OYT-receptor.pdb, 1OYT-receptor

输出结果会在你运行 pymol 的目录里