CP2K从头算分子动力学模拟/Gaussian量子化学计算/LAMMPS分子动力学模拟/ReaxFF反应力场计算开发技术与应用

专题一：“CP2K从头算分子动力学模拟技术与应用”大纲

课  程	内   容
赠送预习视频内容 基础理论知识	高斯平面波混合方法(GAPW) 从头算分子动力学模拟原理（AIMD） cp2k在ubuntu系统的安装
第一天 上午	CP2K基础知识 Inp文件结构格式 Inp文件基本语法结合实例，讲解inp文件常用命令 基组和赝势 CP2K重要关键词详解
第一天 下午	CP2K程序实际计算过程 CP2K 基组赝势的选择和设定 CP2K优化方法：单点能的计算 晶胞优化 几何结构优化 吸附分子体系的优化 静态频率计算 VMD、VESTA可视化 案例分析：不同体系的结构优化（气液固）
第二天 上午	CP2K程序计算过渡态 过渡态计算、过渡态判据 寻找过渡态方法，传统 PEB 方法 CI-NEB方法计算过渡态 案例分析：CO2的加氢模拟
第二天 下午	CP2K程序计算态密度和能带 态密度和能带形成的基本理论 单原子催化剂，表面离子缺陷态，表面态，d带中心，催化吸附的轨道相互作用模型 CP2K的DOS后处理和pDOS计算分析 案例分析：WO3态密度研究
第三天 上午	从头算分子动力学计算 AIMD输入文件 轨迹图的制作 结构数据的后处理分析 径向分布函数RDF 案例分析：液态水的AIMD模拟
第三天 下午	自由能势能面计算 自由能势能面基础知识 Potential of mean force Slow-growth Metadynamics方法 计算自由能势能面 案例分析：Au20/TiO2(110)AIMD模拟
第四天 上午	电子结构分析 CP2K计算电荷密度 自旋密度 HOMO/LUMO分子轨道 电荷密度差分 平面平均的电荷密度 Bader 电荷 案例分析：QM/MM模拟KCl表面
第四天 下午	复现文献案例以及如何进行分析 文献案例分析：2d -硼片作为锂离子电池负极材料的可能应用:DFT和AIMD研究 复杂体系的建模 Gromacs对CP2K的结果后处理

