分子动力学
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rogerzhanglijie
这个作者很懒,什么都没留下…
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利用POVME计算蛋白的口袋的体积
POVME 为一个简单的python脚本用于计算蛋白的活性口袋的体积 ,这里是POVME的网址可以下载源代码http://www.nbcr.net/POVME/ 这里主要介绍一下我自己用POVME计算分子动力学轨迹中的蛋白活性口袋的体积的变化。 首先:先将蛋白中的所有的frames按照一定的方式进行align(这里我用的是阿尔法碳原子作为align的骨架), 将align之后的原创 2013-07-17 13:17:21 · 8970 阅读 · 2 评论 -
Pymol获得蛋白中二级结构信息
open("potein.dat","w").writelines( ["Residue %s: %s\n"%(a.resi,a.ss) for a in cmd.get_model("protein" +" and n. ca").atom] )其中protein为pymol中加载的蛋白名称,前后需要保持一致。原创 2017-08-22 08:57:57 · 5337 阅读 · 0 评论 -
Amber安装并行
花费了将近一天的时间来安装Amber12的并行,调bug调到最后都有点让人抓狂了! 现在简单介绍一下amber12中安装openmpi并行的过程。1. 下载openmpi版本在1.5-1.9之间的这是因为$AMBERHOME/AmberTools/src/configure_openmpi 文件中的下面这句话:mpidirs=`/bin/ls -d openmpi-1.[5-9原创 2013-12-04 17:32:57 · 6084 阅读 · 2 评论 -
3NSS四聚体水盒子中相对应的氨基酸以及侧链的残基序号
A链: NLN-> 65 4YB->1549 4YB-> 1550 VMA-> 1551 YMA->1552 B链: NLN->452 4YB->1559 4YB-> 1560 VMA-> 1561 YMA-> 1562 C链: NLN-> 839 4YB-> 1569原创 2013-06-03 09:52:19 · 1574 阅读 · 0 评论 -
Amber中对体系的距离角度和二面角加以限制
产生NMR的限制:在使用加限制的PDB文件时,文件中的结构必须包含H原子,如果不包含可以使用命令: ambpdb -aatm -p prmtop amb.pdb做此步的目的是保留正确的原子序号.1.距离的限制为了获得Amber中sander程序的距离限制的输入文件,我们需要准备一个7列的限制输入文件.对于文件中的每一行表示一个限制.1st_res# 1st_res_nam原创 2013-05-31 09:58:47 · 3234 阅读 · 0 评论 -
加限制的最小化的文件
图片中参数的解释:ntx选项用于从"inpcrd"文件中读取初始的坐标,速度和盒子信息。如果从最小化或者构建模型坐标的过程开始,则需要选择的参数值为1或者2.如果使用MD中的重新开始的文件(通常的命名规则为.rst结尾的文件), 则需要使用的参数值为4-7. 只有选项值1和5为经常使用的选项值.ntx=1,在读取轨迹文件的时候不读取轨迹文件中的速度的内容ntx=5, 以格式化的形式读取原创 2013-06-05 19:08:15 · 1139 阅读 · 0 评论 -
利用Amber构建糖蛋白体系的整个流程
利用了两周的时间,总算摸清楚了应该如何构建糖蛋白体系,由于我的体系是通过找到潜在的糖基化位点,利用糖基化之后的蛋白来构建Amber能够识别的体系。首先:利用 Glyprot来构建你所需要的糖侧链分子.其次:由于构建出来的糖侧链中的残基在Amber中并不能够识别,所以需要根据糖分子的具体的结构(如:D,L构型和a,p构象)来找到和Amber相对应的结构,并找到相应的命名方式。再次:因原创 2013-05-28 09:01:54 · 2931 阅读 · 0 评论 -
1NN2中的糖侧链
将PDB结构1NN2中的糖侧链只保留ASN146末端残基的糖侧链,其余的糖侧链没有考虑.将糖侧链中的糖残基转化为AMBER能够识别的标准的糖侧链的结构如下图:其中NLN为转换为Amber中GLYCAM_06力场能够识别的残基名称。NDK为含有磺酸基的N乙酰葡萄糖胺的残基,这个残基利用高斯进行了电荷的重新计算,限制的原子和电荷分别如上图所示.原创 2013-05-23 15:50:04 · 1491 阅读 · 0 评论 -
利用GlyProt构建糖蛋白
GlyProt的目标要实现一下三点:(i) 评价一个可能的N糖基化位点在空间上是否可行。(ii)利用用户定义的糖分子的结构产生合理的糖蛋白的三维构象模型。(iii)为解决物理化学参数如何影响糖蛋白中糖的构象提供一些依据。材料和方法(1)实验流程如下:如果蛋白结构中本身就含有糖侧链的结构,这些本身存在的糖侧链内部坐标(天冬氨酸中的N与和它连接的N乙酰葡萄糖胺的C1之间的距原创 2013-05-20 19:41:44 · 1755 阅读 · 0 评论 -
利用PDB文件将蛋白中的单聚体利用对称矩阵转换为二聚体
下面是需要在VMD中执行的tcl脚本:####steps## source mono2poly.tcl##mol delete all##mol new filename.pdb##set sel [atomselect top all]##set matrix [parsematrix filename.pdb]##mono2poly -o newfile.pdb原创 2013-04-16 13:25:57 · 4600 阅读 · 3 评论 -
AMBER分子动力学简例
