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分子对接
文章平均质量分 78
rogerzhanglijie
这个作者很懒,什么都没留下…
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药物设计常用方法分子对接方法
一:概述 分子对接是指两个或多个分子通过几何匹配和能量匹配相互识别的过程,在药物设计中有十分重要的意义。药物分子在产生药效的过程中,需要与靶酶相互结合,这就要求两个分子要充分接近并采取合适的取向以使二者在必要的部位相互契合,发生相互作用,继而通过适当的构象调整,得到一个稳定的复合物构象。通过分子对接确定复合物中两个分子正确的相对位置和取向,研究两个分子的构象特别是底物构象在形成复合物过程的变转载 2012-10-30 09:34:39 · 7894 阅读 · 0 评论 -
药物分子设计简介
传统药物设计从总体上来讲,缺乏成熟完善的发现途径,具有很大的盲目性,一般平均要筛选10000种化合物以上才能得到一种新药,因此开发效率很低,很难迅速得到合适的新药来治疗越来越多的疑难杂症。 随着计算机技术及计算化学、分子生物学和药物化学的发展,药物设计进入了理性阶段,其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中转载 2012-11-27 17:43:02 · 9500 阅读 · 1 评论 -
Schrodinger 功能模块简介
Schrödinger(薛定谔)是药物发现的完整软件包,包括:基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式;基于受体结构及配体极性的对接模式;基于受体结构及溶液环境性质的对接模式;组合化学库设计及基于组合库的对接模式;基于配体结构的药物设计,药效团和3D-QSAR;生物分子结构模拟,蛋白、糖、核酸、小肽等;基于靶点的药物设计;ADME性质预测。Schrodinger是药物发现的完整解决方案:转载 2013-01-06 14:10:11 · 10923 阅读 · 0 评论 -
预测蛋白活性口袋的在线网页 (POCASA)
网址:http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/service/pocasa/ 预测过程所需要知道的参数有:parameters: 1. Grid Size(晶格的大小): 这个参数决定了三维的晶格的大小。 推荐使用的值为1埃。 2.Probe radius(探针半径) : 这个输入的参数值应该是一个非负的整原创 2013-07-09 15:28:25 · 14028 阅读 · 0 评论 -
Pymol获得蛋白中二级结构信息
open("potein.dat","w").writelines( ["Residue %s: %s\n"%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model("protein" +" and n. ca").atom] )其中protein为pymol中加载的蛋白名称,前后需要保持一致。原创 2017-08-22 08:57:57 · 5244 阅读 · 0 评论 -
Km Kcat Kcat/Km
max 是指 最大反应速度。当 底物浓度 足够大时,体系中 酶的活性中心达到饱和状态,其反应速度达到最大。 由此可见,最大反应速度 max 随 酶浓度的变化而变化。kcat 指反应常数 ( catalytic constant ), kcat 可以由 这个公式计算得到:kcat = max/[E][E] 指 酶浓度,由此可以说, kcat 表示了每单位时间内(秒)每摩尔的酶(或者说每摩转载 2013-12-26 15:51:23 · 27936 阅读 · 0 评论