用pyradiomics提取nii格式的影像特征这个代码为什么不行

最新推荐文章于 2024-09-05 10:28:02 发布

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用pyradiomics提取nii格式的影像特征这个代码为什么不行

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python-pyradiomics-影像组学提取特征-代码

xxx

07-30

1079

【代码】python-pyradiomics-影像组学提取特征-代码。

pyradiomics使用——1. 医学影像的组学特征值（Radiomics Features）提取

Castlehe的博客

05-30

5623

文章目录1. 使用插件1.1 插件安装1.2 插件使用2. 使用python代码2.1 安装2.2 使用2.2.1 官方示例2.2.2 快速使用2.2.3 其它使用3. 组学特征字段意义说明 Github地址：https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics 官方文档地址：https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/features.html 1. 使用插件从pyradiomics的Github仓库中可以知道，pyradio

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使用pyradiomics进行医学图像特征提取

2401_82543533的博客

01-12

2392

最近在尝试用影像组学特征分析的方法对超声造影图像进行分析，第一次使用pyradiomics工具包。借鉴了很多大佬的文章，尝试了许多方法，下面将自认为最不容易报错、初步提取特征最全的方法，记录于此，方便日后查看。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考。

pyradiomics批量提取特征

weixin_73101319的博客

04-27

683

我们有两个文件，一个是原始图像的nii文件，一个是标签图像的nii文件。然后实例化函数：也可以不传入参数，可以传入一些参数进行设置。保存到csv文件中，不保存行列名。一些具体参数的设置参考。

脑PET图像分析与疾病预测 - nii文件数据处理与简单CNN训练

Steve8310的博客

07-21

2727

笔者正在Datawhale举办的AI夏令营中参与CV方向的学习，研究课题为发布在讯飞AI开发者大赛上的，需要对nii格式的医学影像文件进行学习，并进行疾病预测第一轮学习中，Datawhale团队给出了，但其中并没有对nii文件进行详细介绍；且为了适配logistic回归模型，并缩小数据规模，其数据处理过程（个人认为）产生了不可忽视的信息丢失，直接导致预测的准确度仅略高于0.5——这跟瞎猜也没啥区别了吧……

一文看懂如何用 Python 查看三维数据 (nii.gz格式) 的各种图像参数

u014264373的博客

08-09

1万+

Python 如何读取CT/MRI数据的大小，值范围，层厚，分辨率等信息一文看懂如何用 Python 查看三维数据(nii.gz格式)的各种图像参数编程环境： jupyter notebook 导入所有安装包 import numpy as np import nibabel as nib from ipywidgets import interact, interactive, IntSlider, ToggleButtons import matplotlib.pyplot as plt %mat

图像分割标签+nii格式的预处理

05-12

这个转换过程同样可以通过NiBabel库读取nii文件，然后使用PIL（Python Imaging Library）或其分支Pillow来保存为PNG图像。值得注意的是，由于nii通常包含多维数据，转换时可能需要对数据进行适当的切片或通道组合。 ...

使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

09-16

**Nibabel** 是一个Python库，主要用于读取、写入多种类型的神经影像数据，包括NIfTI (`.nii`, `.nii.gz`), ANALYZE, MINC, GIFTI等格式。在神经科学领域，特别是在处理医学图像时，Nibabel因其灵活性和易用性而受到...

.img/.hdr格式转.nii格式的操作

09-16

这段代码首先选择所有的`.img`文件，然后通过SPM的函数`spm_vol`创建一个体积对象，接着读取图像数据，最后将这些数据写入新的`.nii`文件。转换完成后，数据可能需要进一步处理，例如将体积数据转换为表面数据。...

医学影像特征提取与导出

更上一层楼！

08-20

1404

本文对医学影像及感兴趣区进行了简要解读，并围绕如何提取医学影像特征及导出做了详细示例，为后续数据预处理及建模打下了坚实的数据基础。

20221128 影像组学特征提取

Jitui-coder的博客

11-28

1683

刚入门的影像组学小白之一，有疑问可留言沟通。

如何处理.nii文件

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暮日落流年的博客

05-30

5万+

最近读了一篇论文[1]，是利用深度学习进行MRI图像重建的，作者在github[2]上提供给我们的他的实现代码，他使用的一个MRI分割比赛的数据集[3]，但是将数据集下载下来发现全部都是.nii格式的文件，用普通的方法也是打不开的，经过一个星期的摸索，也是大概了解了如何读取以及处理.nii文件。 1. NIFTI出现原因 .nii文件是NIFTI格式的文件，出现的原因是原来一种图像格...

