ChEMBL数据库的官方python工具包

最新推荐文章于 2024-10-11 07:17:55 发布
最新推荐文章于 2024-10-11 07:17:55 发布
阅读量4.1k 收藏 7
点赞数 2
分类专栏： AI Drug Discovery 文章标签： python big data 数据库
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/zdx1996/article/details/87655770
版权
周迪新
关注
专栏目录
chembl_webresource_client 包数据接口下载chembl数据库；ZINC数据库下载、simles获取
weixin_42357472的博客
11-01 2035
点击进去https://zinc.docking.org/subclasses/kinase/predictions/，然后下载sdf模式，这里可以转化simles格式，如果下载csv里面没有包含simles。参考：https://github.com/chembl/chembl_webresource_client/blob/master/demo_wrc.ipynb。参考：https://zinc.docking.org/这是网页搜索查看，16条数据。这个数据这下载特别慢。
RDKit | 从ChEMBL数据库提取大分子HELM单体（XML转换为DataFrame并搜索部分结构)
DrugAI
12-05 1663
研究大分子的HELM表示。HELM具有分层结构，并结合了单体来代表聚合物（例如肽）。 HELM的特征是其表达的可扩展性，还可以通过将原始单体添加到单体库中来表达不自然的结构。 另一方面，由于HELM表达式使用缩写（ID），所以如果不共享单体库，则存在指定具有相同ID的不同单体的风险，因此了解单体库很重要。 找出什么样的单体信息存储在ChEMBL中，这是HELM也处理的熟悉的数据库。 具体旨在读取XML文件中提供的单体库，并将其转换为Pandas DataFrame。 导入库 import xm
chembl_webresource_client:用于访问ChEMBL API的官方Python客户端
04-30
ChEMBL Web资源客户端 这是集团开发和支持的唯一官方Python客户端库。 该库有助于从Python访问ChEMBL数据和化学信息学工具。 您不需要知道如何编写SQL。 您不需要知道如何与REST API交互。 您不需要编译或安装任何化学信息学框架。 结果被缓存。 客户端处理与HTTPS协议的交互，并将所有结果缓存在本地文件系统中，以加快检索速度。 客户端抽象出所有与网络相关的任务，为最终用户提供了方便的界面，给人以使用本地资源的印象。 设计基于Django 接口。 客户端还实现对结果的惰性评估，这意味着它将仅在需要值时评估对数据的请求。 这种方法减少了网络请求的数量并提高了性能。 安装 pip install chembl_webresource_client 快速开始 以下是一些最常用的用例。 通过同义词搜索分子： from chembl_webresource_cli
ChEMBL Webresource Client 使用教程
最新发布
gitblog_00258的博客
10-11 403
ChEMBL Webresource Client 使用教程 chembl_webresource_client Official Python client for accessing ChEMBL API 项目地址: http...
Python库 | chembl_beaker-1.1.13.tar.gz
05-13
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：chembl_beaker-1.1.13.tar.gz 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
Python从chembl数据库批量下载小分子并对ic50进行筛选
lijingxiaov5的博客
04-09 509
Python从chembl数据库批量下载小分子并对ic50进行筛选
PyPI 官网下载 | chembl-core-db-0.9.22.tar.gz
01-26
资源来自pypi官网。 资源全名：chembl-core-db-0.9.22.tar.gz
PyPI 官网下载 | chembl_webservices-2.2.2.tar.gz
02-11
"chembl_webservices-2.2.2.tar.gz"是一个针对ChEMBL数据库的Python接口，该接口允许开发者便捷地访问和操作ChEMBL的化学信息和生物活性数据。ChEMBL是欧洲生物信息研究所（EBI）维护的一个大型数据库，存储了大量的...
chembl_webresource_client-master.zip
10-25
ChEMBL数据库的官方python工具包安装及使用过程，网址：https://github.com/chembl/chembl_webresource_client 自动调用ChEMBL数据库。内容包括（查询化合物，找相似化合物，分析化合物，等）支持大批量文件操作
py4chemoinformatics：用于化学信息学的Python
02-03
在Py4Chemoinformatics中，一个关键的组件是 RDKit（Rapid Development Toolkit），这是一个开源的化学信息学工具包，提供了丰富的化学结构操作和计算功能。例如，RDKit可以用于绘制分子结构图，计算分子指纹，执行...
ChEMBL_Structure_Pipeline:ChEMBL数据库结构管道
05-22
ChEMBL结构管道 ChEMBL协议用于对分子进行标准化和盐溶。 首次在ChEMBL 26中使用。 查看和论文 ，以获取有关不同过程的详细说明。 安装（需要RDKit才能工作） 来自来源： git clone https://github.com/chembl/ChEMBL_Structure_Pipeline.git pip install ./ChEMBL_Structure_Pipeline 使用conda： conda install -c conda-forge chembl_structure_pipeline 用法 标准化化合物 from chembl_structure_pipeline import standardizer o_molblock = """ Mrv1810 07121910172D 4 3 0 0 0
Python库 | cmlutils-1.3.5-py3-none-any.whl
03-16
Python库cmlutils-1.3.5-py3-none-any.whl是一个专门为Python开发者设计的工具包，它提供了一系列方便实用的功能，旨在简化和加速数据处理、计算以及与化学和材料科学相关的任务。该库可能包含各种模块，用于处理...
安装chembl psql
unsterbliche的博客
06-19 870
没装psql的可以先从源码编译安装（ubuntu18） 参见另一个博文https://blog.csdn.net/unsterbliche/article/details/92806630 安装好后先下载chembl的psql dump ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/latest/ 下载里面的ftp://ftp.ebi...
基于ChEMBL数据库的文本分类器
onetwotwothree_的博客
04-11 557
摘要：某些科学家和将大数据提取整理到公共数据库这一过程都需要对文本进行数据挖掘，科学出版物的大量发行则要求可以实现半自动和全自动文本挖掘。作者开发了一种文档分类器，可以成功区分“类化学物” (即与小分子药物发现相关且可能包含定量生物活性数据的出版物)和“非类化学物”。 基于ChEMBL数据库的文本分类器 ref：Journal of Cheminformatics 2014, 6:40；IF=3.893 链接：http://www.jcheminf.com/content/6/1/40..
汇总药用数据库(Pubchem,bingdingDB,Chembl,ExcapeDB)数据
recher_He1107的博客
05-21 2543
记载一下如何汇总4大数据库的数据
根据chembl_id 查询蛋白分类信息
recher_He1107的博客
09-15 1586
记录笨比上班生活又一天 没啥好说的直接上代码运行效果运行结果 没啥好说的直接上代码 以一个含有chembl target ID号的表格为起点,输入输入文件地址,chembl_id列名,以及输出文件地址 chembl的api 分为多层 chembl_id>>>>>componen_id>>>>>protein_id # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Mon Sep 14 21:52:27 2020 @au
生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
09-01 2756
蛋白质常用数据库提供了蛋白分析的许多极为重要的参数，也有助于药物的开发。
ChEMBL结构处理管道：化学结构标准化的利器
gitblog_00010的博客
09-14 288
ChEMBL结构处理管道：化学结构标准化的利器 ChEMBL_Structure_Pipeline ChEMBL database structure pipelines 项目地址: https://gitcode.com/gh_...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值