nii文件转换方向

1. 我想把RPI转成RAI

2. 方案（目前测试行不通）

import nibabel as nib
import numpy as np


def compute_orientation(init_axcodes, final_axcodes):
    """
    A thin wrapper around ``nib.orientations.ornt_transform``

    :param init_axcodes: Initial orientation codes
    :param final_axcodes: Target orientation codes
    :return: orientations array, start_ornt, end_ornt
    """
    ornt_init = nib.orientations.axcodes2ornt(init_axcodes)
    ornt_fin = nib.orientations.axcodes2ornt(final_axcodes)

    ornt_transf = nib.orientations.ornt_transform(ornt_init, ornt_fin)

    return ornt_transf, ornt_init, ornt_fin


def do_reorientation(data_array, init_axcodes, final_axcodes):
    """
    source: https://niftynet.readthedocs.io/en/dev/_modules/niftynet/io/misc_io.html#do_reorientation
    Performs the reorientation (changing order of axes)

    :param data_array: 3D Array to reorient
    :param init_axcodes: Initial orientation
    :param final_axcodes: Target orientation
    :return data_reoriented: New data array in its reoriented form
    """
    ornt_transf, ornt_init, ornt_fin = compute_orientation(init_axcodes, final_axcodes)
    if np.array_equal(ornt_init, ornt_fin):
        return data_array

    return nib.orientations.apply_orientation(data_array, ornt_transf)


# I test the code by the following simple demo, and it works.

init_path = r"\path1\Necrosis_000_0000.nii.gz"
target_path = r"\path2\Necrosis_000_0000.nii.gz"

init_nii = nib.load(init_path)
lits_data = init_nii.get_fdata()  # shape = (512, 512, 123)
lits_axcodes = tuple(nib.aff2axcodes(init_nii.affine))  # ('R', 'A', 'S')
tatget_nii = nib.load(target_path)
kits_axcodes = tuple(nib.aff2axcodes(tatget_nii.affine))  # ('I', 'P', 'L'

new_lits_img = do_reorientation(lits_data, lits_axcodes, kits_axcodes)  # shape = (123, 512, 512)

header_info = init_nii.header
new_image = nib.Nifti1Image(new_lits_img, tatget_nii.affine, header_info)
nib.save(new_image, r"\target_path\test.nii.gz")

左是转换前，右是转换后

基本信息，

 

但是发现转换后ITKSnap的显示并没有变化
而且ITKSnap显示的方向和代码里显示的有些是反的（R-L, S-I）

 不懂为啥，好像这个方法行不通

NIfTI格式医学图像不同方向之间旋转 - 知乎

3. 其他方案
（1）

reoriented = sitk.DICOMOrient(img, 'RAI')

这个方法行不通，转换后图像并没有变化，而且操作后Orientation的显示再ITKSnap的显示并不是RAI，相反的是IPS

该死的，我好像知道为什么了，因为这个图像的Direction是，根据之前的方向理解（CSDN），是对的上的
参考How to change the orientation of SimpleITK image in Python - Stack Overflow

 SimpleITK: itk::simple::DICOMOrientImageFilter Class Reference

看官方的解释，我感觉就是我要的函数啊，不懂为啥行不通。 

 （2）直接SetDirection()
这个是目前我行得通的，而且非常简单的
 

a = sitk.ReadImage(init_path)
a.SetDirection((1,0,0,0,1,0,0,0,1))  # RAI
sitk.WriteImage(a, out_path)

 可以看到方向已经转过来了，而且Spacing和Orientation是一致的

3. nib.as_closest_canonical(这个方法还没有试)

def reorient_to_RAS(img_fname: str, output_fname: str = None):
    img = nib.load(img_fname)
    canonical_img = nib.as_closest_canonical(img)
    if output_fname is None:
        output_fname = img_fname
    nib.save(canonical_img, output_fname)