Km Kcat Kcat/Km

max 是指 最大反应速度。当 底物浓度 足够大时,体系中 酶的活性中心达到饱和状态,其反应速度达到最大。 由此可见,最大反应速度 max  酶浓度的变化而变化。
kcat 指反应常数 ( catalytic constant ) kcat 可以由 这个公式计算得到:
kcat = max/[E]
[E]  酶浓度,由此可以说, kcat 表示了每单位时间内(秒)每摩尔的酶(或者说每摩尔的活性中心)能够把多少摩尔的底物转化成产物。
Km 俗称 米氏常数,以浓度做单位,米氏常数定义为 反应速度 达到 最大反应速度一半时 的底物浓度。 Km 可以反映出酶与底物的亲和力,Km越低,亲和力越大。
kcat/Km 称为 催化效率,常常以此来比较 不同的酶而同一底物, 或者 不同底物而同一种酶。

 

KM, kcat, and kcat /KM

 

KM - The Michaelis constant, KM, is often associated with the affinity of the enzyme for substrate, but this is not always correct. A more accurate statement is that, for reactions obeying Michaelis-Menten kinetics, KM is a measure of the substrate concentration required for effective catalysis to occur. That is, an enzyme with a high KM requires a higher substrate concentration to achieve a given reaction velocity than an enzyme with a low KM. Table 11.1 lists values of KM, kcat, and kcat/KM for selected enzymes.

 

kcat - The Michaelis-Menten equation, V = Vmax[S]/(KM + [S]), can be rewritten as

V = kcat[E]t[S] / ( KM + [S])

where Vmax = kcat[E]t. kcat incorporates the rate constants for all the reactions between ES and E + P in a multistep enzymatic process. For a two-step reaction, kcat = k2. For more complex reactions, kcat depends on which steps in the process are rate-limiting.

kcat gives a direct measure of the catalytic production of product under optimum conditions (saturated enzyme). The units of kcat are seconds-1. The reciprocal of kcat can be thought of as the time required by an enzyme molecule to "turn over" one substrate molecule. Alternatively, kcat measures the number of substrate molecules turned over per enzyme molecule per second. Thus, kcat is sometimes called the turnover number. Some typical turnover numbers are shown in Table 11.1, as well.

kcat/KM - This ratio is often thought of as a measure of enzyme efficiency. Either a large value of kcat (rapid turnover) or a small value of KM (high affinity for substrate) makes kcat/KM large.

When [S] << KM (dilute solution), equation 11.27 becomes

V (kcat/KM)[E][S]

Here, kcat/KM behaves as a second-order rate constant for the reaction between substrate and free enzyme. This ratio is important, for it shows what the enzyme and substrate can accomplish when abundant enzyme sites are available, and it allows direct comparison of the effectiveness of an enzyme toward different substrates. When an enzyme has a choice of two substrates, A or B, present at equal, dilute concentrations,

Table 11.2 shows that when an enzyme has different substrates on which it can work, the range of efficiencies may vary considerably. Note that for chymotrypsin the kcat/KM ratio varies 1-million fold.

 

As a second-order rate constant, kcat/KM has a maximum possible value, which is determined by the frequency with which enzyme and substrate molecules can collide. A reaction which attains such a velocity is said to be "diffusion-limited" because every encounter leads to reaction. If every collision results in formation of an enzyme-substrate complex, diffusion theory predicts that kcat/KM will attain a value of about 108 to 109 (mol/L)-1s-1. The enzymes carbonic anhydrase, fumarase, and triose phosphate isomerase actually approach this limit.

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UnpicklingError Traceback (most recent call last) Input In [66], in <cell line: 36>() 30 Kcat_model = model.KcatPrediction(device, n_fingerprint, n_word, 2*dim, layer_gnn, window, layer_cnn, layer_output).to(device) 31 ##‘KcatPrediction’是一个自定义模型类,根据给定的参数初始化一个Kcat预测模型。使用了上述参数,如果要进行调参在此处进行 32 # directory_path = '../../Results/output/all--radius2--ngram3--dim20--layer_gnn3--window11--layer_cnn3--layer_output3--lr1e-3--lr_decay0/archive/data' 33 # file_list = os.listdir(directory_path) 34 # for file_name in file_list: 35 # file_path = os.path.join(directory_path,file_name) ---> 36 Kcat_model.load_state_dict(torch.load('MAEs--all--radius2--ngram3--dim20--layer_gnn3--window11--layer_cnn3--layer_output3--lr1e-3--lr_decay0.5--decay_interval10--weight_decay1e-6--iteration50.txt', map_location=device)) 37 ##表示把预训练的模型参数加载到Kcat_model里,‘torch.load’表示函数用于文件中加载模型参数的状态字典(state_dict),括号内表示预训练参数的文件位置 38 predictor = Predictor(Kcat_model) File ~/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/torch/serialization.py:815, in load(f, map_location, pickle_module, weights_only, **pickle_load_args) 813 except RuntimeError as e: 814 raise pickle.UnpicklingError(UNSAFE_MESSAGE + str(e)) from None --> 815 return _legacy_load(opened_file, map_location, pickle_module, **pickle_load_args) File ~/anaconda3/lib/python3.9/site-packages/torch/serialization.py:1033, in _legacy_load(f, map_location, pickle_module, **pickle_load_args) 1027 if not hasattr(f, 'readinto') and (3, 8, 0) <= sys.version_info < (3, 8, 2): 1028 raise RuntimeError( 1029 "torch.load does not work with file-like objects that do not implement readinto on Python 3.8.0 and 3.8.1. " 1030 f"Received object of type "{type(f)}". Please update to Python 3.8.2 or newer to restore this " 1031 "functionality.") -> 1033 magic_number = pickle_module.load(f, **pickle_load_args) 1034 if magic_number != MAGIC_NUMBER: 1035 raise RuntimeError("Invalid magic number; corrupt file?") UnpicklingError: invalid load key, 'E'. 这个问题怎么解决
07-14
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