7+共病思路。WGCNA+多机器学习+实验简单验证，易操作

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文章探讨了多囊卵巢综合征（PCOS）和反复植入失败（RIF）的共病机制，通过整合转录组分析和机器学习，发现了共享的诊断基因GLIPR1和MAMLD1，这些基因在免疫细胞激活和代谢通路中发挥关键作用，有助于理解两者之间的共同发病机制。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天给同学们分享一篇共病+WGCNA+多机器学习+实验的生信文章“Shared diagnostic genes and potential mechanism between PCOS and recurrent implantation failure revealed by integrated transcriptomic analysis and machine learning”，这篇文章于2023年5月16日发表在Front Immunol期刊上，影响因子为7.3。

多囊卵巢综合征（PCOS）是一种复杂的内分泌代谢紊乱疾病，影响着5-10%的生育年龄妇女。PCOS患者的子宫内膜存在改变的免疫细胞，导致慢性低度炎症，这是反复植入失败（RIF）的原因之一。

图1 整个设计的流程图

1. GEO信息

根据作者的纳入标准，共选择了四个数据集进行发现性分析：GSE10946、GSE34526、GSE103465和GSE111974。其中，GSE10946和GSE34526被用作PCOS的发现队列，而GSE103465和GSE111974被视为RIF的发现队列。此外，GSE80432和GSE26787分别是PCOS和RIF的验证队列。在本研究中，作者简称这两个疾病组为PCOS和RIF。

2. 差异基因的鉴定

在进行生物信息分析之前，作者测试了收集的数据集的批次效应，并发现两种疾病的批次效应明显（图2A，E）。使用“sva”软件包，作者去除了PCOS（图2B）和RIF组（图2F）的批次效应，以获得可靠的分析结果。然后使用LIMMA软件包对两组之间的差异表达基因（DEGs）进行表征。对于PCOS，获得了201个DEGs（P<0.05，|log2 FC|>0.585），其中101个上调基因和100个下调基因。对于RIF，有253个DEGs（adj. P<0.05，|log2 FC|>1），其中167个上调基因和86个下调基因。火山图显示了PCOS（图2C）和RIF（图2G）组的所有DEGs。总体而言，通过热图（图2D，H）可视化了这两组中包含的DEGs。与PCOS和RIF相关的DEGs可能在它们的发生和发展中起到一定作用。