自定义博客皮肤VIP专享

*博客头图:

格式为PNG、JPG,宽度*高度大于1920*100像素,不超过2MB,主视觉建议放在右侧,请参照线上博客头图

请上传大于1920*100像素的图片!

博客底图:

图片格式为PNG、JPG,不超过1MB,可上下左右平铺至整个背景

栏目图:

图片格式为PNG、JPG,图片宽度*高度为300*38像素,不超过0.5MB

主标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

Hover:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

副标题颜色:

RGB颜色,例如:#AFAFAF

自定义博客皮肤

-+
  • 博客(15)
  • 收藏
  • 关注

原创 Linux中,批量重命名“.fna”文件为“.fa”文件

Linux中,批量重命名“.fna”文件为“.fa”文件——rename命令

2024-02-23 12:06:21 473 1

原创 geNomad输出文件解读

geNomad:识别移动遗传元素——输出文件解读:6个目录文件、6个log

2024-02-22 15:56:30 876 1

原创 KEGG,COG,Pfam分析的异同点

#知识储备#——KEGG,COG,Pfam分析的异同点

2024-02-20 14:08:03 923 1

原创 Linux系统下,计算并输出宏组装数据N50/N90值

Linux系统下,计算并输出宏组装数据N50/N90值——bioawk

2024-02-19 12:57:04 1084 1

原创 VIBRANT输出文件完全解读

VIBRANT输出文件共含5个目录、5个单独文件,详细解读

2024-01-27 08:00:00 2587 1

原创 Linux系统下,VIBRANT的安装及配置

ViIBRANT,一款开源的从宏组装数据中识别病毒contig的软件

2024-01-26 09:51:17 1269 1

原创 Linux下,CheckV的安装及使用(含HMMER、prodigal、diamond的安装)

linux系统下,CheckV、HMMER、DIAMOND、prodigal安装

2024-01-25 14:17:34 762

原创 macOS-M3,通过终端命令行安装 Miniconda

共4条命令,用于在 macOS 上通过命令行安装 Miniconda。

2024-01-23 08:00:00 1233 2

原创 Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读

这三个数据类型之间存在层次关系。Reads 是从原始测序数据中获得的,而 Metagenomic Assembly 则是对 Reads 进行更深入的分析和组装得到的结果。Reads 提供了初步的、整体的微生物群落信息,Metagenomic Assembly 提供了更大、更完整的基因组片段,而 Custom MAGs 允许研究者更有针对性地研究特定微生物群体。Custom MAGs 的选择通常基于研究者对微生物群体的特殊关注,可以是生态学上的关注、功能学上的关注,或者是对特定物种的深入研究。

2024-01-22 14:48:37 713

原创 Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装、配置与使用方法解读

Linux系统下,病毒组分析模块化流程ViWrap的安装与环境配置全流程解读,含conda activate报错解决方法

2024-01-19 14:26:55 1359 4

原创 宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读

rnaSPAdes作为宏转录组数据组装软件,数据结果表现优秀——共输出5个文件夹及14个单独的文件,transcripts.fasta是主要结果文件。

2024-01-18 11:07:25 1265 1

原创 Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)

Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(e.g. sqlen>1000)——awk命令

2024-01-16 11:25:34 651 1

原创 宏基因组组装软件mataSPAdes输出文件解读

宏数据组装软件mataSPAdes输出文件解读——共7个文件夹和16个单独文件,scaffolds.fasta是最终组装结果

2024-01-16 10:24:27 1618 1

原创 linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件

linux系统中将.fastq文件统一改为.fq文件——使用rename和mv循环

2024-01-15 09:47:37 681

原创 linux系统下,fasta格式转为fastq

在生物信息学分析中常需要用到,将fasta格式的序列转为fastq,而后再压缩为fastq.gz格式上传。本篇记录如何将在linux系统中将fasta格式文件转为fastq.

2023-11-16 23:28:53 541 2

空空如也

空空如也

TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹

TA关注的人

提示
确定要删除当前文章?
取消 删除