R语言生存分析模型简介及survival包实现实战：基于survival包lung数据集

最新推荐文章于 2024-04-19 00:02:00 发布
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分类专栏： R语言从入门到机器学习 文章标签： 数据挖掘 机器学习 自然语言处理 人工智能 r语言
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本文链接：https://blog.csdn.net/zhongkeyuanchongqing/article/details/120443946
版权
本文介绍了R语言中survival包的使用，包括生存对象构建、KM生存数据估计、性別分组的KM曲线分析、COXPH回归模型构建，并探讨了模型比较、风险预测和参数模型建立等内容，以lung数据集为例进行实战解析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言生存分析模型简介及survival包实现实战：基于survival包lung数据集

目录

R语言生存分析模型简介及survival包实现实战

#survival包简介

#包及数据集

#构建生存对象并估计KM生存数据

#根据sex分组估计KM生存曲线并检验显著性

#strata来控制协变量的影响

#构建COXPH回归模型

#简单模型和复杂模型比较

#风险预测

#分层coxph模型

#构建参数模型

See the source image

#survival包简介

survival用法

Surv：用于创建生存数据对象

survfit：创建KM生存曲线或是Cox调整生存曲线

survdiff：用于不同组的统计检验

coxph：构建COX回归模型

cox.zph：检验PH假设是否成立

survreg：构建参数模型

#包及数据集</

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R 语言中的Lung数据集 生存分析
Mrrunsen的博客
05-30 1939
我们将使用 Survival 包进行分析。使用预加载在生存包中的Lung数据集，该数据集包含来自 North Central 癌症治疗组的 228 名晚期肺癌患者的数据，基于 10 个特征。数据集包含缺失值，因此假设在构建模型之前在您身边完成缺失值处理。 # Installing package install.packages("survival") # Loading package library(survival) # Dataset information ?lung # Fitti
R语言数据包自带数据集之survival包的colon数据集字段解释、数据导入实战
data+scenario+science+insight
03-11 3090
R语言数据包自带数据集之survival包的colon数据集字段解释、数据导入实战 #数据字段说明 colon数据集：B/C期结肠癌辅助化疗治疗数据 d # 患者编号 study # 所有患者都是1 rx # 治疗方式，有三种：观察、Levamisole、Levamisole+5-FU sex # 性别，男性为 1，女性为 0 age # 年龄 obstruct # 肿瘤是否阻塞结肠，有为1，无为0 perfor # 结肠是否穿孔，有为1，无为0 adhere # 肿瘤是否粘附.
R包 survival 生存分析
weixin_30897233的博客
07-10 1745
https://cran.r-project.org/web/packages/survival/index.html 转载于:https://www.cnblogs.com/0820LL/p/11165038.html
基于survival包的生存分析R语言实现
最新发布
2301_79584199的博客
04-19 2289
本质上，对数秩检验将每个组中观察到的事件数与原假设为真（即，生存曲线相同）下的预期事件进行比较。生存分析是分析生存时间的统计学方法，其因变量需要用生存时间和结局状态两个变量来刻画，可以将终点事件是否发生以及发生终点事件所经历的时间相结合起来。生存分析的主要内容有。不同的是，不同的方法在计算统计量的时候，赋予了不同的权重。横轴（x轴）表示以天为单位的时间，纵轴（y轴）表示生存的可能性或生存的人口比例。()获取生存曲线的统计量。生存差异的对数秩检验得出p值为p = 0.0013，表明性别群体的生存差异显着。
R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释、数据导入实战
data+scenario+science+insight
03-11 7795
R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释、数据导入实战 目录 R语言数据包自带数据集之survival包的lung数据集字段解释、数据导入实战 #数据字段说明 #导入包 #导入数据 #数据字段说明 survival包的lung数据集 lung数据集：NCCTG晚期肺癌患者的生存率。 inst # 机构代码； time # 生存天数； status # 生存状态，1为删失，2为死亡； age # 年龄；sex # 性别，1为男性，2为女性； ph.
R语言构建生存分析（survival analysis）模型示例
data+scenario+science+insight
07-10 2569
R语言构建生存分析（survival analysis）模型示例 生存分析处理的是预测特定事件将要发生的时间。它也被称为失败时间分析或死亡时间分析。例如，预测癌症患者存活的天数，或者预测机械系统将要失效的时间。 使用名为Survive的R包进行生存分析。这个包包含函数Surv()，它将输入数据作为R公式，并在选定的变量中创建一个生存对象进行分析。然后我们使用函数survfit（）为分析创建一个图。 #安装包 install.packages("survival") .
r语言npsurv_R生存分析
weixin_30486717的博客
01-12 1227