利用MATLAB读取并显示nii文件的切片信息

云端浅蓝

09-25

9909

用alxe_made的代码进行了学习步骤先将路径切换至图片路径下接着执行代码 load(‘SPM.mat’) nii = load_nii(‘xxx.nii’); %xxx为文件名 img = nii.img; %读取文件 [n1,n2,n3] = size(img); %读取文件的各个维度大小 imshow(img(:,:,10),[]); %预览第10个维度的图片 f...

医学图像常用特征提取方法

itodayer的个人博客

07-22

1万+

国内外提出的特征提取方法有很多，根据不同的目的以及不同的目标所用到的特征提取方法也不相同。一般常用的图像特征类型有图像的灰度特征，如图像总体或局部的均值、方差；图像的纹理特征，如共生矩阵、等灰度行程长度、傅立叶频谱、随机场模型等；图像的频谱特征；图像灰度变换的梯度特征；图像物体形状特征，如面积、周长、圆形度、长宽比、矩、边心矩、傅立叶描绘子、偏心率、紧凑度等；图像的信息描述以及信噪比等。文献

使用pyradiomics提取影像组学特征【详细】

weixin_46428351的博客

03-19

4万+

使用pyradiomics提取影像组学特征最近由于项目需求要使用pyradiomics提取影像组学特征，网上阅读了很多别人的博客，学到一些，然后去查看了pyradiomics的官方文档，最后自己实现了特征的提取，写下此文记录，方便日后查看。首先放上官方文档：https://pyradiomics.readthedocs.io/ 和pyradiomics源代码地址：https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics 第一步、安装在已经安装好的Python环境下，执行：

python如何读取nii或img医学影像，以阿尔茨海默病影像为例。【3】

qq_27196755的博客

06-28

4946

前两篇介绍了如何下载ADNI数据集，因为是初次使用csdn发布文章，所以格式上不那么美观，看看有机会有时间的话，我会进行更新的。接下来，我来介绍python如何读取医学影像。 import numpy as np import nibabel as nib import pydicom import matplotlib.pyplot as plt import os 首先引入一些库其次，读...

Python基础 5 - 类、对象、注解

云端梦留白的博客

09-04

1388

面向对象（Object-Oriented, OOP）是一种编程范式，它使用“对象”来设计软件，这些对象包含数据（通常称为属性或字段）和代码（通常称为方法或函数），以模拟现实世界实体的属性和行为。面向对象是一种编程方法，通过创建包含数据和行为的对象来模拟现实世界，提高代码的组织性、重用性和灵活性。在 Pyhon 中，想要使用类，必须先创建对象。class 类名称 : # class 关键字，表示定义了一个类，类首字符大写为标准。

【python】—— Python爬虫实战：爬取珠海市2011-2023年天气数据并保存为CSV文件

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weixin_63106307的博客

09-05

892

本文将介绍如何使用Python编写一个简单的爬虫程序，以爬取珠海市2011年至2023年的天气数据，并将这些数据保存为CSV文件。

用pyradiomics进行特征提取

06-12

好的，针对您的问题，我可以为您提供一些关于用pyradiomics进行特征提取的基本步骤和方法： 1. 安装pyradiomics库您需要安装pyradiomics库，这可以通过使用pip命令在终端中运行以下命令来完成： ``` pip install pyradiomics ``` 2. 导入必要的库和数据导入pyradiomics库和您要进行特征提取的数据。您需要将数据加载到pyradiomics支持的格式中，比如nifti或DICOM；您还需要导入必要的库和模块，例如SimpleITK、os和numpy。 3. 定义特征提取器定义一个特征提取器，可以根据您的需要选择不同的计算参数和特征集。例如，您可以选择在计算特征时使用不同的掩模（ROI）大小和形状，或者选择不同的特征集，例如第一和第二阶段的特征集。 ``` from radiomics import featureextractor # Instantiate the feature extractor using the settings file extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor('settings.yaml') ``` 4. 进行特征提取 在特征提取器中使用您的数据进行特征提取。您可以提取整个图像的特征，也可以指定ROI进行特征提取。 ``` import SimpleITK as sitk import numpy as np # Load the image data image = sitk.ReadImage('example_image.nii.gz') mask = sitk.ReadImage('example_mask.nii.gz') # Convert the image data to a numpy array image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # Extract features using the image and mask data features = extractor.execute(image_array, mask_array) ``` 5. 保存特征数据 特征提取完成后，您可以将特征数据保存到文件或数据库中以备后续使用。 ``` import csv # Save the feature data to a CSV file with open('features.csv', 'w', newline='') as csvfile: writer = csv.writer(csvfile, delimiter=',') writer.writerow(['Feature', 'Value']) for feature, value in features.items(): writer.writerow([feature, value]) ``` 希望这些步骤和方法能够帮助您进行pyradiomics特征提取。如果您有更多的问题或需要更多的帮助，请随时询问。