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RSS订阅原创 使用 wtdbg2进行基因组组装，并使用 minimap2 和 bwa 进行纠错处理
这个网上的教程也很多，纠错软件也很多，有用racon + polin 的，也用用 minimap2+bwa的，熟练掌握一个能将流程跑通即可，也可以混合使用。一般迭代两三次进行纠错就好了。使用 wtdbg2 进行基因组的组装，软件安装这里就不介绍了，流程都一样。可以用conda安装，也可以自己去下载安装包，源码编译安装，安装完记得添加环境变量。下面介绍一下 wtdbg2 对三代 基因组数据的组装，网上有很多教程，但是都不够完整，之前看了陈连福的教程跑完但是没有用二代和三代数据进行纠错处理。...
2022-08-11 23:08:58
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原创 K-mer频率分布图代码实现
软件：kmergenie下载地址：http://kmergenie.bx.psu.edu/安装：tar zxvf kmergenie-1.7051.tar.gzcd kmergenie-1.7051make使用：ls *fastq.gz > read_file.txt./kmergenie read_file.txt #得根据kmergenie的安装存放路径使用结果：会生成一个html文件每个K值对应的频率分布直方图都画出来了，非常的
2022-04-08 12:18:48
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原创 生信转录组学习笔记
2021-6-21、使用aspera 从公共数据库下载测序数据 fastq文件 https://zhuanlan.zhihu.com/p/91675934 -i 密钥绝对路径2、使用fastqc对fastq（或SAM、BAM）数据进行质量评估3、安装conda 给conda 添加channel4、ensemble 数据库2021-6-31、华为云 公网IP：114.115.136.1232、lsb_release -a 查看linux系统类型3、
2021-06-07 19:45:13
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原创 ssm框架下使用拦截器实现用户权限的下发
一、首先配置拦截器 <!-- 配置拦截器 --> <mvc:interceptors> <mvc:interceptor> <!-- 拦截所有mvc控制器 --> <mvc:mapping path="/**"/> <!-- mv...
2019-09-28 15:21:11
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原创 机器学习笔记
机器学习DAY01机器学习概述什么是机器学习机器学习是一门能够让编程计算机从数据中学习的计算机科学。一个计算机程序在完成任务T之后，获得经验E，其表现效果为P，如果任务T的性能表现，也就是用以衡量的P，随着E增加而增加，那么这样计算机程序就被称为机器学习系统。自我完善，自我增进，自我适应。为什么需要机器学习自动化的升级和维护解决那些算法过于复杂甚至跟本就没有已知算法的问题在机...
2019-07-18 14:19:37
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原创 机器学习之数据预处理
数据预处理方法：均值移除范围缩放二值化归一化独热编码标签编码直接调用API接口进行处理线性回归输入 输出0.5 5.00.6 5.50.8 6.01.1 6.81.4 7.0...y = f(x)预测函数：y = w0+w1xx: 输入y: 输出w0和w1: 模型参数所谓模型训练，就是根据已知的x和y，...
2019-07-16 20:10:57
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原创 如何将ubuntu中项目传到github上
昨天想着复习一下git的使用，结果发下自己忘得差不多了，想把项目传到github上，结果折腾了好久还是没有传上去，然后晚上重新把教学视频看了一遍，发现自己忽略了几点细节。看完之后用http和ssh方式都传了一遍，都成功上传了。现在想着做一些总结。一、首先 cd到自己要上传的项目文件夹下，进行项目基本配置：配置用户名：sudo git config --system user.name Ted...
2019-07-15 22:21:47
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原创 如何在阿里云服务器上部署项目
之前领取了一个月的阿里云服务器免费试用，就想着将自己的项目部署到服务器上。刚进入服务台控制器时是一脸蒙蔽的状态，也不知道怎么连接和设置远程服务器，然后就搜索了很多的网上资料，折腾了好几天，下载了Xshell和xftp，建立了远程连接，设置了安全组端口号结果还是通过公网ip访问不了，很是捉急。搜索网上，大片大片的文章说是要安装yum然后再安装tomcat和jdk，但是自己安装了好久也没安装上去，本来...
2019-07-14 14:46:30
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原创 使用卷积和加权卷积绘移动平均线
代码如下："""demo06_sma.py 移动平均线"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as mpimport datetime as dtimport matplotlib.dates as mddef dmy2ymd(dmy): # 把日月年字符串转为年月日字符串 dmy = str(dmy, encoding=...
