基因测序结果计算N50

读取文件

import sys
fn = sys.argv[1]
fi = open(fn,'r')
chr_len = {}
for line in infos:      #还可以写成for line in fi 对句柄进行迭代
  line = line.strip()   #取消数据两端的空格。或者两端的数据。
  infos2 = line.split('\t')  #分割
  chr_len[infos2[0]] =int(infos2[1])

计算

简单信息：总长、条数、平均长度

n= len(chr_len)
total_len = sum(chr_len.values())
mean_len =total_len/n

最长序列

sorted(chr_len.items(),key=lambda x:x[1],reverse=True)
longest_id,longest_len = max(chr_len.items(),key=lambda x:x[1])

N50

思路，我们需要的是列表长度，先要从大到小排序，

l =chr_len.values()  #所有染色体长度
l = sorted(l,reverse=True) #从大到小排序
total_len = sum(l)
n50 = 0
idx = 0  #用于存储变量n的值
cumsum = 0
for i,v in enumerate(l,start=