Gromacs -Linux系统安装教程,包含CPU和GPU版本

GROMACS是一款功能强大的分子动力学模拟软件,全称为GROningen MAchine for Chemical Simulations,即格罗宁根化学模拟体系。它主要用于模拟研究生物分子,如蛋白质、脂质、核酸等的性质。GROMACS最初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发,现在由全球的大学和研究机构维护。

GROMACS的安装指南和用户平台分别有CPU版和GPU版,可以利用CPU或GPU进行计算,特别是在使用GPU时,单GPU卡的运行效率较高。本教程提供CPU版本和GPU版本安装教程。

如何获取Gromacs

Gromacs官方网站参考地址:https://manual.gromacs.org/

点击所需版本获取下载地址和安装教程参考。

本教程以gromacs-2022版本为例,其他版本可参考

CPU版本编译安装环境配置

安装编译环境Intel oneAPI

具体可参考上期推送内容:

 安装部署oneAPI 

https://blog.csdn.net/u013206206/article/details/139010576?spm=1001.2014.3001.5502

安装编译环境GNU

gromacs-2022版本需要GNU (gcc/libstdc++) 7的版本,以后的版本需要用 (gcc/libstdc++) 9版本。但是GNU安装方法基本类似。本教程以gcc-9.1为例。

下载以下安装包

  • GMP安装包:“gmp-6.1.0.tar.bz2”

  • MPFR安装包:“mpfr-3.1.4.tar.bz2”

  • MPC安装包:“mpc-1.0.3.tar.gz”

  • GCC安装包:“gcc-9.1.0.tar.xz”

下载地址:

  1. http://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/

  2.  https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-9.1.0/

gmp-6.1.0部署

./configure --prefix=intall-gmpmake && make installexport LD_LIBRARY_PATH=intall-gmp/lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpfr-3.1.4部署

./configure --prefix=intall-mpfr --with-gmp=intall-gmpmake && make installexport LD_LIBRARY_PATH=intall-mpfr /lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpc-1.0.3部署

./configure --prefix=intall-mpc --with-gmp=intall-gmp --with-mpfr=intall-mpfrmake && make installexport LD_LIBRARY_PATH=intall-mpc:$LD_LIBRARY_PATH

gcc-9.1.0部署

mkdir obj

../configure --disable-multilib --enable-languages=c,c++,fortran --prefix=intall-gcc --with-gmp=intall-gmp --with-mpfr=intall-mpfr --with-mpc=intall-mpcmake -j 20make install

配置环境变量

vim gcc-9.1.0.shGCC_HOME=intall-gccexport PATH=${GCC_HOME}/bin:$PATHexport LIBRARY_PATH=${GCC_HOME}/lib64:${GCC_HOME}/lib:$LIBRARY_PATHexport LD_LIBRARY_PATH=${GCC_HOME}/lib64:${GCC_HOME}/lib:${GCC_HOME}/external_libs/lib:$LD_LIBRARY_PATHexport MANPATH=${GCC_HOME}/share/man:export INFOPATH=${GCC_HOME}/share/infoexport C_INCLUDE_PATH=${GCC_HOME}/include/c++/8.5.0:${GCC_HOME}/include/c++/8.5.0/aarch64-unknown-linux-gnu:$C_INCLUDE_PATHexport CPLUS_INCLUDE_PATH=${GCC_HOME}/include/c++/8.5.0:${GCC_HOME}/include/c++/8.5.0/aarch64-unknown-linux-gnu:$CPLUS_INCLUDE_PATH

CPU版本编译参考

解压安装

tar -xvf gromacs-xx.tgz

编译选项参考:

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=intall-gromacs \           -DGMX_MPI=ON \           -DGMX_GPU=OFF \           -DGMX_SIMD=AVX2_256 \           -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \           -DCMAKE_C_COMPILER=icx \           -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpx   ./cmake.sh :执行cmak脚本,进行编译选项配置

cmake编译参数介绍:

-DGMX_MPI=ON :是否支持编译并行版本

 -DGMX_GPU=OFF :是否支持GPU版本

 -DGMX_SIMD=AVX2_256 :编译支持符合硬件平台的指令集

intel平台优化,使用avx512指令

AMD Zen2平台,修改为-DGMX_SIMD=AVX2_256

 -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl :FFT数学库来源:fftw3,mkl

如果使用自己编译安装的fftw3数学库,需要使用以下参数指定路径

-DFFTWF_LIBARY=" /xx /fftw-xx-/lib/libfftw3f.so"

-DFFTWF_INCLUDE_DIR="/fftw-xx/includ"

编译器选择,高版本的gromacs不再支持icc/icpc如果要用intel编译器需要用icx/icpx编译

 -DCMAKE_C_COMPILER=icx /mpicc

 -DCMAKE_CXX_COMPILER=icpx /mpicxx

make -j 20 && make install

在intall-path/bin 目录下生成如下可执行文件

./gmx_mpi –version

查看Gromacs版本基本信息

GPU版本编译安装环境配置

在已有CPU编译环境下,安装GPU版本所需的cuda环境。

cuda安装

检查驱动是否安装

nvidia-smi

显示如下内容,表示cuda驱动已安装,如果未安装,则需要先根据实际配置的显卡安装对应的驱动。

1、NVIDIA显卡&GPU卡驱动官网下载链接

https://www.nvidia.cn/Download/index.aspx?lang=cn

2、按照显卡或者GPU卡具体型号、系统版本下载相应的驱动

一、  安装步骤

1、以7版本系统为例,请按照步骤操作执行,把下载好的驱动上传到系统

2、把nouveau驱动拉黑屏蔽            

                     

