gflod求基因表达值 FPKM

最新推荐文章于 2024-09-02 08:49:57 发布
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分类专栏： linux 生物信息学 文章标签： 转录组分析 linux
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本文链接：https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/52063905
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这篇博客介绍了如何利用Gfold工具进行转录组分析，计算基因的FPKM值。在完成reads映射到基因组后，通过Gfold进行后续处理，作者提供了下载和使用Gfold的基本步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html

先maker下来再说，回头看

reads  mapping 到基因组之后，会生成好多文件，其中包括bam格式的，如


下一步我们需要知道我们测的转录组中基因的表达情况

samtool view accepted_hits.bam > ye_accepted_hits.sam &

可以在view后面加一个 -h 表示不要header

然后用  Gfold  （同济开发的0.0   ，mentohust 是华中科技大搞得，想想就莫名激动啊）

此处参见   likelet  的博客

点击打开链接

我下载的1.1.2版本的，解压后直接 make ，就生成 gfold 了，直接可以用

下面

gfold count -ann hg19Ref.gtf -tag sample1.sam -o sample1.read_cnt

我用的命令如下 

nohup /home/lixiangyong/software/gfold.V1.1.2/gfold count -ann /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -tag CK_accepted_hits.sam -o CK_sample1.read_cnt &


biolxy
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20201204 FPKM值
Dana41416的博客
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scintilla7的博客
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推荐开源项目：gfold——高效管理多Git仓库的神器
最新发布
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gitblog_00013的博客
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