专题二 ：“Gaussian量子化学计算技术与应用”大纲

课 程	内 容
理论计算化学理论及程序入门操作	1、理论计算化学简介 1.1 理论计算化学概述 1.2 HF理论及后HF方法(高精度量化方法) 1.3 密度泛函理论和方法 1.4 多种理论计算方法的优缺点及初步选择 1.5 基组及基组的选择 2、Gaussian及GaussView操作基础及应用 2.1 Gaussian及GV安装及设置（Win和Linux） 2.2 Gaussian基础知识及入门操作 2.3 GaussView使用及结构构建 2.4 Linux基本命令及Vi编辑器 2.5 构建Gaussian输入文件并提交任务 2.6 详细认识输入文件和输出文件（Win和Linux）
Gaussian基础操作及实际计算过程	3、Gaussian基础操作Ⅰ： 3.1 几何优化及稳定性初判 3.2 单点能的计算及取值 3.3 频率计算及分析 3.4 溶剂模型 4、Gaussian基础操作Ⅱ： 4.1 分子轨道、轨道能级 4.2 HOMO-LUMO 图输出 4.3 布居数分析、偶极矩等 4.4 电子密度 4.5 静电势计算及绘制（ESP）
Gaussian进阶操作及实际计算过程	5、Gaussian进阶操作I：——势能面相关 5.1 势能面扫描 5.2 过渡态搜索（TS和QTS） 5.3 反应路径IRC等 5.4 反应能垒 5.5 反应热力学数据获得：熵，焓，内能，零点能，吉布斯自由能的计算 6、Gaussian进阶操作II：——各类光谱计算及绘制 6.1 紫外光谱（吸收和荧光发射）   6.2 红外光谱    6.3 拉曼光谱    6.4 NMR计算 6.5 垂直电离能及垂直电子亲和能 7、Gaussian进阶操作III：——激发态专题 7.1 垂直激发能与绝热激发能 7.2 振子强度、 7.3 激发态势能面 7.4 激发态计算方法讨论 8、Gaussian进阶操作IV：——高精度和多尺度计算方法 8.1 CASSCF方法及使用 8.2 ONIOM方法及使用 8.3 溶剂模型、背景电荷与ONIOM方法的比较
Gaussian计算专题与实践应用（模拟文献）	9、Gaussian计算专题I——Gaussian常见报错及处理方法 9.1 如何查看报错及常见报错 9.2 SCF不收敛   9.3 几何优化不收敛（势能面扫描不收敛）   9.4 消除虚频等 10、Gaussian计算专题II——流行密度泛函特点及选择 10.1 B3LYP的优缺点10.2 PBE，CAM-B3LYP、wB97XD、M06-2X等特点及选择 11、Gaussian计算专题III——聚集诱导荧光（AIE）和激发态分子内质子转移（ESIPT） 11.1 晶体结构及分子建模 11.2 QM/MM与ONIOM计算 11.3 重整化能，圆锥交叉及质子转移 (文献：Dyes and Pigments Volume 204, August 2022, 110396 ) 12、Gaussian计算专题IV——热激活延迟荧光(TADF) 12.1 看懂分子内能量转移Jablonski图 12.2 TADF与各类激发能 12.3 辐射速率、非辐射速率、（反）系间穿越等 12.4 评估荧光效率 （文献：ACS Materials Lett. 2022, 4, 3, 487–496    ）

专题三：“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”大纲（第二十一期）

课  程	内   容
第一天 上午 LAMMPS基础入门	1  LAMMPS的基础入门——初识LAMMPS是什么？能干什么？怎么用？ 1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用 1.2 in文件结构格式 1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令 1.4 data文件格式 1.5 LAMMPS常见错误解决途径 实例操作：运行并理解跟自己科研方向相近的例子。
第一天 下午 LAMMPS进阶 （石墨烯、金属材料模拟专题）	2 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率 实例操作：  2.1 把剪切模型转换成拉伸模型 2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型 2.3 石墨烯(不同力场)、金属、合金、高熵合金等拉伸剪切力学性质模拟
第二天 上午 LAMMPS进阶 （纳米流体模拟专题）	3 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率 实例操作：  3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型 3.2 建立三维管道内的poiseuille流动 3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟 3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响 3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型 3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动
第二天 下午 LAMMPS进阶 （热传导模拟专题）	4 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率 实例操作： 4.1 理解导热系数意义 4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法 4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算
第三天 上午 LAMMPS进阶 （多成分体系模拟专题）	5 LAMMPS进阶实例操作，理解模拟对象的物理意义——从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率 实例操作：  5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟    5.2 材料切削模拟 5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟
第三天 下午 LAMMPS进阶 （金属、半导体材料的辐照模拟）	6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟 6.1 建立模拟体系的初始模型 6.2 PKA动能、位移随时间变化 6.3 点缺陷结构可视化         6.4 点缺陷的数量随时间变化 6.5 点缺陷的空间分布及演化过程
备选内容，根据课堂进度和学员情况	VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟轨迹文件处理等
第四天 上午 LAMMPS高级 （自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型）	7 LAMMPS分子力场文件创建及MOFs材料建模 7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征 7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型 7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件） 7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法 7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料 7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件 7.7 运行能量最小化及体系的预松弛 7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。 实例操作：金属有机框架（MOFs）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，分子的MSD等性质。
第四天 下午 LAMMPS高级 （分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟）	8 研究H2/CO2在ZIF-7膜材料中分离性能——模拟文献Science 346 (6215), 1356-1359的分离过程 8.1  利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包 8.2  设计H2/CO2与ZIF-7体系模型 8.3  自定义分子力场文件（frc文件），通过lammps程序生成data文件 8.4  运行能量最小化及体系的预松弛 8.5  模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。    实例操作：VMD中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的MSD等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。
第五天上午 LAMMPS高级 （ReaxFF碳氢化合物的燃烧）	9 利用ReaxFF模块研究碳氢化合物的燃烧 9.1 ReaxFF反应力场概述 9.2 碳氢化合物和氧气分子体系的构建 9.3 能量最小化及常温弛豫 9.4 升温模拟 9.5 高温下氧化过程的模拟 9.6 轨迹分析及产物物种分析与可视化 实例操作：碳氢化合物燃烧中升温模拟和高温下氧化过程模拟
第五天下午 LAMMPS高级 （ReaxFF化学机械抛光）	10 利用ReaxFF模块研究化学机械抛光 10.1 利用 LAMMPS进行复杂体系的建模 10.2 能量最小化及预弛豫 10.3 施压过程模拟  10.4 拉伸过程模拟 10.5 采用 OVITO查看动态轨迹以及数据分析等 实例操作：化学机械抛光施压过程模拟和拉伸过程模拟

