- 生态位分析:MetaWRAP还提供了一些生态位分析工具,可以帮助用户了解样本中微生物的功能和代谢能力。
MetaWRAP的优势包括:
- 丰富的功能:MetaWRAP提供了多种功能,可以帮助用户从原始的测序数据到最终的生物学解释。
- 灵活的使用方式:MetaWRAP支持命令行和Python API两种使用方式,用户可以根据自己的需求选择合适的方式使用。
- 高效的计算性能:MetaWRAP采用了多线程和并行计算的方式,可以加快分析的速度。
总之,MetaWRAP是一个功能强大的宏基因组学分析工具库,可以帮助用户对宏基因组数据进行装配、注释和功能分析。它的使用方式灵活,计算性能高效,适用于各种宏基因组学研究的需要。
凡事先看文章:MetaWRAP—a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis | Microbiome | Full Text
github目录:https://github.com/ursky/metaWRAP
anaconda地址:Login :: Anaconda.org
安装
这里还是介绍conda或mamba安装吧,其他的可能不是最新版,配置起来有时候比较麻烦
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels ursky
#
mamba config --add channels defaults
mamba config --add channels conda-forge
mamba config --add channels bioconda
mamba config --add channels ursky
安装的时候注意了,直接将所有channel都放上,不然缺包错误:
mamba create -y --name metawrap132 -c ursky -c bioconda -c conda-forge metawrap-mg=1.3.2
安装完最后的提示:
查看安装结果,主要看其中metawrap-mg的版本,这里是1.3.2,来自ursky:
mamba list
配置建议数据库
这里是各个数据库,数据库大小,以及各个模块可能使用到的数据库,按实际需求配置,如果没有配置对应数据库,则需要在后续模块中指定或着忽略对应参数:
taxonomy数据库:
# 先删除原配置文件夹
rm -rf /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy
# 自己创建指定文件夹
mkdir /path/on/big/disk/taxonomy
# 创建软链接
ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy
# 自动下载更新数据库,会自动下载到自己指定的文件夹
ktUpdateTaxonomy.sh
直接查看ktUpdateTaxonomy.sh文件内容,直接下载来自ncbi数据库:
下载解压完成后,在目标目录生成一个taxonomy.tab的文件:
head taxonomy.tab
1 0 1 no rank root
2 2 131567 superkingdom Bacteria
6 7 335928 genus Azorhizobium
7 8 6 species Azorhizobium caulinodans
9 8 32199 species Buchnera aphidicola
10 7 1706371 genus Cellvibrio
11 9 1707 species Cellulomonas gilvus
13 7 203488 genus Dictyoglomus
14 8 13 species Dictyoglomus thermophilum
16 7 32011 genus Methylophilus
GRIDSS\SILVA 16S rRNA\BUSCO数据库
quast-download-gridss
quast-download-silva
quast-download-busco
下载后位于目录:
/miniconda3/envs/metawrap/lib/python2.7/site-packages/quast_libs/
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