Gromacs -Linux系统安装教程，包含CPU和GPU版本

GROMACS是一款功能强大的分子动力学模拟软件，全称为GROningen MAchine for Chemical Simulations，即格罗宁根化学模拟体系。它主要用于模拟研究生物分子，如蛋白质、脂质、核酸等的性质。GROMACS最初由荷兰格罗宁根大学生物化学系开发，现在由全球的大学和研究机构维护。

GROMACS的安装指南和用户平台分别有CPU版和GPU版，可以利用CPU或GPU进行计算，特别是在使用GPU时，单GPU卡的运行效率较高。本教程提供CPU版本和GPU版本安装教程。

如何获取Gromacs

Gromacs官方网站参考地址：https://manual.gromacs.org/

点击所需版本获取下载地址和安装教程参考。

本教程以gromacs-2022版本为例，其他版本可参考

CPU版本编译安装环境配置

安装编译环境Intel oneAPI

具体可参考上期推送内容：

 安装部署oneAPI 

https://blog.csdn.net/u013206206/article/details/139010576?spm=1001.2014.3001.5502

安装编译环境GNU

gromacs-2022版本需要GNU (gcc/libstdc++) 7的版本，以后的版本需要用 (gcc/libstdc++) 9版本。但是GNU安装方法基本类似。本教程以gcc-9.1为例。

下载以下安装包

• GMP安装包：“gmp-6.1.0.tar.bz2”

• MPFR安装包：“mpfr-3.1.4.tar.bz2”

• MPC安装包：“mpc-1.0.3.tar.gz”

• GCC安装包：“gcc-9.1.0.tar.xz”

下载地址：

1. http://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/

2.  https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-9.1.0/

gmp-6.1.0部署

./configure --prefix=intall-gmpmake && make installexport LD_LIBRARY_PATH=intall-gmp/lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpfr-3.1.4部署

./configure --prefix=intall-mpfr --with-gmp=intall-gmpmake && make installexport LD_LIBRARY_PATH=intall-mpfr /lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpc-1.0.3部署

./configure --prefix=intall-mpc --with-gmp=intall-gmp --with-mpfr=intall-mpfr