医学图像处理
zhangjipinggom
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cv2.circle()参数说明
cv2.circle()第一个是在哪张图上增加圆,第二个参数表述圆心位置,接着半径,颜色,线的宽度。特别需要注意的是第二个参数,这里(x,y)对应着原图的(y, x)原创 2023-02-08 14:41:31 · 1035 阅读 · 1 评论 -
cv2.HoughCircles return None
cv2.HoughCircles return None可能原因:如果输入的是二进制图像,前景要是255,不是1原创 2023-01-03 17:04:04 · 385 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer Markups模块 标记点使用简易说明
3D Slicer Markups模块 标记点使用简易说明原创 2022-12-29 10:14:53 · 738 阅读 · 0 评论 -
3D Slicer Volume Rendering模块使用简单说明
3D Slicer Volume Rendering模块使用简单说明原创 2022-12-28 22:40:00 · 1329 阅读 · 1 评论 -
nib plt可视化
结合nibabael和plt简单二维可视化3D医学图像转载 2022-12-15 15:42:35 · 197 阅读 · 0 评论 -
SimpleITK resample 到固定尺寸
比如想把[48, 48, 32]的数据采样成[64, 64, 64]. Spacing可以会改变转载 2022-08-24 17:29:16 · 476 阅读 · 0 评论 -
nii文件中的方向理解
记录理解,原文见http://www.grahamwideman.com/gw/brain/orientation/orientterms.htm1. 方向定义也就是说:superior-inferior -> 头到脚anterior-posterior -> 正脸到后脑勺right-left -> 右半边到左半边这些都是以病人为中心来说的另:simpleITK里面一些基本概念https://simpleitk.readthedocs.io/en/m.原创 2021-07-07 21:58:59 · 6519 阅读 · 6 评论 -
SimpleITK写入数据
1. 问题如果直接用sitk.GetImageFromArray(),然后sitk.WriteImage(),会使得生成的数据spacing,Origin等属性都变成默认的,比如spacing会变成[1,1,1]# lost header, including spacingimg_npy = sitk.GetArrayFromImage(img_sitk)new_img_npy = img_npy[z_begin: z_end, :, :]new_mask_npy = mask_npy[z_原创 2022-03-28 10:42:12 · 3307 阅读 · 3 评论 -
nii文件转换方向
1. 我想把RPI转成RAI2. 方案(目前测试行不通)import nibabel as nibimport numpy as npdef compute_orientation(init_axcodes, final_axcodes): """ A thin wrapper around ``nib.orientations.ornt_transform`` :param init_axcodes: Initial orientation codes原创 2022-02-28 17:11:49 · 3446 阅读 · 3 评论 -
怎么改变nifti数据里面的矩阵数据再另存为新的.nii
1. 问题描述我收到的标注文件是每个部位都存在一个.nii里,而且前景部分数值都为1,这样数据重复部分很多,而且后续深度学习写接口文件有些麻烦。所以想把同一个sample的不同部位的标签结果放在同一个.nii文件里。2. 解决方案# merge the annotation: because previously, each bone is stored in individual .nii and the value is 1 in all bones.# merge the anno.原创 2021-05-13 23:06:22 · 636 阅读 · 0 评论 -
怎么把.stl文件转成.nii文件
https://discourse.slicer.org/t/converting-stl-files-to-binary-label-maps-in-nii-format-using-python/13038原创 2021-05-13 14:32:40 · 3623 阅读 · 16 评论 -
怎么把dicom数据转成nifty数据
1. 问题描述dicom数据是医学上CT/MRI等模态的数据存储的通用格式,Digital Imaging and Communications in Medicine,包含除了体素值以外的其他数据,包括患者信息,扫描参数等,但这样的数据每一层都是一个.dcm文件,很麻烦,转成.nii的数据更方便些。2. 实现方法python下直接调用函数就行(感谢造轮子大佬)import dicom2niftidicom2nifti.convert_directory(dicom_director.原创 2021-05-12 11:05:32 · 1898 阅读 · 0 评论