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RSS订阅原创 GAN Prior Embedded Network for Blind Face Restoration in the Wild 学习
GAN先验嵌入网络用于盲脸恢复
2023-02-05 15:34:46
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原创 学习笔记：“一种对于序列模型的卷积与循环网络的通用性评价”
An Empirical Evaluation of Generic Convolutional and Recurrent Networksfor Sequence Modeling
2022-12-01 16:15:44
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原创 Stacked Capsule Autoencoders
引言a） 物体由一系列几何组织部件所组成。本文引入了一个无监督的胶囊自动编码器（SCAE），意在使用部件之间的几何关系去推理对象；b) 由于部件间的关系，不依赖于视角的变动，所以该模型对视点的变化是健壮的；c) SCAE包括两个阶段：第一阶段，该模型直接从图像中预测部件的存在和姿态，并试图通过适当的排列来部件来重建图像。第二阶段，ACAE预测了几个对象胶囊的参数，然后利用这些参数重建局部的姿态。d) 与以往的胶囊网络不同，该模型中的推理是摊销的，并由现成的神经编码器执行。其无监督最近分类结果
2022-04-17 19:28:46
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原创 Djano静态资源配置
静态资源：图片、CSS文件、JS等等需要引用的资源配置过程：1、setting中的设置：a:前者为Django系统提供，旨在为之后调用静态资源只要需要在相应文件前面加上 /static/即可。b:而后者则是映射到自己所需要静态文件夹。后期使用中，只要/static/+所要的内容，就代表后者路径中相应内容。例如：这里就代表是文件夹/static/Picture/下的图片Frame.png。2、配置好后的使用：a):线下用Django测试，先运行python manage.py col
2022-03-08 14:09:11
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原创 DeepAc4C: a convolutional neural network model with hybrid features composed of physicochemical patt
文章DeepAc4C：一种由物理化学模式和分布式表示信息组成的混合特征的卷积神经网络模型，用于识别mRNA中的n4 -乙酰胞苷期刊Bioinformatics背景n4 -乙酰胞苷(N4-acetylcytidine, ac4C)是真核RNA中唯一的乙酰化修饰，与多种人类疾病相关。ac4C的实验室鉴定由于样品水解和成本高等因素而比较复杂。遗憾的是，现有的识别ac4C的计算方法并没有达到令人满意的性能结果作者开发了一种新型工具DeepAc4C，该工具使用卷积神经网络(cnn)识别ac4C，该网络使
2022-02-18 19:30:02
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原创 TargetNet: Functional microRNA Target Prediction with Deep Neural Networks
出发点：MicroRNAs (miRNAs)通过与信使RNA(mRNA)的靶位点结合，在基因表达调控中发挥关键作用。因此识别miRNA的功能靶点至关重要，但是这个预测是一个巨大的挑战。以前的计算算法存在很大局限性，使用保守的候选目标位点（CTS）选择标准，主要侧重规范位点类型，依赖费力且耗时的人工特征提取，没有充分利用miRNA-CTS相互作用的基础信息。结果本文章，作者提出了一种新的基于深度学习的功能性miRNA目标预测算法TargetNet。TargeNet有三个关键组成部分：（1）放宽CTS
2022-01-06 18:30:50
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原创 Nginx与UWSIG联用感悟
将自己的Django项目传到指定文件夹在该文件夹下创建uwsgi配置文件和nginx配置文件uwsgi.ini配置文件情况如下：nginx.conf的配置文件如下启动注意！！！配置完后则需要启动去uwsgi的启动如果服务器上创建了子用户，而该项目正好是子用户环境的项目，那么就在相应的子用户状态下启动。启动方式为： uwsgi --ini uwsgi.ini如果用root用户启动，它则会用root的环境去启动这个项目，可能又有环境包的不同而报错Nginx的启动对于nginx的启.
2021-12-29 21:13:17
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原创 DeepHPV:一个用于预测HPV整合人类基因位点的深度学习模型
文章出处及相关链接出处：Briefings in Bioinformaticsdoi: 10.1093/bib/bbaa242代码：https://github.com/JiuxingLiang/所做工作1：针对HPV位点整合开发了一款基于注意力机制的深度学习模型2：发现加入RepeatMasker和TCGA Pan Cancer peaks所训练出来的模型性能更加卓越3：利用注意力机制...