library(stats)library(survival)## Information of datadata(package = "survival")# List datasets in survival packagehelp(bladder1) #Description of datahead(bladder1) # Showfirst 6 rowsstr(bladder1) #...
R语言-Survival analysis（生存分析）
ToyPython的博客
05-31 6021
出处
R语言 生存分析与cox模型的学习笔记
菠萝西斯的博客
04-28 9388
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录前言一、基础概念二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结 前言 提示：这里可以添加本文要记录的大概内容： 例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。 提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考 一、基础概念 示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。 T是我们感兴趣的变量，time to death。T大
R 中Salaries数据集找不到的原因
XH生信和机器学习空间
02-26 4703
从car 包中导入R中Salaries数据集时发现不存在： > data(Salaries, package="car") Warning message: In data(Salaries, package = "car") : data set ‘Salaries’ not found 原来是Salaries 数据转移到carData包中了，重新导入即可 > data(Salar...
group子句返回结果中会有一行对null值的统计_R语言统计与绘图：Kaplan-Meier生存曲线绘制
weixin_39992312的博客
11-21 494
生存分析研究的是某个事件发生之前过去的时间，在临床研究中最常见的应用就是死亡率的估计(预测患者的生存时间)，不过生存分析也可以应用于其他领域如机械故障时间等。在R中，survival包中有很多函数可以对生存数据进行建模，可以使用survfit()函数来估计删失数据的生存曲线，使用coxph()函数用来拟合Cox比例风险模型。在survminer包中，可以使用plot()函数、ggsurvplot(...
R语言使用survival包生存分析、在survfit函数中设置公式不包含自变量计算生存中位数及其置信区间、样本数、事件数等
statistics+insight+vista+power
05-30 775
R语言使用survival包的Surv函数创建生存对象、在survfit函数中设置公式不包含自变量计算生存中位数及其置信区间、样本数、事件数等
survival | 生存分析（3）：生存曲线（下）
R语言学堂
08-24 1833
前两篇推文完成了对单类型事件分析的介绍，本篇将介绍多类型事件情况下的分析。第一部分介绍多类型单事件。这种情况下，虽然事件类型有多种，但每个主体只对应一种事件结果或删失，又称竞争风险（competing risks）。第二部分介绍多类型多事件。这种情况下，事件类型可分为存活事件和死亡事件，主体可在各种存活状态之间转移，并最终“死亡”（死亡事件发生）或删失（死亡事件未发生）。本篇目录如下：5 生存曲线...
survival r包如何进行landmark生存分析
04-29
Survival R包是一个非常强大的生存分析工具包，其中包含了许多进行生存分析所需的函数和方法。Landmark生存分析是一种特殊类型的生存分析，用于评估某个时间点后发生事件的风险，例如某种治疗对于患者在治疗后一段时间内的生存率的影响。 在Survival R包中，执行Landmark生存分析的步骤如下： 1. 首先，需要将数据集按照时间进行排序，并将每个观测值标记为是否在某个Landmark时间点之前发生了事件。 2. 接下来，需要使用Survival R包中的survfit函数来计算Landmark时间点之后的生存曲线。 3. 使用coxph函数来拟合Cox比例风险模型，以评估与治疗相关的影响。 4. 最后，可以使用survdiff函数来比较不同治疗组之间的生存曲线，以确定治疗是否显著影响了生存率。 下面是一个简单的示例代码，演示如何使用Survival R包进行Landmark生存分析： ```R # 加载Survival R包 library(survival) # 读取数据集 data(lung) # 按照时间进行排序 lung <- lung[order(lung$time), ] # 将观测值标记为是否在Landmark时间点之前发生事件 landmark_time <- 200 lung$landmark_event <- ifelse(lung$time <= landmark_time & lung$status == 1, 1, 0) # 计算Landmark时间点之后的生存曲线 landmark_survival <- survfit(Surv(time, landmark_event) ~ sex, data = lung) # 拟合Cox比例风险模型 cox_model <- coxph(Surv(landmark_time, time, landmark_event) ~ sex + age + ph.ecog, data = lung) # 比较不同治疗组之间的生存曲线 survdiff( ~ sex, data = lung, subset = time > landmark_time) ``` 上述代码中，我们首先将数据集按照时间进行排序，并将每个观测值标记为是否在Landmark时间点之前发生了事件。接下来，我们使用survfit函数计算Landmark时间点之后的生存曲线，并使用coxph函数拟合Cox比例风险模型。最后，我们使用survdiff函数比较不同治疗组之间的生存曲线。
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