（R语言）-11-火山图的绘制

 重点

火山图即为另类的散点图

na.omit()    去除包含缺失值的行

transform() 改变原数据

points()给点加颜色

数据概览：

 

#火山图
m <- read.csv(file.choose(),header = T,row.names = 1)#使用Deseq2.csv,使用Log2FoldChange和padj进行绘图
head(m)
m <- na.omit(m)#去除包含缺失值的行
plot(m$log2FoldChange,m$padj)
plot(m$log2FoldChange,-1*log10(m$padj))
plot(m$log2FoldChange,-1*log10(m$padj),xlim = c(-10,10),ylim=c(0,100))
m <- transform(m,padj=-1*log10(m$padj))#使用transform对原始数据的列进行修改
down <- m[m$log2FoldChange<=-1,] 
up <- m[m$log2FoldChange>=1,]
no <- m[m$log2FoldChange>-1 & m$log2FoldChange <1,] 

#重新绘图，方便给不同范围的点设置不同的颜色
plot(no$log2FoldChange,no$padj,xlim = c(-10,10),ylim=c(0,100),col="blue",pch=16,cex=0.8,main = "Gene Expression",xlab = "log2FoldChange",ylab="-log10(Qvalue)")
points(up$log2FoldChange,up$padj,col="red",pch=16,cex=0.8)#低级绘图命令，使用point添加一堆点，pch实心点
points(down$log2FoldChange,down$padj,col="green",pch=16,cex=0.8)

结果如图：