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首先生成ali文件，其中包含多个模版的序列：C; A multiple alignment in the PIR format; used in tutorial>P1;5fd1structureX:5fd1:1 :A:106 :A:ferredoxin:Azotobacter vinelandii: 1.90: 0.19AFVVTDNCIKCKYTDCVEVCPVDCFYEG

# Homology modeling by the automodel classfrom modeller import *from modeller.automodel import * # Load the automodel classlog.verbose()env = environ()# directories for input atom filesenv.

一：自动建模的过程中包含水分子，配体残基和氢原子如果你的模板序列中包含配体或非蛋白残基，你可以在".ali"文件中通过在模板序列和待建序列的末尾加点"."来表示，当然在执行的脚本中还要加上语句env.io.hetatm=True,默认情况下不会处理HETATM的原子。Example: examples/automodel/model-ligand.py# Homology mode

一：automodel函数automodel(env, alnfile, knowns, sequence, deviation=None, library_schedule=None, csrfile=None, inifile=None, assess_methods=None) 1>alnfile 用于指定模板序列和未知序列的PIR格式的文件。 2> deviation用于指定通

本教程通过翻译网站中的实际例子来完成前提条件：1>未知蛋白结构的氨基酸序列2>蛋白的cryo-EM map 步骤一：找到一个合适的模板，首先将未知序列保存成modeller能够识别的序列文件格式。其次,利用modeller中已有的分簇好的蛋白序列文件pdb_95.pir来搜索和未知序列相似的蛋白晶体序列。由于已知的蛋白的序列文件较大，所以需要先将其转换为二进制的形式

最近开始系统的学习一下同源建模的过程,前段时间学习的时候简直就是一头雾水，不知道到底这玩艺儿怎么弄，现在终于理解了一点皮毛的东西，或许连皮毛也不算。 前期的准备工作（这里介绍并没有结构的蛋白序列的从头建立结构的过程）首先：把你需要建立结构的蛋白序列写成modeller能够识别的文件格式>P1;TvLDHsequence:::::::::MSEAAHVLITGAAGQIGYI