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GROMACS运行参数整理(一)

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Gromacs运行参数中文注释

中文注释仅供参考!!!

1.Preprocessing

include = ... ; 指定拓扑结构目录
define = ...  ; 预处理控制拓扑文件

         -DPOSRES ; 位置限制
		 -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水
		 
2.Run control
integrator =   ; 指定积分算法
             md ; 蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分
			 steep ; 最陡下降法,用于能量最小化
			 cg ; 共轭梯度法;用于能量最小化(需要双精度,且需先做steep)

tinit = ; 模拟开始时刻(仅用于md,sd,bd)

dt = ; 积分步长(仅用于md,sd,bd)

nsteps = ;积分或能量最小化步数(-1为无穷大)

init_step = ; 起始步

comm_mode =   ; 质心运动控制
            Linear ; 限制质心平移
			Angular  ; 限制质心平移及绕心运动
			No ; 无限制

nstcomm =   ; 质心移动频率

com_grps =   ;组质心设定,默认整个体系
3. Energy minimization
emtol = ; 能量最小化收敛值,用于steep
emstep = ; 初始步长,用于steep

nstcgsteep = ; 共轭梯度法能量最小化步数

4.Output control
nstxout = ; 坐标保存到轨迹文件的频率
nstvout = ; 坐速度保存到轨迹文件的频率
nstfout = ; 力保存到轨迹文件的频率
nstlog = ; log文件更新频率
nstcalcenergy = ;能量计算频率
               0 ; 从不计算
			   -1 ; 默认,与nstlist更新频率一致
nstenergy = ; 能量保存到轨迹文件的频率,默认100步,必须是nstcalcenergy的倍数

nstxtcout = ; 坐标保存到xtc轨迹文件的频率,默认100步
xtc_precision = ; xtc文件精度,默认1000
xtc_grps = ; 保存到xtc轨迹文件的组,nstxtcout需大于0
energygrps = ; 保存能量的组

5. Neighbor searching
nstlist = ; 邻近列表更新频率
ns_type = ; 邻近列表搜索算法
         grid ; 网络搜索
		 simple ; 简单搜索
pbc = ; 周期性边界条件periodic boundary conditions
     xyz ; 使用周期性边界条件
	 no ; 没有使用周期性边界条件
	 xy ;仅在xy方向使用周期性边界条件
periodic_molecules = ;  no :分子是有限的
                        yes :分子是无限的,使用周期性边界条件
rlist = ; 短程邻近列表截断
rlistlong = ; 长程邻近列表截断,需配合双程截断

6.Electrostatics
coulombtype =  ; PME;库伦计算方式
rcoulomb =  ; 短程库伦截断

7.VdW
VdWtype =  ; 范德华力计算方式  
          Cut-off ;
rvdw =  ; 短程范德华力截断
DispCorr =  ; 色散校正
           no ;不修正
		   EnerPres ; 使用长程色散校正能量和压力
		   Ener ;使用长程色散校正能量

8.Ewald

fourierspacing =  ; FFT傅里叶变换格点间距,与PME同事使用

pme_order =  ; PME插值,默认4表示3次插值

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GROMACS运行参数整理(二)

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GROMACS运行参数之npt.mdp文件详解

GROMACS(5.1.4)教程:蛋白质配体复合物 蛋白质配体复合物模拟npt平衡过程中需要用到输入文件npt.mdp,现对里面的各种编辑项目做简单注释。
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Gromacs/模拟基本流程和模拟流程图
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gromacs 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- gromacs 篇 (提供免费测试 QQ 178068275) 官网地址: http://www.gromacs.org/ 下载地址: http://www.gromacs.org/Downloads
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最近在看Gromacs的源码,万恶的毕设。对于分子动力学的小白来说,做这个真心是一个巨大的挑战啊。但是通过看代码还是能学到些东西的,聊以慰藉。今天看到一个snew宏,死活不懂为什么宏后面的参数前有一个#号,做一个小实验试了下,原来可以得到变量名。 #define _CRT_SECURE_NO_DE...
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gromacs编译安装

gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件,版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升,然而,新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器,没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器,这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs,Intel就是一个...
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