2024年运维最新基于conda环境下的宏基因组学分析利器MetaWRAP 1，Linux运维高级工程师进阶学习—Linux运维热修复原理

最全的Linux教程，Linux从入门到精通

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1. linux从入门到精通(第2版)

2. Linux系统移植

3. Linux驱动开发入门与实战

4. LINUX 系统移植 第2版

5. Linux开源网络全栈详解 从DPDK到OpenFlow

第一份《Linux从入门到精通》466页

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内容简介

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本书是获得了很多读者好评的Linux经典畅销书**《Linux从入门到精通》的第2版**。本书第1版出版后曾经多次印刷，并被51CTO读书频道评为“最受读者喜爱的原创IT技术图书奖”。本书第﹖版以最新的Ubuntu 12.04为版本，循序渐进地向读者介绍了Linux 的基础应用、系统管理、网络应用、娱乐和办公、程序开发、服务器配置、系统安全等。本书附带1张光盘，内容为本书配套多媒体教学视频。另外,本书还为读者提供了大量的Linux学习资料和Ubuntu安装镜像文件，供读者免费下载。

本书适合广大Linux初中级用户、开源软件爱好者和大专院校的学生阅读，同时也非常适合准备从事Linux平台开发的各类人员。

需要《Linux入门到精通》、《linux系统移植》、《Linux驱动开发入门实战》、《Linux开源网络全栈》电子书籍及教程的工程师朋友们劳烦您转发+评论

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

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mamba config --add channels defaults
mamba config --add channels conda-forge
mamba config --add channels bioconda
mamba config --add channels ursky

安装的时候注意了，直接将所有channel都放上，不然缺包错误：

mamba create -y --name metawrap132 -c ursky -c bioconda -c conda-forge metawrap-mg=1.3.2

安装完最后的提示：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/9d982835bbc14a7cbc76d312ac083f12.png)


查看安装结果，主要看其中metawrap-mg的版本，这里是1.3.2，来自ursky：

mamba list

![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/253b045f6e0540deb5c69bdb8d7d6484.png)


## 配置建议数据库


这里是各个数据库，数据库大小，以及各个模块可能使用到的数据库，按实际需求配置，如果没有配置对应数据库，则需要在后续模块中指定或着忽略对应参数：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/f2d030a487c5463cbef8231b204df3b7.png)


### taxonomy数据库：

先删除原配置文件夹

rm -rf /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy

自己创建指定文件夹

mkdir /path/on/big/disk/taxonomy

创建软链接

ln -s /path/on/big/disk/taxonomy /miniconda3/envs/metawrap132/opt/krona/taxonomy

自动下载更新数据库，会自动下载到自己指定的文件夹

ktUpdateTaxonomy.sh

直接查看ktUpdateTaxonomy.sh文件内容，直接下载来自ncbi数据库：


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/8b86a501c2a74688a802897bd11594c3.png)


![](https://img-blog.csdnimg.cn/direct/6d6deb9541f04e1eae191b7fef77405e.png)


下载解压完成后，在目标目录生成一个taxonomy.tab的文件：

head taxonomy.tab
1 0 1 no rank root
2 2 131567 superkingdom Bacteria
6 7 335928 genus Azorhizobium
7 8 6 species Azorhizobium caulinodans
9 8 32199 species Buchnera aphidicola
10 7 1706371 genus Cellvibrio
11 9 1707 species Cellulomonas gilvus
13 7 203488 genus Dictyoglomus
14 8 13 species Dictyoglomus thermophilum
16 7 32011 genus Methylophilus

### GRIDSS\SILVA 16S rRNA\BUSCO数据库

quast-download-gridss
quast-download-silva
quast-download-busco

下载后位于目录：


/miniconda3/envs/metawrap/lib/python2.7/site-packages/quast\_libs/


下载日志：


envs/metawrap/lib/python2.7/site-packages/quast\_libs/silva/blastdb.log


中间几个数据库下载不下来，更换链接吧，应该是版本变了，地址不对：


busco的数据目录：[Index of /v5/data/lineages/]( )


busco的官网：[BUSCO - from QC to gene prediction and phylogenomics]( ) 


需要下载的文件： 


[https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/fungi\_odb10.2021-06-28.tar.gz]( )


[https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/eukaryota\_odb10.2020-09-10.tar.gz]( )


 [https://busco-data.ezlab.org/v5/data/lineages/bacteria\_odb10.2020-03-06.tar.gz]( )

cd miniconda3/envs/metawrap132/lib/python2.7/site-packages/quast_libs/busco/

mv fungi_odb10.2021-06-28.tar.gz fungi.tar.gz
mv bacteria_odb10.2020-03-06.tar.gz bacteria.tar.gz

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本书适合广大Linux初中级用户、开源软件爱好者和大专院校的学生阅读，同时也非常适合准备从事Linux平台开发的各类人员。

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