2019-07-10 19:48:39
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原创 绘制K线图
代码如下："""demo01_k.py 绘制k线图"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as mpimport datetime as dtimport matplotlib.dates as mddef dmy2ymd(dmy): # 把日月年字符串转为年月日字符串 dmy = str(dmy, encoding='u...
2019-07-10 19:35:11
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原创 matplotlib绘图
孤影常伴灯，你在夜里写字，我在昏黄中布景。风吹皱那烟波浩渺的迷离，也想吹散关于你的记忆。你在红尘打坐，我在紫陌修佛。万般皆因果，何须嗔叹？闲来无事，索然无趣，忽而兴起，画几个简单的数据分析图。。。一、将数据生成柱状图代码：#-*-coding:utf-8-*- """ 柱状图"""import numpy as npimport matplotlib.pyplot as ...
2019-07-09 17:16:16
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原创 数据分析总结
数据分析什么是数据分析？数据分析是指用适当的统计分析方法对收集来的大量数据进行分析，提取有用信息和形成结论而对数据加以详细研究和概括总结的过程。使用python做数据分析的常用库numpy 基础数值算法scipy 科学计算matplotlib 数据可视化pandas 序列高级函数numpy概述Numerical P...
2019-07-08 20:37:53
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原创 Django中间键Middleware的使用
中间件是 Django 请求/响应处理的钩子框架。它是一个轻量级的、低级的“插件”系统，用于全局改Django 的输入或输出。每个中间件组件负责做一些特定的功能。例如，Django 包含一个中间件组AuthenticationMiddleware，它使用会话将用户与请求关联起来。他的文档解释了中间件是如何工作的，如何激活中间件，以及如何编写自己的中间件。Django 具有内置的中间件，你可以直...
2019-07-07 23:31:58
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原创 session的使用总结
一、session是在服务器上开辟一段空间用于保留浏览器和服务器交互时的重要数据每个客户端都可以在服务器端有一个独立的Sessionhttp协议是无状态的：每次请求都是一次新的请求，不会记得之前通信的状态客户端与服务器端的一次通信，就是一次会话实现状态保持的方式：在客户端或服务器端存储与会话有关的数据存储方式包括cookie、session，会话一般指session对象使用cooki...
2019-07-07 23:21:26
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原创 多线程爬虫
队列：from queue import Queue#创建队列对象q = Queue()#将url加入队列q.put(url)#判断队列是否为空q.empyt()#从队列中取一个值q.get()线程模块：from threading from Thread#用于存储建立的线程对象List = []for i in range(5):#创建线程对象t = Thread...
2019-07-06 23:30:34
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原创 分布式爬虫总结
原理多台主机共享1个爬取队列实现重写scrapy调度器(scrapy_redis模块)为什么使用redis1、Redis基于内存,速度快2、Redis非关系型数据库,Redis中集合,存储每个request的指纹3、scrapy_redis安装 sudo pip3 install scrapy_redisRedis使用windows安装1、服务端启动 ：...
2019-07-06 23:14:18
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原创 AJAX中使用jq进行跨域传输
1、前端自动生成回调函数callback()2、后端接收 cb = request.args[‘callback’]3、查询数据库，生成json串,返回给前端4、前端接收数据，并在终端显示。前端代码：$(function(){$("#btnCrossJQ").click(function() {$.ajax({url: “http://127.0.0.1:5000/12-serv...
2019-06-05 20:32:08
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原创 jQuery笔记整理
1.介绍：官网：jquery.com中文API：jquery123.comjQuery是一个JS的工具库，对原生JS中的方法进行封装，可以实现更简便的操作。2.使用1）引入jQuery文件2）核心对象：jquery对象（使用$表示）3）工厂函数():用于获取元素，创建节点，原生对象转JQ对象等。例：使用():用于获取元素，创建节点，原生对象转JQ对象等。 例：使用():用于获...
2019-05-16 22:50:07
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原创 JavaScript中的DOM
一、DOM1.Document Object Model(文档对象模型)，提供操作文档的方法。每个html文件都视为一篇文档，操作文档实际围绕HTML标签进行。2.节点对象对文档中所有的内容进行封装，变成JS中的节点对象。节点分类：元素节点（标签）属性节点（标签属性）文本节点（文本内容）标签3.获取元素节点1）根据标签名获取节点列表document.getElementsBy...
