5+SUMO化修饰+分型+实验，经典生信思路

今天给同学们分享一篇5+SUMO化修饰+分型+实验的生信文章“SUMOylation patterns and signature characterize the tumor microenvironment and predict prognosis in lung adenocarcinoma”，这篇文章于2023年4月13日发表在Front Cell Dev Biol 期刊上，影响因子为5.5。

肺癌是最常见的被诊断出的癌症之一，对公共健康构成了严重威胁，也是全球癌症相关死亡的主要原因。大约85%的肺癌是非小细胞肺癌，其中腺癌是主要的病理类型。越来越多的证据表明，肿瘤微环境在局部耐药性、免疫逃逸、癌症转移和复发中起着关键作用。众所周知，巨噬细胞M2型极化、调节性T细胞和MDSC细胞可以促进肺腺癌的进展，而Th2辅助性细胞可以帮助肿瘤免疫逃逸过程，然而，CD8 T细胞和细胞毒性T细胞等是抗肿瘤免疫的主要力量。了解肿瘤微环境对于预防转移、克服获得性耐药性和提高治疗效果具有深远的意义。

1. 肺腺癌中SUMOylation调控基因的遗传变异

流程图显示了作者的研究过程（图1）。作者调查了33个SUMO修饰调控基因在肺腺癌中的作用，即SUMO异构体（SUMO1，SUMO2，SUMO3，SUMO4），SUMO活化酶（SAE1，UBA2），SUMO结合酶（UBE2I），SUMO E3连接酶（BCL11A，CAPN3，CBX4，HDAC4，HDAC7，MUL1，NSMCE2，PIAS1，PIAS2，PIAS3，PIAS4，RANBP2，RANGAP1，RNF212，RWDD3，TOPORS，TRIM27，TRIM28，ZMIZ1），SUMO蛋白酶（HINT1，SENP1，SENP2，SENP3，SENP6，SENP5，SENP7，USPL1）。SUMOylation的可逆过程由上述调控基因调控（图2A）。作者首先对这33个SUMOylation调控基因进行了GO和KEGG富集分析。GO富集分析显示，这33个SUMOylation调控基因在生物过程中显著富集了赖氨酸修饰、蛋白质SUMOylation、小蛋白共价修饰调控等方面，在分子功能方面富集了泛素化蛋白酶活性、SUMO酶活性等。KEGG富集分析显示了其他与SUMOylation相关的通路。

图1 流程图

图2 肺腺癌中的SUMOylation调控基因景观

随后，为了全面了解SUMOylation调控基因，作者对33个SUMOylation调控基因进行了Spearman相关性分析，以评估它们的共表达模式，发现CAPN3和PIAS1的表达与其他调控基因之间存在广泛的显著负相关，同时CAPN3和PIAS1的表达之间存在显著的正相关。值得注意的是，大多数SUMOylation调控基因在肿瘤组织中明显上调，总体上，SUMOylation调控基因的表达在肿瘤和正常样本之间存在显著差异（图2B）。基于配对的肿瘤和正常样本的PCA分析确定了在正常和肿瘤样本之间表达显著不同的SUMOylation调控基因。

此外，CNV在33个调控基因中非常常见；PIAS3、NSMCE2、UBA2、CBX4和SUMO2中普遍存在CNV扩增，而RWDD3、USPL1、SAE1和CAPN3中普遍存在CNV缺失（图2C）。CNV广泛出现在各种染色体上的基因中（图2D），但主要集中在1号、3号、4号、6号、12号、15号和19号染色体上。作者进一步评估了SUMOylation调控基因中体细胞突变的普遍性。在561个肺腺癌样本中，有126个（22.46%）发生了变异，主要是SUMOylation调控基因中的错义突变和无义突变。RANBP2和BCL11A的突变频率最高，为4%，其次是HDAC4、TOPORS和SENP7，突变频率为2%；大多数突变发生在SUMO活化剂和E3连接酶的调控基因中，较少发生在SUMO异构体中（图2E）。随后，作者分析了SUMOylation调控基因的突变共存情况，并发现SUMO2与RANGAP1和PIAS4的突变共存。

此外，为了确定33个SUMO化调控基因与肺腺癌患者预后之间的关系，作者采用了Cox风险比例回归模型来确定33个SUMO化调控基因与肺腺癌患者预后之间的关系。森林图显示CAPN3、SENP6、SENP7、RANBP2、HINT1、BCL11A、TOPORS和HDAC4是肺腺癌的保护因子，通常下调表达，而RANGAP1、SENP5、SAE1、SENP2、TRIM28和TRIM27是肺腺癌的危险因子，表达上调（图2F）。多变量Cox比例风险回归分析进一步证实SUMO化调控基因与肺腺癌预后显著相关。总之，作者绘制了SUMO化调控基因与肺腺癌预后之