1. Rccp简明教程(关于R与C++的混合使用方法)

Rcpp简明指南: R调用C++

张金龙

注： 本文需要读者了解：

（1） R函数的基本知识

（2） 编写R程序包

（3） C++的基础知识， 包括 类， 以及namespace等。

为什么要用R调用C++函数？ 原因可能有以下几点：

(1) R开发虽然很快， 涉及到一些循环的时候， 执行效率却常常相当于C++的1/100，甚至更慢

(2) C++中有一些已经开发好的库， 人们不希望再重写一遍R的代码。 而是最好通过编译之后直接调用。

Rcpp程序包为用R调用C++代码提供了方便。

用户直接在R的源代码src文件夹下加入cpp和h文件， rtools即可对C++文件进行编译。 但是为了从R的console能够直接调用cpp写的函数， 还必须对cpp的函数进行修改。

修改需要遵循以下原则：

1 所有从R输入到cpp的对象， 都是SEXP

2 从cpp返回到R的对象也必须是SEXP

3 C++中， 返回值如为数值， 可以用wrap()帮忙， 直接返回为SEXP的对象， 实现R的调用

换句话说， 只有加了SEXP这样一个标签，C++函数在 R和C++中才都能识别。 Rcpp提供了SEXP处理的响应的类， 使得两者之间的数据传输变得容易。 

以下是用R调用C++的一个简单例子：

如果在windows中要使用Rcpp， 则需要

1 安装Rcpp程序包，install.packages("Rcpp")

2 安装Rtools， 并配制好启动路径。电脑>属性>高级系统设置>高级>环境变量>系统变量>路径

3 在R console 中运行 library(Rcpp) ， 之后调用 Rcpp.package.skeleton函数，

Rcpp.package.skeleton( "test" )

在生成的R包 skeleton中， 可以找到rcpp_hello_world.cpp文件， 可以尝试添加几个函数， 修改成如下样式 （注意以下代码为C++文件,扩展名为cpp)

// C++文件开始

#include "rcpp_hello_world.h"
#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;
using namespace std;
// 注意 #include <Rcpp.h> 是调用Rcpp的必要条件
RcppExport SEXP intVec1a(SEXP vec) {
   Rcpp::NumericVector vec2(vec);
   int prod = 1;
   for (int i=0; i<vec2.size(); i++) {
       prod *= vec2[i];
   }
   return (wrap(prod));
}

// RcppExport 是为了在载入R包后， 在Namespace内内能够找到这个C++的函数

//第一个SEXP声明返回值的类型

//第二个SEXP， 声明vec变量为SEXP的类型，也就是说， 它可以是从R直接传入

// Rcpp::NumericVector vec2(vec); 意思 是将 vec转换为 vec2， 从SEXP转换为 NumericVector， NumericVector是Rcpp下的一个类， 在C++的函数中可以识别和调用。 后面的代码就和普通的C++没有什么分别了。

//return (wrap(prod)); 由于我们希望在R中直接可以得到该函数的运行结果， 因此， 返回值也需要转换为SEXP类型。 wrap函数提供了一种便捷的方式。 简单的类型， 如int， double等， 只需要直接调用wrap即可。 
RcppExport SEXP Eccentricity(SEXP JD)
{ 
 double JD3  = Rcpp::as<double>(JD);
 double T = (JD3 - 2451545.0) / 36525.0;
 double Tsquared = T*T;
 return (wrap(1 - 0.002516*T - 0.0000074*Tsquared));
}
// Rcpp::as<double>(JD); 表示调用Rcpp内的方法， 将类型为SEXP的JD， 转换为double类型， 并赋值給double JD3
RcppExport SEXP expfun(SEXP x){
double x2 = Rcpp::as<double>(x);
double ans=1.0, term=1.0, eps=1e-16;
int n=0;
while (fabs(term)>eps){
   n++;
   term = term * x2 / n;
   ans = ans + term;
}
  return(wrap(ans));
}
/  C++文件结束
对R程序包test的骨架进行修改后， 即可开始安装，

在windows下， 在 开始， cmd， 输入 Rcmd INSTALL test, 安装test程序包

之后转入 R console， library(test)

即可加载响应的动态链接库dll文件

只是此时调用dll中的文件， 还稍微有些不方便。 此时调用dll中函数的方法如下

.Call('Eccentricity', JD= 2314543)

.Call('intVec1a', vec= c(3, 4, 5))

.Call('expfun', x=3)

不过每次使用.Call函数， 仍然让人觉得不太满意。为了需要写一个R的wrapper function例如

expfunR <- function(x){

   return( .Call('expfun', x= x))

}

EccentricityR <- function(JD){

   return( .Call('Eccentricity', JD= JD))

}

intVecR <- function(x){
   return(.Call('intVec1a', vec= x))
}

调用方式同R函数，

expfunR(2)

EccentricityR(2314543)

intVecR(c(2,3,4))

这时候就和一般的R函数没有区别了。 

(2013.11.18 星期一 哈尔滨初次暴雪)