同济GFOLD软件是一款根据mapping结果直接进行差异表达分析的软件,http://www.tongji.edu.cn/~zhanglab/GFOLD/index.html,文献中提到,该软件在分析无重复的转录组数据的时候,不以p值为计算依据,而是以GFOLD值作为标准筛选差异表达基因,命令也比较简单。国产软件还是支持一下。
结果要优于其他DESeq、edgeR、cuffldiff等软件,故在此决定安装该软件。
在安装该软件之前需要先安装GSL的一款基于GNU的数值计算工具(个人这么认为,不管怎么样要安装)。
这是GSL的官方介绍http://www.gnu.org/software/gsl/
首先下载下来 这个比较简单我就不说了 wget命令
tar解压
cd 进入目录
进去以后参考INSTALL中说明,里面会把遇到的一些常见问题列出方便解决。但是基本步骤就是
>./confiure
>make
>make check
>make install
一般来说会把库文件 和lib文件安装在usr/local下的include和lib下 ,记住这两个目录方便后面使用。
上面步骤一般来说不会报错,所以就到了下一步。安装GFOLD软件
从上述网站下载GFOLD的安装包,同样wget
解压,进入目录,可以先打开READEME看一下,需要改环境变量,没错这里就蛋疼了,可以的话推荐手动改,
linux系统直接改~/.bashrc文件
在里面加上这两句
export CXXFLAGS="-g -O3 -I/usr/local/include -L/~/usr/loc
结果要优于其他DESeq、edgeR、cuffldiff等软件,故在此决定安装该软件。
在安装该软件之前需要先安装GSL的一款基于GNU的数值计算工具(个人这么认为,不管怎么样要安装)。
这是GSL的官方介绍http://www.gnu.org/software/gsl/
首先下载下来 这个比较简单我就不说了 wget命令
tar解压
cd 进入目录
进去以后参考INSTALL中说明,里面会把遇到的一些常见问题列出方便解决。但是基本步骤就是
>./confiure
>make
>make check
>make install
一般来说会把库文件 和lib文件安装在usr/local下的include和lib下 ,记住这两个目录方便后面使用。
上面步骤一般来说不会报错,所以就到了下一步。安装GFOLD软件
从上述网站下载GFOLD的安装包,同样wget
解压,进入目录,可以先打开READEME看一下,需要改环境变量,没错这里就蛋疼了,可以的话推荐手动改,
linux系统直接改~/.bashrc文件
在里面加上这两句
export CXXFLAGS="-g -O3 -I/usr/local/include -L/~/usr/loc