UCSC浏览器的安装

环境：Ubuntu 12.04 amd64

安装Mysql数据库。

sudo apt-get install mysql-server mysql-client libdbd-mysql-perl libmysqlclient-dev

新建一个用户。

mysql –u 用户名 –p 密码
create user 'user'@'localhost' identified by 'PASSWORD';
flush privileges;

这里面的密码是进入user这个数据库的密码，非mysql登录。user作为名称可以随意替换，但是下文相应的部分也要改。不熟练的话不建议修改。

安装Apache。

sudo apt-get install apache2 libapache2-mod-fcgid libapache2-mod-perl2

下载必须的libraries

apt-get install libssl0.9.8
ln -s /usr/lib/libssl.so.0.9.8 /usr/lib/libssl.so.6
ln -s /usr/lib/libcrypto.so.0.9.8 /usr/lib/libcrypto.so.6

建立一个genomebrowser文件夹，并下载html文件。

mkdir /var/www/genomebrowser
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/htdocs/ /var/www/genomebrowser/

安装Genome Browser。

mkdir -p /var/www/genomebrowser/cgi-bin
rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
chown -R www-data.www-data cgi-bin

给www-data权限

sudo chown www-data /var/www/genomebrowser/

建立缓存文件夹

rm /var/www/genomebrowser/trash
mkdir /var/www/genomebrowser/trash
chown www-data.www-data /var/www/genomebrowser/trash

提供Javascript文件

mkdir -p /usr/local/apache/htdocs/
ln -s /var/www/genomebrowser/js/ /usr/local/apache/htdocs/js
ln -s /var/www/genomebrowser/style/ /usr/local/apache/htdocs/style

/var/www/genomebrowser/cgi-bin/hg.conf文件

可以修改默认的基因组

defaultGenome=Mouse

还可以修改默认的Mysql服务器地址，用户名和密码

db.host=localhost

以及默认的浏览器地址

browser.documentRoot=/var/www/genomebrowser

配置Apache服务器，使下载的html、cgi-bin可以正常显示。

/etc/apache2/sites-available/default的配置

XBitHack on
<Directory "/var/www/genomebrowser/html">
	AllowOverride AuthConfig
	Options +Includes
	</Directory>


	ScriptAlias /genomebrowser/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
	<Directory "/var/www/genomebrowser/cgi-bin">
		AllowOverride None
		Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
		Order allow,deny
		Allow from all
		AddHandler cgi-script cgi pl
	</Directory>
	<Directory "/var/www/genomebrowser/trash">
		Options MultiViews
		AllowOverride None
		Order allow,deny
		Allow from all
	</Directory>
	<Directory "/var/www/genomebrowser">
		Options MultiViews
		AllowOverride None
		Order allow,deny

/etc/apache2/sites-available/default-ssl的配置

XBitHack on

	<Directory /var/www/genomebrowser>
	AllowOverride AuthConfig
	Options +Includes
	</Directory>

	ScriptAlias /genomebrowser/cgi-bin/ /var/www/genomebrowser/cgi-bin/
	<Directory "/var/www/genomebrowser/cgi-bin">
	AllowOverride None
	Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
	Order allow,deny
	Allow from all
	AddHandler cgi-script cgi pl
	</Directory>


		Allow from all
	</Directory>
	ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
	<Directory "/usr/lib/cgi-bin">
		AllowOverride None
		Options +ExecCGI -MultiViews +SymLinksIfOwnerMatch
		Order allow,deny
		Allow from all
	</Directory>

建立Mysql tables。

这一步较为繁琐。

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql
mysql –u 用户名 –p 密码 -e "create database hgcentral"
mysql –u 用户名 –p 密码 hgcentral < hgcentral.sql
mysql –u 用户名 –p 密码 -e "grant all privileges on hgcentral.* to 'user'@'localhost'"
mysql –u 用户名 –p 密码 -e "create database hgFixed"
mysql –u 用户名 –p 密码 -e "grant select on hgFixed.* to 'user'@'localhost'"

再在根目录下建立gbdb文件夹

sudo mkdir /gbdb

如果你有足够的磁盘空间和网速，可以把一个物种的数据都下载下来。如果没有的话，可以挑着下。

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/ /var/lib/mysql/mm9

如果嫌太多了，可以一个一个下，例如

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.MYD /var/lib/mysql/mm9
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.MYI /var/lib/mysql/mm9
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/NIAGene.frm /var/lib/mysql/mm9

每一个mysql表都包含三个文件，

.MYD .MYI和.frm

某些文件因为网速没下全也可以用这种方法补下。

rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/mm9/ /gbdb/mm9/

rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/hgFixed/ /var/lib/mysql/hgFixed

sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/uniProt/ /var/lib/mysql/uniProt/sp120323/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/swissProt/ /var/lib/mysql/uniProt/sp111004/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/proteome/ /var/lib/mysql/proteinDB/proteins120806/
sudo rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/proteins/ /var/lib/mysql/proteinDB/proteins111004/

如果出现类似这样的错误“Couldn't set connection database to uniProt Access denied for user 'user'@'localhost' to database 'uniProt'”，请建立相应的硬链接。详情见http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Browser_installation。

go -> go080130
proteins -> proteins111004
proteome -> proteins120806
swissProt -> sp111004
uniProt -> sp120323

总之，网页提示啥有问题，就去下啥。

MySQL数据库中应该有如下几个数据库：

customTrash
hg18
hgFixed
hgcentral
proteinDB
proteins
proteome
swissProt
uniProt

但最少需要以下几个表。

grp
trackDb
hgFindSpec
chromInfo
gold
gap

对于/gbdb/, 你至少需要下载对应物种的.2bit文件或nib文件，

/gbdb/<database>/<database>.2bit
有的物种需要:
/gbdb/<database>/nib/*.nib

另外，UCSC会遇到一个问题：Can’t connect to local MySQL server through socket ‘/var/lib/mysql/mysql.sock’ (13)。

可能是由于mysql版本的更新，.sock文件放的位置不同了。解决方法：

ln -s /var/run/mysqld/mysqld.sock /var/lib/mysql/mysql.sock
chmod 666 /var/lib/mysql/mysql.sock
chmod 755 /var/lib/mysql/

或者，无法显示自己的数据库，并且提示找不到hg19。这是由于Browser默认显示是hg19。改一下地址栏，hgGateway?db=** 其中**代表自己下载的数据库，如本文的mm9。

对于 UCSC 的 Genome Browser,用户也可以添加 Custom Track。但是有效期只有两天,两天不用就会自动删除。而且用户的 data 是不会进入 UCSC 的 mysql 数据库的。想永久保存数据还要提交申请,UCSC 对你的身份、学术能力进行考核,挺麻烦。这也是安装本地 Genome Browser 的一个原因。另一个就是不愿意 share...
其实本地添加永久的 Custom Track 是很容易的。直接让安装者多建立一个数据库就可以了。

mysql –u xx –p xx -e "insert into grp set name='$name', label='$label', priority=$priority;"

把 Custom 的数据导入 mysql 就可以了。