2021-11-18 18:37:57
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原创 一种准确预测核糖核酸假尿苷位点的新方法
一种准确预测核糖核酸假尿苷位点的新方法期刊：Briefings in Bioinformatics链接：https://doi.org/10.1093/bib/bbab245背景：假尿苷是一种普遍存在于真核生物与原核生物中的核糖核苷酸修饰类型，在各种生物过程中起着至关重要的作用。几乎所用种类的核糖核酸都受到这种修饰，因此研究该位点极为重要。结果：作者提出了一种新的计算方法，该方法能够准确识别假尿苷位点。该方法基于对18种常用特征编码方式进行综合评估，最后采用其中4种特征作为本次模型的数据特征提取
2021-09-25 19:31:57
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原创 多尺度胶囊网络用于预测DNA-蛋白质绑定位点
文章目录文章信息摘要生物学背景转录因子结合位点影响数据集模型构建框架实验结果文章信息原文：Multi-Scale Capsule Network for Predicting DNA-Protein Binding Sites摘要发现DNA-蛋白质结合位点，也称为模体发现，是进一步分析转录因子的基础。将卷积神经网络等深度学习算法引入到模体发现任务中，取得了较好性能。但由于CNN的局限性，基于CNN的模体发现方法并没充分利用高通测序技术产生大规模测序数据。因此本文提出了多尺度胶囊网络架构（MSC)，
2021-08-11 16:17:01
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原创 Nginx与Uwsgi联用启动Django项目，个人心得总结
服务器情况百度云服务器Linux版本：Ubuntu 20.04版本所用的环境为root环境。（建议一个项目一个环境，以便应对不同项目包的版本不匹配）环境构建本地调试Django所用的是什么环境，就在服务器环境上安装相应的包，注意各个包的版本要一一对应。uwsgi与Nginx的介绍及安装uwsgia):自己也没太弄懂，个人简单理解就是通过uwsgi可以实现自己的项目在服务器上后台运行，并且其他用户可根据其端口的设置，进行远程访问。b):安装！因为我的系统版本自带python3.8，这
2021-08-03 09:40:21
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原创 RNA N6-Methyladenosine Site Identification in Different
m6A-NeuralTool: Convolution Neural Tool for RNA N6-Methyladenosine Site Identificationin Different Species作者:MOBEEN UR REHMAN, KIM JEE HONG, HILAL TAYARA,AND KIL TO CHONG目的：对于N6-甲基腺苷(m6A)在RNA中甲基化修饰的一个预测。结果：作者提出了一个m6A-NeuralTool的计算工具，该工具使用了多个子架构，并有效的
2021-07-20 19:04:46
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原创 Meta-4mCpred:一种基于序列的meta预测器，使用有效的特征表示进行精确的DNA 4mC位点预测
Meta-4mCpred:一种基于序列的meta预测器，使用有效的特征表示进行精确的DNA 4mC位点预测DNA n4 -甲基胞嘧啶(DNA N4-methylcytosine, 4mC)是一种重要的基因修饰，在区分自我和非自我DNA、控制DNA复制、细胞周期和基因表达水平等方面起着至关重要的作用。我们采用了一种特征表示学习方案，基于4种不同的机器学习算法和7种特征编码生成了56个概率特征，涵盖了不同的序列信息，包括成分、物理化学和特定位置信息。随后，将概率特征作为支持向量机的输入，开发出最终的元预测器
2021-04-17 19:51:26
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原创 基于随机森林的植物环状RNA识别软件
基于随机森林的植物环状RNA识别软件摘要环状RNA是一种新型的闭合RNA。越来越多的环状RNA在植物中被发现，研究表明环状RNA具有很重要的调控作用。因此，从RNA序列中识别环状RNA非常重要。但是传统的环状RNA识别存在局限性。近年来机器学习的提出，给环状RNA识别提供了很多方法。但是植物序列RNA特征与动物序列RNA特征不同，利用这些方法来识别植物RNA是不可行的。因此迫切需要开发一款基于植物环状RNA的特征识别软件。结果本文构建了一个名为PCirc的软件程序，使用机器学习的方法通过RNA
2021-01-20 15:00:06
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空空如也
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