3、停止gdm服务

4、运行模式切换到3

5、把nouveau卸载掉

6、进入到/boot下,备份initramfs文件,然后重新生成一个initramfs文件

7、然后安装驱动

1)如果使用显卡做输出,则不加任何参数,直接安装

2)如果不使用显卡做输出,或者使用的是GPU卡,则需要添加--no-opengl-files参数

8、选择Yes

9、选择No

由于不使用显卡做输出,则选择No,不更新X配置

10、安装完成,选择OK

11、重启机器,测试nvidia-smi命令可以正常输出,安装完成。

根据需要安装对应的CUDA_TOOLKIT,具体步骤如下:

CUDA Toolkit安装:

https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive

安装:

chmod +x cuda_11.3.1_465.19.01_linux.run

执行yes,accept等安装即可,安装时不选择安装驱动,驱动已经单独安装

安装过程大概需要十分钟左右,安装完成后,显示刚才安装的版本号

GPU版本编译参考

cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/intall-path/gromacs-DGMX_MPI=on \-DGMX_GPU=CUDA \-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=xx/cuda-11.8-DGMX_FFT_LIBRARY=mkl \-DGMX_SIMD=AVX2_256 \-DCMAKE_C_COMPILER=icx \-DCMAKE_CXX_COMPILER=icpx-DGMX_GPU:选用CUDA编译器-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR:CUDA_TOOLKIT安装路径

实际使用时,我们发现

A800的卡使用cuda-12.0时不支持compute_35和compute_37的微架构,需要修改gromacs/cmake/gmxManageNvccConfig.cmake文件,注释掉编译有关arch=compute_35,compute_37等选项

测试结果示例

cd /path/case md_cutoff.tpr必须包含xxx.tpr相关的拓扑文件。CPU版本执行示例mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -nsteps 6000 -ntomp 1 -v -s  md_cutoff.tprGPU版本执行示例mpirun  -np 4  gmx_mpi mdrun -nsteps 6000 -npme 1 -ntomp 7 -nb gpu -pme gpu -bonded cpu  -s md_cutoff.tpr

上述命令通过mpirun发起4个进程,gmx_mpi mdrun为GROMACS的MD计算命令,其余参数意义分别如下:

  • -nsteps: 指定计算时间步

  • -npme:指定使用一个进程计算PME,多进程运行且使用GPU计算PME时必须指定此选项为1

  • -ntomp:指定每个进程使用openmp线程数

  • -nb:指定短程非成键力在CPU或GPU上计算

  • -pme:指定长程静电力在CPU或GPU上计算

  • -bonded:指定成键力在CPU或GPU上计算

  • -s:指定tpr输入文件名

  • -o:指定轨迹输出文件名

  • -c:指定结构输出文件名

  • -e:指定能量输出文件名

  • -g:指定日志输出文件

vim output.log或者md.log

图中ns/day值为性能参数,值越大性能越好。

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要在 Linux 上安装 GROMACS,你可以按照以下步骤进行操作: 1. 下载 GROMACS 安装包: 可以从 GROMACS 官方网站(https://www.gromacs.org/Downloads)下载最新的 GROMACS 版本。选择适合你系统的稳定版本或开发版本。 2. 解压安装包: 使用以下命令将下载的安装包解压到所需目录中: ``` tar xfz gromacs-x.x.x.tar.gz ``` 3. 进入解压后的目录: 使用以下命令进入解压后的 GROMACS 目录: ``` cd gromacs-x.x.x ``` 4. 安装依赖项: 在安装 GROMACS 之前,确保你的系统已安装了以下依赖项: - CMake - MPI - FFTW - LAPACK - BLAS 5. 创建构建目录: 在 GROMACS 目录中创建一个新目录来构建 GROMACS: ``` mkdir build cd build ``` 6. 配置构建: 运行 cmake 命令来配置构建过程,并指定所需的选项和路径: ``` cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DGMX_GPU=OFF # 如果你没有 GPU,请使用 OFF -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/path/to/installation ``` 7. 构建和安装: 运行以下命令来构建和安装 GROMACS: ``` make make install ``` 8. 配置环境变量: 将 GROMACS 的可执行文件路径添加到 PATH 环境变量中。你可以通过编辑 `~/.bashrc` 文件并添加以下行来实现: ``` export PATH=/path/to/installation/bin:$PATH ``` 完成上述步骤后,你就成功安装了 GROMACS。可以使用 `gmx` 命令来运行 GROMACS 相关的任务。请注意,具体的安装步骤可能因为不同的 Linux 发行版而有所差异,上述步骤仅提供了一个一般性的指导。
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