暑假转录组分析学习2020.8

1. 根据文章中提到的序列号，使用prefetch下载数据

$nohup prefetch –option-file SRR_Acc_List.txt &

2. 使用SRA Toolkit工具将下载的数据.sra格式转换为.fastaq格式

$fastq-dump --split-e  --defline-qual ‘+’ SRR1924226.sra
nohup fastq-dump --split-e --defline-qual '+' --defline-seq '@\$ac-\$si/\$ri' ../SRR29274374.1 &

3. 使用FastQC工具对获得的fastq数据进展质控

$fastqc –o ./fasta_result SRR1924226.fastq

4. 使用hisat2-build对日本沼虾转录组信息建立索引

$hisat2-build –f Macrobrachium_nipponense.fasta MT

5. 使用hisat2将RNA-seq数据映射到基因组

$hisat2 -p 2 –x MT –U SRR1924226.fastq -S MT24226.sam(一个fasta文件)
$hisat2 –p 2 –x MT -1 SRR1924233_1.fastq -2 SRR1924233_2.fastq -S MT24226.sam(两个fasta文件)

6. 使用samtools建立比对文件索引

$samtools view –Sb MT24226.sam | samtools sort –o MT24226-sort.bam
$samtools index MT24226-sort.bam

7. 使用cuffdiff进行基因差异表达分析

$cuffdiff –o 26vs30 –u Macrobrachium_nipponense.gff3 MT24226-sort.bam MT24230-sort.bam

8. 将cuffdiff处理得到的gene_exp.diff用下载的本地，使用chrome打开，对其中显示的基因去NCBI官网下载其fasta格式的数据。
9. 将下载的fasta数据导入到blast2go软件，对数据依次进行blast>mapping>annot>go-silm>go-enzymecode mapping>interpro>merge interproscan gos to annotation,点击charts，graphs作图