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原创 GaMD-高斯加速分子动力学模拟中文教程-轨迹分析篇
都在PPT里写着了,主要包括RMSD、RMSF、structure(结构分析与提取)、distance(距离)与PMF reweighting重加权分析。仅供参考。RMSD、distance这些脚本如果不会修改,试试查阅AMBER手册(在手册中输入关键词)。存在百度网盘里了。链接:https://pan.baidu.com/s/1XqpePGab7o4X5jqZKXgw7w提取码:v356–来自百度网盘超级会员V1的分享Reweighting PMF分析:http://miao.compbio
2022-04-26 16:40:07
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原创 GaMD-高斯加速分子动力学模拟中文教程
老师让我用GaMD的方法对体系进行分子动力学模拟,这里分享一些我整理的资料,仅供参考嘿嘿。这是运行的教程,之后还会出一个分析篇。我的体系比较简单是一个单蛋白,里面的参数要根据自己的体系修改噢。还有环境变量的设置也要根据自己的AMBER版本设置好。链接:https://pan.baidu.com/s/1z3FfnSl9ARakxBAN1rHyGQ提取码:z4np...
2021-12-16 10:18:42
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原创 Rosetta Comparative Modeling同源模建中文教程
根据https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/rosetta_cm/rosetta_cm_tutorial#a-define-disulfide-bond-1u19-disulfide翻译,以及结合自己的课题写的中文教程,仅供参考勿喷嘿嘿。资料在网盘里,欢迎下载。链接:https://pan.baidu.com/s/1v7fFxQCigSRHeFj_ds3nsQ提取码:ilhw...
2021-12-16 10:02:27
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原创 用amber计算dPCA(Dihedral angle principal component analysis)
之前老师叫我给师姐的文章补个dPCA分析,我也不会,网上好像也没有具体咋分析的教程…瞎分析了一通,也不知道对不对,希望大家能一起学习指出错误~一.运行脚本在Amber16手册中搜索Dihedral covariance matrix calculation and projection for backbone phi/psi 可以看到输入的命令。运行完得到一个文件名为:dih.project.dat 的文件二.处理数据复制帧数Frame、主成分1、主成分2到excel中。根据公式:计算出
2021-07-17 17:18:18
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原创 Design the Rac/Raf interface小菜鸟中文教程
关键词:设计界面本文是根据 /*(rosetta路径)/demos/public/design_raf_rac_interface 教程写的自己实际运行遇到的问题和解决办法。作为笔记~用途导师让我用这个小程序设计蛋白蛋白相互作用界面,以增强它们的亲和力。步骤1.准备好docking完以后待改进亲和力的复合物pdb文件,如prepacked_0998.pdb 。有A链和B链,其中B链是我想突变的链。2.准备好design_script.xml文件,在/*(rosetta路径)/demos/publ
2021-07-07 17:22:50
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转载 2021-04-15
2021年4月15日学习笔记在思考怎么样分析loop区域构象(应该看相互作用对的距离,还是二面角)时搜索到的一些基础生物知识。摘自知乎@壮青 对问题 “蛋白质为什么会有构象,怎么用专业知识回答?” 的回复作者:壮青链接:https://www.zhihu.com/question/294071128/answer/489290858来源:知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权,非商业转载请注明出处。蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。蛋白质主要由碳、氢、氧、氮等化学元素组成,是一类重
2021-04-15 14:48:19
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空空如也
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