AMBER分子动力学简例(一)概述以下是使用AMBER包的简单教程,希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下,以下教程原版来自网上,是最最基本的教程,同时也非常实用,有非常好的借鉴意义。AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编转载 2012-10-18 09:55:18 · 19990 阅读 · 2 评论 -
amber中生成小分子模板(转)
amber中生成小分子模板(转)第一步:生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的,但是很多模拟过程会涉及配体分子,这些有机小分子有很高的多样性,他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中,需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber 程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算,这一步可以由antechamber中附带的mopac完成,也可以转载 2012-10-16 10:51:07 · 9451 阅读 · 0 评论 -
gromacs安装流程
(1) 解压缩fftw,lam-mpi,gromacs源码 tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz (2) 编译lam-mpi cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/转载 2014-01-07 18:19:45 · 7544 阅读 · 0 评论 -
Amber中的NMR restraint中的一些参数的设置的意义
在对结构中的对距离角度,二面角,距离等加入限制时需要首先在输入文件中加入一些参数来应用这些限制.DISANG="限制文件的路径" nmropt 参数值设置为大于0时,应用限制文件中的限制。 当设置pencut这个参数为负数时,所有的限制将会被打印出来.参数列表"&rst"包含下面的参数。如果你想只包含重量的变化但是没有内部的限制,设置nmropt=1这个参数值. &r原创 2013-06-06 15:06:06 · 3942 阅读 · 0 评论 -
Adaptively biased MD,steered MD, and umbrella sampling with REMD
Adaptively Biased Molecular Dynamics (ABMD)Reaction Coordinatesvariable 部分用于定义反应的坐标,这部分必须包含一个关键字"type",以及一个STRING值,以及一系列的整数(整数的数量取决于变量的类型),对于一些反应坐标的类型, Variable部分的必须包含一系列的实数值,r, r的长度取决于具体的类型。现原创 2013-06-07 17:15:45 · 3575 阅读 · 0 评论 -
膜蛋白的MD模拟
蛋白大体上分为三种类型, 组蛋白,球蛋白和膜蛋白组蛋白体积巨大但具有周期性,功能简单,以支撑保护为主. 做机理研究的意义相对不大.球蛋白可溶于水, 有一个亲水的外表面和输水内核,体积较大, 功能复杂,比如酶, 抗体等,做药物设计的好像都跟这个亲热.膜蛋白, 肯定和膜有关,或吸附在膜表面, 或嵌入膜中,或贯穿膜的两侧. 其中最后这种可以形成跨膜通道,用以传转载 2013-01-08 12:01:44 · 6367 阅读 · 0 评论 -
Amber跑分子动力学时对初始PDB文件的处理过程
amber中生成小分子模板amber,小分子,模板第一步:生成小分子模板蛋白质中各氨基酸残基的力参数是预先存在的,但是很多模拟过程会涉及配体分子,这些有机小分子有很高的多样性,他们的力参数和静电信息不可能预存在库文件中,需要根据需要自己计算生成模板。amber中的antechamber程序就是生成小分子模板的。生成模板要进行量子化学计算,这一步可以由antechamber中原创 2013-05-08 13:57:32 · 16576 阅读 · 2 评论 -
Km Kcat Kcat/Km
max 是指 最大反应速度。当 底物浓度 足够大时,体系中 酶的活性中心达到饱和状态,其反应速度达到最大。 由此可见,最大反应速度 max 随 酶浓度的变化而变化。kcat 指反应常数 ( catalytic constant ), kcat 可以由 这个公式计算得到:kcat = max/[E][E] 指 酶浓度,由此可以说, kcat 表示了每单位时间内(秒)每摩尔的酶(或者说每摩转载 2013-12-26 15:51:23 · 28422 阅读 · 0 评论 -
杂谈自由能计算,PMF,伞形抽样,WHAM
分子模拟计算某一过程的自由能被称分子模拟领域的4大难题之一。大概因为自由能的概念比较令人困惑。下面侃侃我的理解,大家拍砖。。要说自由能,先说它和它兄弟“能量”的差别。做过模拟都知道,一个被模拟的体系,不论是NPT,还是NVT,它有总能量,这就是内能。内能分为动能和势能两项,势能项还能分解成很多子项,键能,非键作用能,等等,一清二楚的;模拟是否平衡,总能量是否守恒,Plot一下总能,一清二楚转载 2012-10-30 09:46:57 · 23331 阅读 · 12 评论 -
利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
最近这几天一直在进行自由能的计算,期间遇到了各种错误,整了一周的时间,这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。 因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算,因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理,否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误,我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下,希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少走一些原创 2012-11-07 09:51:06 · 9142 阅读 · 3 评论 -