2019-05-15 08:40:36
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原创 JavaScript 中的BOM
BOM（Browser Object Model）浏览器对象模型作用：提供操作当前窗口的方法顶层对象为window 伴随页面运行时自动产生，直接使用，使用时可以忽略2.window对象的方法1）网页弹框alert("")prompt("")confirm("")确认框，返回布尔值对应确定和取消2）关闭或打开窗口close()关闭当前窗口open(“URL”)新建窗口访问URL...
2019-05-13 19:31:29
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原创 JavaScript中对于字符串的操作归类
1.转换字母大小写toUpperCase() 转换大写toLowerCase() 转换小写2.根据下标获取指定的字符或字符编码charAt(index)charCodeAt(index)参数可以省略，默认为03.根据指定字符查找对应下标indexOf("",fromIndex) 从前向后查找lastIndexOf("",fromIndex) 从后向前查找参数：参数一指定查...
2019-05-13 19:13:54
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原创 JavaScript实现登录验证码的实现
代码如下：<script> var arr = [1,"a",2,"b",3,"c",4,"d",5,"W","H"] function code(){ var yzm = []; var len = prompt("输入验证码位数") for(var i = 0;i < len;i++){ yzm[i] = arr[parseInt(...
2019-05-13 10:17:10
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原创 JavaScript在终端打印9*9乘法表
实现代码：<script> for(var i = 1;i < 10; i++){ var show = ""; for(var j = 1;j <= i; j++){ show += i+"*"+j+"="+i*j+"\t"; } //按行显示 console.log(show); } </scr...
2019-05-12 14:51:58
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原创 使用Javascript实现将十进制数转换成二进制
直接上代码： <script> var a = 10; var b = []; while(1){ var remainder = a % 2; b.unshift(remainder); a = parseInt(a / 2); if(a == 0) break; } var res = b.join(""); consol...
2019-05-12 14:48:53
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原创 第一个静态登录页面
<!DOCTYPE html><html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>皮爷の香包馆</title> <link rel="shortcut icon" href="py.png" type="img/png"> <link rel="styl...
2019-05-12 14:14:48
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原创 CSS（续）
一、盒模型1.内容框width heightoverflow:visible/hidden/scroll/auto;2.边框1）边框实现2）单边框及三角标实现3）轮廓线属性：outline取值：width style color;(同border)常用：取消输入框焦点状态自带的轮廓线input:focus{outline:none}区别：轮廓线不占位，边框实际占位4）边框...
2019-05-07 23:34:30
144
原创 CSS
二、CSS1.Cascading Style Sheet 层叠样式表，实现网页的排版布局以及样式美化。2.CSS使用方式1）行内样式借助于style标签属性书写样式声明常用的CSS属性：color 设置文本颜色background-color 设置背景颜色font-size 设置字体大小例：2）文档内嵌将CSS代码与标签相分离，嵌入在HTML文件中。借助于标签，标签内容即为...
2019-05-01 17:06:02
120
原创 HTML
一、 Web -网页开发1. 网页是基于浏览器的应用程序B/S : Browser/Server 浏览器与服务器交互模式C/S ：Client/Server 客户端与服务器交互2. 组成1. 浏览器1. 代替用户发请求（用户代理）2. 解析数据并呈现给用户2. 服务器1. 存储数据2. 处理并响应请求3. 协议通信协议，规范数据在传输过程中以何种形式传递http(s) ...
2019-05-01 16:22:32
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原创 PIP的使用
作用 ： 管理python的标准第三方库安装 ： sudo apt-get install python3-pip常用命令安装软件包： pip3 install [package]查看系统python包 ： pip3 list在python软件包中搜索 ： pip3 search [name]查看软件包信息: pip3 show [packa...
2019-04-28 23:38:38
94
原创 git工具的使用
操作流程图：基本概念工作区：项目所在操作目录，实际操作项目的区域暂存区: 用于记录工作区的工作（修改）内容仓库区: 用于备份工作区的内容 远程仓库: 远程主机上的GIT仓库注意： 在本地仓库中，git总是希望工作区的内容与仓库区保持一致，而且只有仓库区的内容才能 和其他远程仓库交互。配置命令:git config配置所用用户：git config --system[选项]配置当...
