学习汇报9.26-9.28

lab1连接服务器

连接服务器
可以使用xshell.exe
也可以使用putty.exe

lab2服务器和本地文件的传输

服务器和本地文件的传输
可以使用filezilla.exe
同样可以使用WinSCP.exe

lab3linux基本命令

ls（查看当前目录文件）
pwd（查看当前路径）
cd （打开文件夹）
cd ../（返回上一层目录）
cd ~（进入个人家目录下）
mkdir（新建文件夹）
rmdir（删除文件夹）
cp  -r 文件位置 目的文件位置（复制文件夹）
nano/vi/vim（编辑文本）
more（从开头显示文本的一部分）
cat（显示文本全部内容 -n添加行号）
less（从结尾显示文本一部分）
chmod（修改权限）
wc（统计文件的行数，字数和字符数 -l只看行数）
head -5 a.fa|tail -1（显示第五行）
grep \>(提取带">"的行)

lab4质控fastqcbao

fastqc -t 2 test.fastq -o ./

lab5数据过滤fastx-toolkit

保留quality>20的碱基占总长度90%的reads

fastq_quality_filter -i test.fq -o test_filter.fq -q 20 -v -Q33 -p 90

保留每条序列的第10-30个核苷酸

fastx_trimmer -i test.fq -f 10 -l 30 -o test_trimmer.fq -Q33 -v

将含有adapter的序列且长度低于40bp的序列去除

fastx_clipper -i test.fq -a CTGATAGACTGAT -o test_clipper.fq -Q33 -v -l 40

相同序列合并成单条序列，并对每条序列进行计数

fastx_collapser -i test_1.fq -o test_collapser.fq -Q33 -v

将fastq格式数据转换成fasta格式

fastq_to_fasta -i test.fq -o test.fasta -Q33

将fasta格式数据转换成tabulated格式

fasta_formatter -i test.fasta -o testw0.fasta -w 0#序列不分行
fasta_formatter -i test.fasta -o testw0.fasta -w 7#序列每行7个碱基
fasta_formatter -t -i test.fasta -o testw0.txt#将fasta格式转换成tab格式文件，一列是序列ID，一列是序列

lab6 Tophat+Cufflink

建立索引

bowtie2-build genome.fa genome

将序列比对到基因组

tophat -p 4 -G genes.gtf -o gen_thout genome test.fq

组装表达基因和转录本

cufflinks -p 4 -o gen_clout gen_thout/accepted_hits.bam
echo "./gen_clout/transcripts.gtf">assemblies.txt#>写入>>追加

合并注释

cuffmerge -g genes.gtf -s genome.fa -p 4 assemblies.txt

鉴定表达差异基因和转录本

cuffdiff -o diff_out -b genome.fa -p 4 -L C1,C2 -u merged_asm/merged.gtf gen_thout1/accepted_hits.bam gen_thout2/accepted_hits.bam

使用cummeRbund可视化cuffdiff结果

#下载包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages