各软件使用手册及官网

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分类专栏： 软件安装 文章标签： perl
于 2022-12-06 22:00:19 首次发布
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deep tools

高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记

deep tools官网

MACS2

官网

sambamba

Sambamba documentation
教程：Sambamba 去除重复工具

cuttag分析流程（附提取reads 代码）##

CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial

picard

picard官网

STAR

RNA-seq数据分析完全指北-06：比对到基因组并定量

GFOLD 安装

无生物学重复RNA-seq原始数据预处理
无生物学重复的差异分析—Gfold

自己没有添加到环境变量，因此每次运行的时候都要

cd gfold.V1.1.4/
make

然后利用

 ./gfold -h

检测一下有没有安装成功，可不可用

bedtools 使用

bedtools subtract
bedtools subtract 基因区段取差集_菠萝西斯的博客-程序员宝宝_bedtools subtract

-A 参数为只要b.bed文件中包含a.bed 1bp就删除，也就是”沾边删”

计算bed文件counts

bedtools coverage
bedtools统计窗口内平均覆盖深度

atac-seq分析教程

ATAC-seq data analysis: from FASTQ to peaks
一文详解ATAC-seq原理+读图：表观遗传的秀儿

HTseq RNAseq转录本定量

（可以进行链特异性分析）
转录组数据分析—HTseq定量

GenomicAlignments

GenomicAlignments

MAGeCKFlute - Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens

MAGeCKFlute - Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens

MapRatesView: View mapping ratio

ggplot2

ggplot2: Elegant Graphics for Data Analysis (3e)

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likelet的专栏
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同济GFOLD软件是一款根据mapping结果直接进行差异表达分析的软件，http://www.tongji.edu.cn/~zhanglab/GFOLD/index.html，文献中提到，该软件在分析无重复的转录组数据的时候，不以p值为计算依据，而是以GFOLD值作为标准筛选差异表达基因，命令也比较简单。国产软件还是支持一下。 结果要优于其他DESeq、edgeR、cuffldiff等软件，故
ATAC-seq分析：教程简介（1）
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冷冻工厂
12-26 565
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ATACseq 分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.broadinstitute.org/igv/ MACS2 MACS2[2] 没有 R 包，但 MACS2 可在适用于 Linux 或 MacOS 的 Anaconda 包
bedtools指南
sunchengquan的博客
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文章目录官方文档下载安装演示版的bed文件 (demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）两侧的运算填充运算下载测试数据提取与genes.gff的间隔相对应的序列获取测试数据用这个间隔文件去分割bam文件实战案例获取数据bedtools intersect从注释文件中，选取启动子找到跟每个exon最近的启动子 官方文档 https://bedtools.readthedocs.io...
linux安装bedtools2
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KULI软件使用手册大全
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《KULI软件使用手册大全》是一份详尽的指南，专为汽车系统热平衡匹配设计，旨在帮助用户深入理解和高效运用KULI软件。这份手册共有400多页，内容丰富，覆盖了软件的所有核心功能和操作细节，对于在汽车行业从事热...
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proface屏软件使用手册.zip 介绍了关于proface屏软件使用手册.zip的详细说明，提供Pro-face的技术资料的下载。
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软件介绍: 信捷触摸屏编程软件 最新版使用TH TG TE等。TouchWin编辑工具软件安装序列号："XinjeTouchWin"更新工具（请勿随意更新 适用TG、TE系列V2.D.2V以下版本）升级记录：TWin V2.D.3f1、新增TGA63-MT/UT/ET。2、新增TN系列触摸屏。3、支持LG XBC系列CNet通信。4、扩大XD系列PLC内软元件范围。5、扩大西门子S7-300/400，S7-1200系列PLC DB块范围。6、优化与三菱Q系列PLC通信。TWin V2.D.3j1、支持TG465-XT/ET、MTG、TG765S-XT、TGA63S-MT/UT/ET型号；2、监控组态支持1920x1080、1600x900分辨率；3、添加西门子smart网口通信协议；4、添加三菱FX 5U 通信协议；5、新增二维码生成功能；6、优化基恩士PLC通讯速度；7、新增U盘导入工程名可选择功能；8、功能域中添加线圈下降沿触发功能；9、软件设备中，打包进网站上的图库；10、新增画面粘贴时，先指定画面ID号功能；11、提供画面导出功能，以位图的形式保存图片，名称为画面名称 ID；12、新增C语言的加密功能，加密后，用户需要输入密码才能看到脚本内容；13、C语言脚本的运算符，以红色显示；14、增加以太网字取位通信功能；15、中文字符数提高到7426个，相应中文增加"莓"和"焖"两个字；16、中文添加"榫"字；17、安装包中添加USB驱动安装包；18、增加报警窗口弹出位置属性供编辑；19、CSV导出“日期指定文件名”时间格式由xxxx-xx-xx改为xxxxxxxx（原因：CSV导入动态指定只支持四个寄存器）；20、修正棒图选择浮点数离线模拟显示问题；21、修正win10系统，功能键和功能域里添加的功能预览只显示一半问题；22、取消了软件运行时需要管理员权限的限制。TWin V2.D.3k1、TH系列取消二维码功能；2、Modbus RTU设备恢复组桢功能I、不需要强制下载或更新系统的人机界面    根据如下标签红色方框内文字，TG/TE/TH系列触摸屏和XMH3系统一体机凡是背面铭牌上标注版本为V2.D.2V及以上版本的，TH系列触摸屏/XMH3系列一体机不需要强制下载程序，可使用V2.C或V2.D任意版本编辑软件，TG/TE系列触摸屏不需要更新系统，可使用V2.D任意版本编辑软件；V2.D.2V以下版本，需要强制下载或更新系统，具体请参考"n、需要强制下载或更新系统的人机界面”。
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