专题四：“ReaxFF反应力场计算开发技术与应用”大纲

课  程	内   容
第一天 上午 ReaxFF基础理论	ReaxFF反应力场概述 ReaxFF反应力场的发展历程和基础 ReaxFF反应力场参数分枝与详解 ReaxFF反应力场的应用领域
第一天 下午 ReaxFF基础入门	ReaxFF反应力场基础入门 所需输入重要文件详解包括 control,  geo, ffield等文件 结合实例，讲解输入文件命令行，输出文件 ReaxFF反应力场简单实例操作及结果查看 ReaxFF反应力场运行软件安装和配置(standalone ReaxFF,LAMMPS) ReaxFF 反应力场的选取和准备
第二天 上午 ReaxFF计算软件	分子建模，可视与计算软件 建模软件gview, material studio 可视软件molden, VMD, OVITO ReaxFF计算软件 standalone ReaxFF, LAMMPS ReaxFF 特殊功能介绍：改变温度体积，产生特定比例混合物，设置电荷，限制优化和扫描，添加删除分子，结果查看和分析等
第二天 下午 ReaxFF计算软件	Lammps实例操作 LAMMPS运行设置和后处理程序软件ChemTraYzer等的安装和配置 Lammps燃烧过程简单例子（模拟和分析） LAMMPS高级算例：模拟化学摩擦过程（CMP）：建模，loading和shearing过程模拟，结果分析等
第三天 上午 ReaxFF进阶实例	ReaxFF进阶实例操作，理解计算模拟的过程及物理意义 实例操作：溶液中的质子转移(JPCB,JPCL文献) 建立初始模型：重点注意事项(minimization->nvt->compress->npt->nvt) 输入文件设置, 开启输出unfolded坐标文件 模拟步骤：能量最小化，压缩，系综平衡等 VMD查看结果分析：msd，扩散系数，rdf，sdf, 质子追踪等
第三天 下午 ReaxFF进阶实例	实例操作： 碳化硅表面石墨烯的生长（Chem. Mater文献） 建模与输入文件，表面选取与准备 热分解法生长石墨烯，删除表面硅 cvd法生长石墨烯，添加乙炔分子 可视评估石墨烯质量 （模拟结果统计与可视化）
第四天 上午 ReaxFF高级实例	量子化学软件CP2K入门 2.CP2K基本功能介绍 CP2K的下载和安装 CP2K的结构文件的建模 CP2K输入文件讲解和建立 CP2K输出文件介绍和可视化转化
第四天 下午 ReaxFF高级实例	CP2K结构优化、过渡态搜索和力场开发实例 CP2K研究有机分子在固体表面的吸附 CP2K过渡态计算以及结构和能量提取 ReaxFF反应力场开发所需文件详解 提取CP2K计算结果实现ReaxFF训练集的构建 ReaxFF力场验证
交流互动环节	针对学员的问题一一作答