2019-04-28 23:33:39
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原创 Python数据报套接字的多用户聊天室实现
功能 ： 类似qq群聊功能【1】 有人进入聊天室需要输入姓名，姓名不能重复【2】 有人进入聊天室，其他人会收到通知xxx 进入聊天室【3】 一个人发消息，其他人会收到消息xxx ： xxxxxxxx【4】 有人退出聊天室，则其他人会收到通知xxx 离开了聊天室【5】 扩展功能：服务器可以向所有群用户发送公告管理员消息: xxxxxxxxxxx确定技术模型【1】 消息...
2019-04-24 20:46:40
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原创 正则表达式（续）
flags的用法import re# 只匹配ａｓｃｉｉ字符# regex = re.compile(r'\w+',flags=re.A)# 匹配时忽略大小写# regex = re.compile(r"[a-z]\w*",flags = re.I)# 使 . 可以匹配换行# regex = re.compile(r'.+',flags = re.S)# 使^ $匹配每一行开...
2019-04-24 19:47:45
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原创 Python的re模块
import repattern=r"(\w+):(\d+)"s="zhang:1993 li:1994"# re 模块调用l = re.findall(pattern, s)print(l)# regex调用regex = re.compile(pattern)l = regex.findall(s, pos=0, endpos=13)print(l)# 分割字符串...
2019-04-23 20:17:54
97
原创 MongoDB中GridFS文件存储方案
目的：方便存取mongodb中大文件说明:1. mongodb数据库中创建两个集合共同存储文件2. fs.files集合中为每个文件建立一个信息文档，存储文件的基本信息3. fs.chunks集合中每个文档建立与fs.files的关联，并将文件分块存储存储方法:mongofiles -d dbname put file e.g. 将Postman... 存储到grid数据库...
2019-04-22 20:36:04
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原创 Python使用本地套接字进行信息的收发
功能 ： 本地两个程序之间的数据交换通信原理：对一个内存对象进行读写操作，完成两个程序间的数据交互创建本地套接字 【1】 创建本地套接字： sockfd = socket(AF_UNIX,SOCK_STREAM) 【2】 绑定套接字文件 sockfd.bind(file) 【3】 监听，连接，收发消息 listen acce...
2019-04-21 17:00:29
639
原创 Python使用struct模块进行文件传输
struct模块使用原理：将一组简单数据进行打包，转换为bytes格式进行发送，或者将一组bytes个数数据转换为python数据类型。2. 接口使用 【1】st = Struct(fmt) 功能： 生成结构化对象 参数： fmt 定制的数据结构 e.g. 要组织的数据 1 b'lisi' 1.75 fmt : '...
2019-04-21 16:54:33
682
原创 Python使用流式套接字进行简单文件的接收
发送端代码：from socket import *s = socket()s.connect(('127.0.0.1',8888))f = open('timg.jpeg','rb')while True: data = f.read(1024) if not data: break s.send(data)f.close()s.c...
2019-04-21 16:39:15
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原创 Python实现IO多路复用
IO多路复用定义：同时监控多个IO事件，当哪个IO事件准备就绪就执行哪个IO。以此形成可以同时处理多个IO的行为，避免一个IO阻塞造成其他IO无法执行的情况，提高了IO执行效率。具体执行方案： 1. select : windows linux unix 2. poll : linux unix 3. epoll : linux 1.select 方法rs,ws,xs=...
2019-04-21 16:35:39
884
原创 设置非阻塞IO
定义： 在执行IO操作时由于不满足某些条件形成的阻塞形态。阻塞IO时IO的默认行为。效率：阻塞IO是一种效率很低的IO。逻辑简单阻塞情况* 因为某种条件没有达到形成的阻塞e.g. accept input recv* 处理IO的时间较长产生的阻塞情况e.g. 网络传输，大文件的读写过程from socket import *from time import sleep,c...
2019-04-20 17:04:22
549
原创 使用数据报套接字实现广播
#接收端from socket import *#创建套接字s=socket(AF_INET,SOCK_DGRAM)#设置可以发送接收广播s.setsockopt(SOL_SOCKET,SO_BROADCAST,True)#绑定地址s.bind('0.0.0.0',9610)`#循环接收广播while True: msg,addr=s.recvfrom(1024) pri...
2019-04-20 16:41:18
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