Redhat 5.6中 Amber12的安装
今天下午弄了将近5个小时,终于把AMBER12给装上了. 一开始用GNU编译了好几次,总是出现错误,原因可能是ifortran的错误,但始终没有解决,最终不得不选择用intel编译的方法。 最终总算把问题解决了。 现将安装的过程总结如下:1. 安装intel编译器(intel官网下载)。我装的版本是l_ccompxe_intel64_2011.9.293,l_fcompxe原创 2013-01-06 19:59:14 · 6400 阅读 · 0 评论 -
分子模拟基础篇
此文为dddc_redsnow发表于biolover上的关于分子动力学的系列原创文章,相当经典与精彩,特此将系列文章整合,一起转载,望学习动力学的新手们共同学习,提高进步,在此特向dddc_redsnow本人表示感谢。动力学系列之一(gromacs,重发)在老何的鼓励下,发一下我的gromacs上手手册(我带人时用的,基本半天可以学会gromcas)##################转载 2012-09-05 13:28:11 · 9602 阅读 · 0 评论 -
利用并行的方法计算自由能
利用Amber中的模块MMPBSA.py.MPI进行自由能的并行计算。在计算的过程中,需要为每一个进程(线程)分配相同数目的贞数据,当然也不按照这样的分配方法。其目的主要是为了使并行的过程更加的高效。首先要准备并行过程中的输入文件mmpbsa.in,这个文件的生成过程可以参考Amber手册中的MMPBSA这一章节中所讲的。具体的并行过程中的执行命令如下:mpirun -np 4 $原创 2013-03-19 15:00:39 · 3625 阅读 · 0 评论 -
Using MATLAB to analyze principal components obtained from a molecular dynamics simulation of a pro
If you have the output of the covariance matrix (CovMat) you can visualize it with imagesc(CovMat). If you want the cross correlation map (CCMap) you can obtain this with:CCmap = zeros(length(CovM转载 2013-02-22 16:33:12 · 1049 阅读 · 0 评论 -
compile gromacs GPU version from source code
1. download source code:git clone git://git.gromacs.org/gromacs.git2. install openMM and CUDA library into /soft/gromacs-gpu/openmm (download from https://simtk.org/project/xml/downloads.x转载 2013-01-06 10:19:36 · 1219 阅读 · 0 评论 -
Error while loading shared libraries: libimsl.so: cannot open shared object file
此问题纠结近30个小时后终于得到解决,期间用过很多方法,一一列举如下: 1:搜索资源得到这个http://ait.web.psi.ch/services/linux/hpc/hpc_user_cookbook/libraries/imsl/ Problem:./lin_sol_svd_ex2./lin_sol_svd_ex2: error while loading sha转载 2012-12-31 11:10:27 · 2799 阅读 · 0 评论 -
Amber12发布了
著名的分子动力学模拟软件Amber最近发布了新版本Amber12。同时,AmberTools也发布了新版AmberTools12。新版本的主要改进有:*Force fields:Amber has a new fixed-charge protein force field, ff12SB, enchanced support for polarizable poten转载 2012-12-26 09:50:44 · 1198 阅读 · 0 评论 -
Matlab做PCA分析(需要matlab2010b )
PCA简单的说,它是一种通用的降维工具。在我们处理高维数据的时候,了能降低后续计算的复杂度,在“预处理”阶段通常要先对原始数据进行降维,而PCA就是干这个事的本质上讲,PCA就是将高维的数据通过线性变换投影到低维空间上去,但这个投影可不是随便投投,遵循一个指导思想,那就是:找出最能够代表原始数据的投影方法。这里怎么理解这个思想呢?“最表原始数据”希望降维后的数据不能失真,也就是说,转载 2012-12-03 13:26:31 · 11055 阅读 · 0 评论 -
Amber中利用nmode模块进行熵计算
最近在对一个系统进行MD计算模拟,在对生成的轨道做能量分析时,突然遇到点问题,也就是对系统熵的计算。主要原因也就是自己系统太大,没法进行熵计算。因此,就需要将系统中关键部位的残基拿出来构建一个小系统。我看目前许多发表的文章也是按照这个思路在做。如何定义关键部位呢,通常选取小分子周围8-12A范围的残基作为关键残基,并与小分子一起拿出来共同构建一个小系统。 我具体的做法如下:转载 2012-11-06 10:55:43 · 4049 阅读 · 0 评论 -
分子自由度(转载)
分子自由度 (1)单原子分子:如氦He、氖Ne、氩Ar等分子只有一个原子,可看成自由质点,所以有3个平动自由度 i = t = 3。(图1)。 (2)刚性双原子分子如氢 、氧、氮、一氧化碳CO等分子,两个原子间联线距离保持不变。就像两个质点之间由一根质量不计的刚性细杆相连着(如同哑铃)(图2),确定其质心O’的空间位置,需3个独立坐标(x,y,z);确定质点联线的空间方转载 2012-10-31 19:18:25 · 17921 阅读 · 2 评论 -
