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RSS订阅转载 SQL Server 2005 Express远程连接设置
最近这段时间在尝试用Inventory建立化合物的库存管理系统，由于Inventory使用的是SQL Server 2005 Express，在使用过程中需要用到SQL Server 2005 Express的远程连接功能，而安装时默认远程连接功能是没有打开的。在网上东拼西凑找了不少资料，终于成功的将SQL Server 2005 Express的远程连接功能打开了。以下是SQL Server 2
2012-11-27 17:51:00
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转载 量子化学中常用的基组
基组是分子中分子轨道的数学描述，可解释为把电子限制到特定的空间区域里。从头算方法中的基函数，应具备如下条件：(1) 它是一个完备集合，可由它们线性组合得到任意的分子轨道；(2) 与被描述的分子或原子体系有正确的近似关系，这样可用较少的基函数来较精确地描述分子轨道；(3) 由这组基函数系定义的分子积分，特别是多中心电子积分容易计算，随后进行的自洽迭代收敛比较快。 量子化学中的基组是在量子
2012-11-27 17:48:59
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转载 药物分子设计简介
传统药物设计从总体上来讲，缺乏成熟完善的发现途径，具有很大的盲目性，一般平均要筛选10000种化合物以上才能得到一种新药，因此开发效率很低，很难迅速得到合适的新药来治疗越来越多的疑难杂症。 随着计算机技术及计算化学、分子生物学和药物化学的发展，药物设计进入了理性阶段，其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中
2012-11-27 17:43:02
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原创 利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
最近这几天一直在进行自由能的计算，期间遇到了各种错误，整了一周的时间，这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。 因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算，因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理，否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误，我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下，希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少走一些
2012-11-07 09:51:06
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转载 Amber中利用nmode模块进行熵计算
最近在对一个系统进行MD计算模拟，在对生成的轨道做能量分析时，突然遇到点问题，也就是对系统熵的计算。主要原因也就是自己系统太大，没法进行熵计算。因此，就需要将系统中关键部位的残基拿出来构建一个小系统。我看目前许多发表的文章也是按照这个思路在做。如何定义关键部位呢，通常选取小分子周围8-12A范围的残基作为关键残基，并与小分子一起拿出来共同构建一个小系统。 我具体的做法如下：
2012-11-06 10:55:43
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空空如也
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