用python统计scaffold的N50等信息

最近用python编写了统计scaffoldN50和contigN50等信息的脚本。

运行结果截图如下：

源代码如下：

#!/usr/bin/env python
#func: cal N50,N60,N70,N80,N90,final
import os,sys
import operator
import datetime
import re
from optparse import OptionParser


#cutoff=100
class Fasta(object):
    def __init__(self,name,seq,length):
        self.name=name
        self.sequence=seq
        self.length=length


def process_fasta(reader):
    file=reader.readlines()
    counter=1
    items=[]
    for line in file:
        line=line.strip()
        if line.startswith('>'):
            if(counter > 1):
                items.append(anistance)
            counter +=1
            name=line
            seq=''                    
            length=0
        else:
            seq += line
            length=len(seq)
            anistance=Fasta(name,seq,length)     
    items.append(anistance)
    return items


def sort_len(lists):
    dict1={}<