结合自由能的计算
一:自由能计算简介 基于结构的药物设计方法有多种多样,包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等,但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的,所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过转载 2012-10-31 18:57:35 · 11057 阅读 · 0 评论 -
杂谈隐式溶剂模型: Poisson-Boltzmann, Generlaized-Born, 和自由能估算
1. Poisson-Boltzmann, PB模型============================在量子化学计算和使用经典分子力学进行模拟中,常会用到隐式溶剂模型,特别是作为一种快速估算溶剂化自由能的方法,在蛋白-底物分子作用计算,和蛋白质折叠等方面特别有用。量子化学gauss中,还会经常用来估算溶剂中某些分子的pKa。那么,隐式溶剂如何做到不使用溶剂而估算溶剂的影响呢?它的转载 2012-10-30 09:06:22 · 8116 阅读 · 0 评论 -
分子动力学简介
分子动力学是一门结合物理,数学和化学的综合技术。分子动力学是一套分子模拟方法,该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动,以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本,从而计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。 分子动力学简史 1957年:基于刚球势的分子动力学法(Alder and Wainwright) 1964年:质点系への转载 2012-10-18 10:05:23 · 5164 阅读 · 0 评论 -
蛋白质分子动力学模拟
1.系统的准备:假设有一个PDB文件含有500多个残基并且构成两条链。首先修饰PDB文件:除去remarks, connectivity data 和 HETATM lines的数据(不包括晶体水),然后增加TER标签在蛋白链间和改变一些氨基酸的名字如:HIS to HIE, HID or HIP;和CYS。tleap -s -f leaprc.ff99SB (告诉tleap将载入f转载 2012-10-18 09:58:59 · 8850 阅读 · 0 评论 -
homology modelling of GPCR with modeller
Recent work on GPCR homology modelling found that the modelling of GPCR is different from these cytoplasm protein owing to the low sequence identity with its homology patenters.Model building by转载 2013-01-06 10:39:51 · 810 阅读 · 0 评论 -
monomer, dimer or tetramer?
Dimer and tetramer are often found in crystal structures and this sometimes confuses many people owing to the crystal symmetry in which the smallest subunit of a protein displays.Different struc转载 2013-01-06 10:43:16 · 1006 阅读 · 0 评论 -
Amber中做correlation map图
需要在电脑中安装gnuplot. 设置作图环境: set view 0,0,1,1 set pm3d map set cbrange [-1:1] set palette defined (0 0 0 0, 1 0 0 1, 3 0 1 0, 4 1 0原创 2013-02-22 10:32:52 · 1535 阅读 · 0 评论 -
利用CHARMM-GUI来建立膜双层结构的具体步骤
建膜的简单步骤如下: step1:读入蛋白的坐标 蛋白的坐标文件既可以从蛋白库中直接下载,也可以从本地读入。OPM选项可以从网站中下载已经对蛋白相对于膜结构重定向的坐标文件。当你在本地已经对蛋白进行了重定向的时候也可以使用本地的蛋白坐标文件。 step2:确定蛋白的方位 如果蛋白是从PDB库中直接读入的,需要对蛋白相对于膜结构进行位原创 2012-12-27 16:53:03 · 12170 阅读 · 0 评论 -
Amber 中Lipid11 PDB文件的格式
LIPID11中每个磷脂分子由3个残基组成。当在LEAP程序中加在磷脂的PDB文件时,LEAP程序就可以将分子的头部和尾部连接在一起。为了使LEAP能够正确的识别磷脂分子,PDB中残基的定义方式应当按照下面的定义方法: PDB中的每一个磷脂分子的定义:原创 2013-01-08 10:08:26 · 1274 阅读 · 0 评论 -
Membrane Protein Simulation with Desmond
Desmond supports algorithms typically used to perform fast and accurate molecular dynamics. Long-range electrostatic energy and forces can be calculated using particle-mesh-based Ewald techniques.Cons转载 2013-01-06 10:27:18 · 1542 阅读 · 0 评论