使用R语言进行层次聚类分析

使用R语言进行层次聚类分析

层次聚类分析是一种常用的无监督学习方法，用于将相似的样本进行分组。在R语言中，我们可以使用多种包来实现层次聚类分析，其中最常用的包括stats和dendextend。

首先，我们需要准备好要进行聚类分析的数据集。假设我们有一个包含多个样本的数据集，每个样本有多个特征。下面是一个简单的示例数据集：

# 创建示例数据集
data <- data.frame(
  X1 = c(1, 2, 3, 8, 9),
  X2 = c(5, 6, 7, 2, 3),
  X3 = c(2, 3, 4, 9, 10)
)

接下来，我们可以使用R中的层次聚类函数来执行聚类分析。stats包中的hclust函数是一个常用的层次聚类函数，它使用欧几里德距离来度量样本之间的相似性。下面是一个基本的层次聚类分析示例：

# 执行层次聚类分析
result <- hclust(dist(data))

# 绘制树状图
plot(result)

上述代码中，hclust(dist(data))将计算数据集中样本之间的距离，并执行层次聚类算法。然后，我们可以使用plot函数来绘制得到的树状图，该图展示了样本之间的聚类关系。

除了基本的层次聚类分析外，dendextend包提供了更多用于可视化和解释聚类结果的功能。我们可以使用该包中的函数对聚类结果进行进一步的处理和可视化。以下是一个使用dendextend包的示例：